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- PDB-4ydv: STRUCTURE OF THE ANTIBODY 7B2 THAT CAPTURES HIV-1 VIRIONS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ydv
タイトルSTRUCTURE OF THE ANTIBODY 7B2 THAT CAPTURES HIV-1 VIRIONS
要素
  • HIV ANTIBODY 7B2 HEAVY CHAIN,IgG H chain
  • HIV ANTIBODY 7B2 LIGHT CHAIN,Ig kappa chain C region
  • HIV GP41 PEPTIDE GP41(596-606)
キーワードIMMUNE SYSTEM / IGG / HIV / ANTIBODY / HIV GP41 ENVELOPE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / CD22 mediated BCR regulation / Alpha-defensins / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling ...IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / CD22 mediated BCR regulation / Alpha-defensins / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / Dectin-2 family / FCGR activation / immunoglobulin mediated immune response / Binding and entry of HIV virion / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Scavenging of heme from plasma / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / complement activation, classical pathway / host cell endosome membrane / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / actin filament organization / Regulation of Complement cascade / antigen binding / Cell surface interactions at the vascular wall / FCERI mediated MAPK activation / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antibacterial humoral response / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / blood microparticle / viral protein processing / symbiont entry into host cell / immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / : / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain ...Envelope glycoprotein Gp160 / : / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa constant / Envelope glycoprotein gp160 / IgG H chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Nicely, N.I. / Pemble IV, C.W.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2015
タイトル: Human Non-neutralizing HIV-1 Envelope Monoclonal Antibodies Limit the Number of Founder Viruses during SHIV Mucosal Infection in Rhesus Macaques.
著者: Santra, S. / Tomaras, G.D. / Warrier, R. / Nicely, N.I. / Liao, H.X. / Pollara, J. / Liu, P. / Alam, S.M. / Zhang, R. / Cocklin, S.L. / Shen, X. / Duffy, R. / Xia, S.M. / Schutte, R.J. / ...著者: Santra, S. / Tomaras, G.D. / Warrier, R. / Nicely, N.I. / Liao, H.X. / Pollara, J. / Liu, P. / Alam, S.M. / Zhang, R. / Cocklin, S.L. / Shen, X. / Duffy, R. / Xia, S.M. / Schutte, R.J. / Pemble Iv, C.W. / Dennison, S.M. / Li, H. / Chao, A. / Vidnovic, K. / Evans, A. / Klein, K. / Kumar, A. / Robinson, J. / Landucci, G. / Forthal, D.N. / Montefiori, D.C. / Kaewkungwal, J. / Nitayaphan, S. / Pitisuttithum, P. / Rerks-Ngarm, S. / Robb, M.L. / Michael, N.L. / Kim, J.H. / Soderberg, K.A. / Giorgi, E.E. / Blair, L. / Korber, B.T. / Moog, C. / Shattock, R.J. / Letvin, N.L. / Schmitz, J.E. / Moody, M.A. / Gao, F. / Ferrari, G. / Shaw, G.M. / Haynes, B.F.
履歴
登録2015年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月24日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: HIV GP41 PEPTIDE GP41(596-606)
Q: HIV GP41 PEPTIDE GP41(596-606)
L: HIV ANTIBODY 7B2 LIGHT CHAIN,Ig kappa chain C region
H: HIV ANTIBODY 7B2 HEAVY CHAIN,IgG H chain
A: HIV ANTIBODY 7B2 LIGHT CHAIN,Ig kappa chain C region
B: HIV ANTIBODY 7B2 HEAVY CHAIN,IgG H chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,1636
ポリマ－115,1636
非ポリマー00
水1,63991
1
P: HIV GP41 PEPTIDE GP41(596-606)
L: HIV ANTIBODY 7B2 LIGHT CHAIN,Ig kappa chain C region
H: HIV ANTIBODY 7B2 HEAVY CHAIN,IgG H chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5823
ポリマ－57,5823
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area20310 Å2
手法PISA
2
Q: HIV GP41 PEPTIDE GP41(596-606)
A: HIV ANTIBODY 7B2 LIGHT CHAIN,Ig kappa chain C region
B: HIV ANTIBODY 7B2 HEAVY CHAIN,IgG H chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5823
ポリマ－57,5823
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4870 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area20310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.434, 76.281, 127.627
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain H and (resseq 1:127 or resseq 134:213 )
21chain B and (resseq 1:127 or resseq 134:213 )
12chain L and (resseq 2:27 or resseq 31: 210 )
22chain A and (resseq 2:27 or resseq 31: 210 )

