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- PDB-4ydj: Crystal structure of broadly and potently neutralizing antibody 4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ydj
タイトルCrystal structure of broadly and potently neutralizing antibody 44-VRC13.01 in complex with HIV-1 clade AE strain 93TH057 gp120
要素
  • Envelope glycoprotein gp160,Envelope glycoprotein gp160
  • HEAVY CHAIN OF ANTIBODY 44-VRC13.01
  • LIGHT CHAIN OF ANTIBODY 44-VRC13.01
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / HIV-1
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulins ...HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(R,R)-2,3-BUTANEDIOL / ISOPROPYL ALCOHOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.308 Å
データ登録者Zhou, T. / Moquin, S. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: Structural Repertoire of HIV-1-Neutralizing Antibodies Targeting the CD4 Supersite in 14 Donors.
著者: Zhou, T. / Lynch, R.M. / Chen, L. / Acharya, P. / Wu, X. / Doria-Rose, N.A. / Joyce, M.G. / Lingwood, D. / Soto, C. / Bailer, R.T. / Ernandes, M.J. / Kong, R. / Longo, N.S. / Louder, M.K. / ...著者: Zhou, T. / Lynch, R.M. / Chen, L. / Acharya, P. / Wu, X. / Doria-Rose, N.A. / Joyce, M.G. / Lingwood, D. / Soto, C. / Bailer, R.T. / Ernandes, M.J. / Kong, R. / Longo, N.S. / Louder, M.K. / McKee, K. / O'Dell, S. / Schmidt, S.D. / Tran, L. / Yang, Z. / Druz, A. / Luongo, T.S. / Moquin, S. / Srivatsan, S. / Yang, Y. / Zhang, B. / Zheng, A. / Pancera, M. / Kirys, T. / Georgiev, I.S. / Gindin, T. / Peng, H.P. / Yang, A.S. / Mullikin, J.C. / Gray, M.D. / Stamatatos, L. / Burton, D.R. / Koff, W.C. / Cohen, M.S. / Haynes, B.F. / Casazza, J.P. / Connors, M. / Corti, D. / Lanzavecchia, A. / Sattentau, Q.J. / Weiss, R.A. / West, A.P. / Bjorkman, P.J. / Scheid, J.F. / Nussenzweig, M.C. / Shapiro, L. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D.
履歴
登録2015年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月10日Group: Database references
改定 1.22015年6月17日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / entity_src_gen / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Envelope glycoprotein gp160,Envelope glycoprotein gp160
H: HEAVY CHAIN OF ANTIBODY 44-VRC13.01
L: LIGHT CHAIN OF ANTIBODY 44-VRC13.01
I: Envelope glycoprotein gp160,Envelope glycoprotein gp160
A: HEAVY CHAIN OF ANTIBODY 44-VRC13.01
B: LIGHT CHAIN OF ANTIBODY 44-VRC13.01
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,62840
ポリマ－173,8446
非ポリマー5,78434
水6,756375
1
G: Envelope glycoprotein gp160,Envelope glycoprotein gp160
H: HEAVY CHAIN OF ANTIBODY 44-VRC13.01
L: LIGHT CHAIN OF ANTIBODY 44-VRC13.01
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,58918
ポリマ－86,9223
非ポリマー2,66715
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
I: Envelope glycoprotein gp160,Envelope glycoprotein gp160
A: HEAVY CHAIN OF ANTIBODY 44-VRC13.01
B: LIGHT CHAIN OF ANTIBODY 44-VRC13.01
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,03922
ポリマ－86,9223
非ポリマー3,11819
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)293.796, 67.053, 93.638
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 HALB

#2: 抗体 HEAVY CHAIN OF ANTIBODY 44-VRC13.01


分子量: 25534.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 LIGHT CHAIN OF ANTIBODY 44-VRC13.01


分子量: 22175.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 24分子 GI

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein gp160,Envelope glycoprotein gp160


分子量: 39211.434 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 43-122, 201-303, 325-486 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: 93TH057 / 遺伝子: env / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 GNTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q0ED31
#4: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 387分子

