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万見
- PDB-5aer: Neuronal calcium sensor-1 (NCS-1)from Rattus norvegicus complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5aer
タイトルNeuronal calcium sensor-1 (NCS-1)from Rattus norvegicus complex with D2 dopamine receptor peptide from Homo sapiens
要素
  • D(2) DOPAMINE RECEPTOR
  • NEURONAL CALCIUM SENSOR 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / NEURONAL CALCIUM SENSOR-1 / DOPAMINE RECEPTOR 2
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent protein kinase inhibitor activity / negative regulation of dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of dephosphorylation / positive regulation of glial cell-derived neurotrophic factor production / calcium sensitive guanylate cyclase activator activity / acid secretion / dopamine neurotransmitter receptor activity, coupled via Gi/Go / nervous system process involved in regulation of systemic arterial blood pressure / response to histamine ...calcium-dependent protein kinase inhibitor activity / negative regulation of dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of dephosphorylation / positive regulation of glial cell-derived neurotrophic factor production / calcium sensitive guanylate cyclase activator activity / acid secretion / dopamine neurotransmitter receptor activity, coupled via Gi/Go / nervous system process involved in regulation of systemic arterial blood pressure / response to histamine / negative regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of synapse structural plasticity / regulation of locomotion involved in locomotory behavior / neuron-neuron synaptic transmission / adenohypophysis development / negative regulation of dopamine secretion / positive regulation of renal sodium excretion / negative regulation of cellular response to hypoxia / hyaloid vascular plexus regression / adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / orbitofrontal cortex development / cerebral cortex GABAergic interneuron migration / response to inactivity / regulation of potassium ion transport / Dopamine receptors / negative regulation of neuron migration / dopamine binding / branching morphogenesis of a nerve / regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of growth hormone secretion / peristalsis / heterotrimeric G-protein binding / drinking behavior / G protein-coupled receptor complex / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / grooming behavior / behavioral response to ethanol / auditory behavior / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / striatum development / dopaminergic synapse / dense core granule / positive regulation of urine volume / positive regulation of multicellular organism growth / G protein-coupled receptor internalization / non-motile cilium / heterocyclic compound binding / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / response to iron ion / adult walking behavior / arachidonate secretion / response to morphine / ciliary membrane / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / temperature homeostasis / positive regulation of neuroblast proliferation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of cytokinesis / pigmentation / regulation of neuron projection development / regulation of synaptic vesicle exocytosis / dopamine metabolic process / dopamine uptake involved in synaptic transmission / regulation of dopamine secretion / cellular response to ethanol / associative learning / response to light stimulus / positive regulation of receptor internalization / positive regulation of exocytosis / lateral plasma membrane / neuroblast proliferation / endocytic vesicle / G-protein alpha-subunit binding / negative regulation of protein secretion / regulation of signal transduction / long-term memory / potassium channel regulator activity / sperm flagellum / prepulse inhibition / postsynaptic cytosol / response to axon injury / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / voltage-gated calcium channel activity / presynaptic cytosol / synapse assembly / negative regulation of blood pressure / regulation of sodium ion transport / behavioral response to cocaine / cellular response to retinoic acid / release of sequestered calcium ion into cytosol / axon terminus / ionotropic glutamate receptor binding / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / acrosomal vesicle / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of calcium-mediated signaling / axonogenesis / regulation of heart rate / negative regulation of innate immune response
類似検索 - 分子機能
Dopamine D2 receptor / Dopamine receptor family / Recoverin family / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site ...Dopamine D2 receptor / Dopamine receptor family / Recoverin family / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / D(2) dopamine receptor / Neuronal calcium sensor 1
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Saleem, M. / Karuppiah, V. / Pandalaneni, S. / Burgoyne, R. / Derrick, J.P. / Lian, L.Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Neuronal Calcium Sensor-1 Binds the D2 Dopamine Receptor and G-Protein-Coupled Receptor Kinase 1 (Grk1) Peptides Using Different Modes of Interactions.
著者: Pandalaneni, S. / Karuppiah, V. / Saleem, M. / Haynes, L.P. / Burgoyne, R.D. / Mayans, O. / Derrick, J.P. / Lian, L.
履歴
登録2015年1月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2015年2月18日ID: 2YOU
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月3日Group: Database references
改定 1.22015年8月5日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEURONAL CALCIUM SENSOR 1
B: D(2) DOPAMINE RECEPTOR
C: D(2) DOPAMINE RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5027
ポリマ－25,3433
非ポリマー1594
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3720 Å2
ΔGint-24.1 kcal/mol
Surface area10110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.670, 44.670, 205.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.58, -0.75, 0.3), (-0.8, 0.6, -0.047), (-0.15, -0.27, -0.95)
ベクター: 19.3, 3.2, -32.7)

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要素

#1: タンパク質 NEURONAL CALCIUM SENSOR 1 / NCS-1 / FREQUENIN HOMOLOG / FREQUENIN-LIKE PROTEIN / FREQUENIN-LIKE UBIQUITOUS PROTEIN / NEURONAL ...NCS-1 / FREQUENIN HOMOLOG / FREQUENIN-LIKE PROTEIN / FREQUENIN-LIKE UBIQUITOUS PROTEIN / NEURONAL CALCIUM SENSOR-1


分子量: 21902.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 組織: NEURON / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62168
#2: タンパク質・ペプチド D(2) DOPAMINE RECEPTOR / DOPAMINE D2 RECEPTOR


分子量: 1720.066 Da / 分子数: 2 / Mutation: YES / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P14416
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.917
検出器タイプ: MARRESEARCH MARMOSAIC 300MM / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→51 Å / Num. obs: 11235 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.19→2.25 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 77.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1G8I

1g8i


解像度: 2.19→51.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 14.902 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.384 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25577 1106 10 %RANDOM
Rwork0.21661 ---
obs0.22051 9975 95.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20 Å20 Å2
2--0.15 Å20 Å2
3----0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→51.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1720 0 4 30 1754
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.021776
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021665
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9071.9582363
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.633837
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8715206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.78224.83993
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.60315319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.823159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2252
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021980
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02417
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3082.773836
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3072.772835
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8434.1481036
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9422.993937
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.247 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 61 -
Rwork0.269 559 -
obs--74.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8028-0.1014-0.09511.75020.0452.71230.10460.0459-0.16820.0710.0062-0.09380.11020.1456-0.11070.02540.0203-0.02380.02960.00610.0795-11.668220.9158-19.5944
25.5765-1.796-2.83452.8571-2.93397.93490.21790.17080.1837-0.0464-0.272-0.1489-0.15420.26820.05410.0629-0.0440.01520.1055-0.00670.0924-6.246529.9611-27.9642
32.596-0.3801-1.68995.8398-2.89852.8124-0.07930.01550.14440.13660.1123-0.1043-0.0128-0.0531-0.0330.1077-0.0852-0.02120.1401-0.01210.0972-6.945634.8385-14.7331
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 190
2X-RAY DIFFRACTION2B430 - 443
3X-RAY DIFFRACTION3C430 - 443

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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