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain H and (resseq 1:127 or resseq 134:213 )H1 - 127
121chain H and (resseq 1:127 or resseq 134:213 )H134 - 213
211chain B and (resseq 1:127 or resseq 134:213 )B1 - 127
221chain B and (resseq 1:127 or resseq 134:213 )B134 - 213
112chain L and (resseq 2:27 or resseq 31: 210 )L2 - 27
122chain L and (resseq 2:27 or resseq 31: 210 )L31 - 210
212chain A and (resseq 2:27 or resseq 31: 210 )A2 - 27
222chain A and (resseq 2:27 or resseq 31: 210 )A31 - 210

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド HIV GP41 PEPTIDE GP41(596-606)


分子量: 1193.441 Da / 分子数: 2 / 断片: HIV GP41 PEPTIDE GP41(596-606) / 由来タイプ: 合成
詳細: THIS SEQUENCE OCCURS NATURALLY. A SEGMENT OF THE FULL LENGTH PROTEIN WAS SYNTHESIZED COMMERCIALLY.
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P04578*PLUS
#2: 抗体 HIV ANTIBODY 7B2 LIGHT CHAIN,Ig kappa chain C region


分子量: 29180.635 Da / 分子数: 2
断片: HIV ANTIBODY 7B2 LIGHT CHAIN,HIV ANTIBODY 7B2 LIGHT CHAIN
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGKC / 細胞株 (発現宿主): HEK-293T / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P01834
#3: 抗体 HIV ANTIBODY 7B2 HEAVY CHAIN,IgG H chain


