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- PDB-4yi0: Structure of mouse importin a1 bound to Pom121NLS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yi0
タイトルStructure of mouse importin a1 bound to Pom121NLS
要素
  • Importin subunit alpha-1
  • Nuclear envelope pore membrane protein POM 121
キーワードPROTEIN TRANSPORT / karyopherin / Armadillo repeat: complex / NLS
機能・相同性
機能・相同性情報


Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / snRNP Assembly / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins ...Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / snRNP Assembly / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of DNA replication proteins / Transcriptional regulation by small RNAs / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear pore organization / Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / structural constituent of nuclear pore / nuclear localization sequence binding / RNA export from nucleus / nuclear import signal receptor activity / mRNA transport / nuclear pore / protein import into nucleus / cytoplasmic stress granule / nuclear envelope / host cell / DNA-binding transcription factor binding / nuclear membrane / postsynaptic density / endoplasmic reticulum membrane / glutamatergic synapse / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
POM121 family / Nuclear pore complex protein / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. ...POM121 family / Nuclear pore complex protein / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Importin subunit alpha-1 / Nuclear envelope pore membrane protein POM 121
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.806 Å
データ登録者Lokareddy, R.K. / Cingolani, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM074846-01A1 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mammalian Pom121 and yeast Heh2 share IBB-like NLSs that support targeting to the inner nuclear membrane
著者: Kralt, A. / Basheer, N.J. / van den Boom, V. / Lokareddy, R.K. / Steen, A. / Cingolani, G. / Fornerod, M. / Veenhoff, L.M.
履歴
登録2015年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Importin subunit alpha-1
A: Nuclear envelope pore membrane protein POM 121


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5302
ポリマ－53,5302
非ポリマー00
水10,935607
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2960 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area19390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.337, 89.753, 97.868
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit alpha-1 / Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit ...Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit / PTAC58 / RAG cohort protein 1 / SRP1-alpha


分子量: 49886.633 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 70-529 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kpna2, Rch1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52293
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear envelope pore membrane protein POM 121 / Nucleoporin Nup121 / Pore membrane protein of 121 kDa / p145


分子量: 3643.055 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 291-320 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Pom121, Nup121 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52591
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 607 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.7 M sodium citrate tribasic dihydrate, 25 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→15.072 Å / Num. obs: 60036 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 34.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.501 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1696精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3Q5U

3q5u


解像度: 1.806→15.072 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2099 1952 3.25 %Random selection
Rwork0.1818 ---
obs0.1827 60036 93.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.806→15.072 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3447 0 0 607 4054
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073505
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0944768
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.851289
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041572
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006613
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8056-1.85070.32721150.3453462X-RAY DIFFRACTION79
1.8507-1.90070.33091370.32223812X-RAY DIFFRACTION87
1.9007-1.95650.33431280.28054025X-RAY DIFFRACTION92
1.9565-2.01950.30431310.24914146X-RAY DIFFRACTION96
2.0195-2.09150.26051590.21494247X-RAY DIFFRACTION97
2.0915-2.1750.21871310.1894260X-RAY DIFFRACTION97
2.175-2.27370.21331480.17494197X-RAY DIFFRACTION96
2.2737-2.39310.19311460.16844242X-RAY DIFFRACTION97
2.3931-2.54240.19661430.16484235X-RAY DIFFRACTION96
2.5424-2.73760.20951440.17214283X-RAY DIFFRACTION97
2.7376-3.01110.21571500.16764303X-RAY DIFFRACTION97
3.0111-3.44230.17591350.16014349X-RAY DIFFRACTION98
3.4423-4.31990.15591420.1384317X-RAY DIFFRACTION96
4.3199-15.07290.18651430.16784206X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.85590.11890.21061.6663-0.61580.42680.063-0.0523-0.1244-0.0657-0.0266-0.08790.09720.073-0.03610.12520.0217-0.01510.11710.02640.1269-6.0311-90.5422114.0259
21.29960.9274-0.18371.6452-0.38281.39130.02490.06330.11170.0392-0.019-0.0276-0.02510.05050.00130.0751-0.0030.00480.08050.01350.12671.0482-65.7169107.49
33.62380.2119-1.63973.4816-0.16872.40020.01441.04030.2559-0.57490.08910.3752-0.0157-0.52990.27270.1602-0.0082-0.06640.38150.13010.18897.6832-51.309179.8554
43.02441.8391-2.36545.33011.01253.28740.06990.61110.1456-0.67060.62320.2482-0.0662-0.5897-0.29570.3157-0.14670.01240.19760.16750.4758-3.2548-57.043690.7338
56.3482-6.02495.78026.0174-5.37095.3858-0.8125-0.40740.52071.54140.0904-0.6603-0.74220.19010.63811.76580.16320.12582.0156-0.43241.7349-0.6717-72.421589.404
60.14040.0283-0.5690.0089-0.11532.36790.18560.3291-0.1241-1.14680.4329-1.2528-0.57650.32690.13210.3318-0.04390.17210.2542-0.04080.4432.3293-77.2514100.805
75.0856-0.0221.88956.18480.58159.84470.1982-0.2841-0.1278-0.1720.0358-0.6570.10670.2602-0.16850.10540.01040.03710.15630.03940.18692.3747-87.6109107.0979
82.67072.37140.88939.29052.49452.0282-0.2209-0.62670.02870.52070.1433-0.895-0.10210.9380.01490.6420.204-0.45351.10910.07590.7487.8015-95.2095110.7205
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 73 through 222 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 223 through 322 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 323 through 497 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 293 through 297 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 298 through 307 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 308 through 312 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 313 through 317 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 318 through 319 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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