分子量: 27207.551 Da / 分子数: 2
断片: HIV ANTIBODY 7B2 HEAVY CHAIN,HIV ANTIBODY 7B2 HEAVY CHAIN
Mutation: YES,YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK-293T / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: S6B291
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 6% PEG 20,000, 5% 2-PROPANOL, 0.1 M CITRIC ACID PH 3.5
PH範囲: 3.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月20日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
211
反射解像度: 2.7→30.8 Å / Num. obs: 39428 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 31
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.676 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.7.2_869)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→30.8 Å / SU ML: 0.77 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 1806 5.09 %
Rwork0.189 --
obs0.191 35499 91.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.37 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.3138 Å20 Å2-7.3595 Å2
2--7.4176 Å20 Å2
3----5.1038 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→30.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6714 0 0 91 6805
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066890
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9929360
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8492440
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0651040
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041200
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11H1675X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.119
12B1675X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.119
21L1599X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.018
22A1599X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.018
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.7730.34531170.32852135X-RAY DIFFRACTION77
2.773-2.85450.35191240.30362282X-RAY DIFFRACTION81
2.8545-2.94660.32771260.28022355X-RAY DIFFRACTION83
2.9466-3.05180.30931290.29632414X-RAY DIFFRACTION87
3.0518-3.17390.2831370.25992554X-RAY DIFFRACTION91
3.1739-3.31820.28991400.23632616X-RAY DIFFRACTION93
3.3182-3.49290.24281420.23162675X-RAY DIFFRACTION95
3.4929-3.71140.25831440.21312692X-RAY DIFFRACTION96
3.7114-3.99740.21511460.18922730X-RAY DIFFRACTION97
3.9974-4.39860.17331470.15122754X-RAY DIFFRACTION97
4.3986-5.03270.16371500.12672803X-RAY DIFFRACTION99
5.0327-6.33160.20631500.16312822X-RAY DIFFRACTION99
6.3316-30.8310.21251540.17822861X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.68565.84612.02478.61731.86357.94721.0042-1.0117-0.05390.7111-0.06-1.28520.89051.7325-0.94390.82610.2473-0.11431.1324-0.42531.198221.6964-1.090456.4623
27.11922.51511.76076.26122.13557.68790.1690.38210.4092-0.45070.6221-1.0619-0.32061.3688-0.67070.6748-0.11240.16080.9894-0.33590.915117.28524.693348.3813
36.95181.95871.87675.6795.73155.85680.2721-1.18370.3623-0.90510.6354-1.72140.01690.5958-0.78990.80840.0089-0.0241.045-0.21950.777112.77050.596452.7586
45.07232.84746.70772.60284.27029.34041.8262-2.2152-0.96771.2465-0.6418-1.27911.4643-0.9898-1.14581.1048-0.001-0.25681.1414-0.24660.948812.1056-1.274758.3161
51.4704-0.98231.38431.6726-0.89091.3525-0.3953-0.1343-0.40770.11380.5206-0.7196-0.52380.4704-0.12430.74840.0422-0.16241.7623-0.66341.240323.557417.216276.373
67.2946-0.5251-3.10574.02760.73155.54650.1282-0.9786-0.12260.1930.4269-0.57950.07380.5749-0.42510.75580.1652-0.23891.2256-0.20210.751511.773717.076684.702
78.8493-0.1433-4.9163.6836-3.01287.23780.0278-1.9328-0.86980.340.6321-0.55581.02931.0729-0.42480.93070.1529-0.2741.18290.13461.190816.23726.683691.2838
84.91326.2474-3.78278.9628-2.92754.7131-0.33810.0198-0.9597-0.23990.5621-1.12930.74380.5893-0.24770.64250.128-0.11671.1779-0.19830.82415.072514.740275.9215
93.2910.7940.99175.50560.93450.38430.1755-1.1953-0.67272.0892-0.189-0.5010.42150.3278-0.06381.38550.3101-0.23812.14530.08680.87478.561813.059999.6343
103.10730.3682-2.69035.57240.37612.3010.5195-0.5926-1.47950.78660.0684-2.44250.91180.5096-0.22850.99280.3946-0.32541.5617-0.24911.432324.727113.228287.4612
117.13660.9717-2.05810.21440.18612.7389-0.00990.3202-0.27890.1071-0.268-0.0462-1.0841-1.38630.18170.81620.02120.08360.6664-0.10890.647-8.99269.240656.5967
125.587-0.2228-0.17267.5395-1.23797.7243-0.0471-0.240.3006-0.09630.0967-0.0749-0.0148-0.0177-0.08380.5912-0.0370.02850.4985-0.06570.4517-3.7666-0.769149.4559
138.05030.6871-0.72885.09844.20483.64230.5431-0.2568-0.0897-0.0278-0.50840.97540.7487-0.74690.00420.5856-0.0404-0.03720.6285-0.07890.6467-11.72430.467554.6167
142.5734-0.5391-1.85813.59473.47397.23440.229-0.15160.0394-0.0440.3102-0.42050.48780.1428-0.5650.6172-0.0279-0.06560.57-0.01690.5380.2282-0.819348.6103
155.9947-1.95553.88584.98422.18955.29550.47880.35420.3271.83790.2143-1.3241-1.54392.1048-0.09871.0719-0.0802-0.09410.5425-0.1710.6684-4.50928.781564.5343
165.96594.70871.40356.38932.34064.60990.1366-1.26420.06640.8807-0.3555-0.13390.7760.15370.09710.83660.1943-0.04760.9207-0.08590.5981-1.911919.040582.1022
174.7036.2854.53078.60514.7845.4711-0.31530.2453-0.6661-0.08410.8029-1.147-0.13790.4884-0.47080.69530.0151-0.02830.9145-0.13770.59565.357620.908980.5975
186.7532.63520.93657.29862.69153.8499-0.28180.46030.0551-0.10050.6644-1.1953-0.52570.7924-0.32790.7127-0.0861-0.02650.8421-0.14780.64827.312123.691474.3467
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:31)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 32:80)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 81:94)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 95:104)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 105:119)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 120:143)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 144:158)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 159:181)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 182:193)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 194:210)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 1:23)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 24:62)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 63:84)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 85:105)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 106:111)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 112:126)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 127:148)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 149:171)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resid 172:197)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resid 198:213)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain H and resid 1:23)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain H and resid 24:63)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain H and resid 64:84)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain H and resid 85:106)
25X-RAY DIFFRACTION25(chain H and resid 107:112)
26X-RAY DIFFRACTION26(chain H and resid 113:126)
27X-RAY DIFFRACTION27(chain H and resid 127:148)
28X-RAY DIFFRACTION28(chain H and resid 149:171)
29X-RAY DIFFRACTION29(chain H and resid 172:196)
30X-RAY DIFFRACTION30(chain H and resid 197:213)
31X-RAY DIFFRACTION31(chain L and resid 2:27)
32X-RAY DIFFRACTION32(chain L and resid 31:45)
33X-RAY DIFFRACTION33(chain L and resid 46:80)
34X-RAY DIFFRACTION34(chain L and resid 81:94)
35X-RAY DIFFRACTION35(chain L and resid 95:107)
36X-RAY DIFFRACTION36(chain L and resid 108:143)
37X-RAY DIFFRACTION37(chain L and resid 144:158)
38X-RAY DIFFRACTION38(chain L and resid 159:181)
39X-RAY DIFFRACTION39(chain L and resid 182:193)
40X-RAY DIFFRACTION40(chain L and resid 194:210)
41X-RAY DIFFRACTION41(chain P and resid 596:606)
42X-RAY DIFFRACTION42(chain Q and resid 596:606)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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