#5: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#6: 化合物
ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 9.5% PEG 8000, 15% isopropanol, 0.1M imidazole, pH 6.5
PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 81592 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 52.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Χ2: 1.587 / Net I/av σ(I): 13.386 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 410786
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.3-2.343.20.83338380.88695.2
2.34-2.383.70.84939940.86297.6
2.38-2.434.20.86239650.91599.1
2.43-2.484.60.79140410.91799.7
2.48-2.5350.76740400.94399.9
2.53-2.595.20.69640581.00899.8
2.59-2.665.30.5740751.059100
2.66-2.735.30.49340261.15199.9
2.73-2.815.30.4240691.27599.8
2.81-2.95.30.33540891.42499.8
2.9-35.30.27640751.598100
3-3.125.40.24340501.74599.9
3.12-3.265.30.20540862.06199.9
3.26-3.445.30.18340982.29299.8
3.44-3.655.30.1641132.412100
3.65-3.935.30.14741462.31499.9
3.93-4.335.40.13241092.21599.8
4.33-4.955.40.12141852.11799.6
4.95-6.245.50.1142031.76199.5
6.24-505.20.09243321.64997.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1702精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SE9

3se9


解像度: 2.308→38.3 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2495 4075 5 %Random selection
Rwork0.2233 77390 --
obs0.2246 81465 98.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 334.7 Å2 / Biso mean: 98.2266 Å2 / Biso min: 30.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.308→38.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11354 0 747 375 12476
Biso mean--97.94 63.66 -
残基数----1476
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00312020
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73116328
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0351897
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042081
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9094307
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3084-2.33550.36431210.32412226234784
2.3355-2.3640.31071150.31292548266396
2.364-2.39390.31411340.2932650278498
2.3939-2.42540.32491490.28892579272899
2.4254-2.45860.28841440.27732637278199
2.4586-2.49370.26461220.265526882810100
2.4937-2.5310.30471370.279126532790100
2.531-2.57050.28451560.274326722828100
2.5705-2.61260.27791530.28826282781100
2.6126-2.65770.31331440.271126572801100
2.6577-2.7060.31111450.267526702815100
2.706-2.7580.31751470.278526732820100
2.758-2.81430.30651670.263226482815100
2.8143-2.87550.29031610.268226422803100
2.8755-2.94230.32161270.253326772804100
2.9423-3.01590.28531330.251527002833100
3.0159-3.09740.24781470.247326482795100
3.0974-3.18850.311310.249127192850100
3.1885-3.29140.3031280.248126872815100
3.2914-3.40890.26311480.244126772825100
3.4089-3.54530.25121560.225126942850100
3.5453-3.70660.23441360.21427092845100
3.7066-3.90180.24191300.218727232853100
3.9018-4.1460.22561530.207726912844100
4.146-4.46560.2291340.1827492883100
4.4656-4.91420.19131280.171227272855100
4.9142-5.62340.19171490.180927552904100
5.6234-7.07760.24271330.22652792292599
7.0776-38.30480.23021470.20892871301897
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.72770.59560.75878.47942.87922.9518-0.1219-1.39460.01740.4752-0.0733-0.051-0.5273-0.15210.15411.3449-0.1844-0.12751.68030.34880.8609-22.591228.3104-24.1784
25.37771.0775-1.2174.1737-0.07685.825-0.1096-1.3819-1.23630.63340.1121-0.18660.51090.17160.06590.8373-0.0178-0.0151.33340.48960.9698-19.123621.4947-35.7415
34.98361.50780.49533.23521.21224.2962-0.159-0.63420.15910.276-0.0061-0.34970.36180.73810.16890.37440.0803-0.09231.0920.18810.67-16.270333.388-45.0315
40.3233-1.16520.36159.35922.95488.8752-0.311-0.26090.6688-0.20370.504-1.8741-0.79221.3311-0.00050.4257-0.0799-0.09491.03180.08281.1702-11.367843.8395-52.0326
52.0015.23632.3348.1905-2.52933.0497-0.20270.8677-2.0586-0.67521.5635-1.4667-0.10790.9837-1.21630.99210.2110.28281.4406-0.03481.3-10.930327.7802-63.9656
64.7261-0.3578-1.67684.780.24143.8337-0.1821-0.12910.65710.1195-0.2874-0.0109-0.31640.20490.44290.49230.0262-0.13781.07330.1420.8819-24.263345.0362-49.622
76.1111-2.1986-6.42810.80292.31456.7614-0.01732.57340.6093-0.55790.2108-0.5669-1.3977-2.0231-0.09721.774-0.14240.14741.46480.21931.1036-10.633744.4442-62.5885
85.7981-4.8875-2.21674.17281.88240.8752-0.88410.89480.09441.0517-0.0561-0.06790.0110.29290.82551.4451-0.3185-0.14811.67660.27211.3442-4.828150.8431-61.0336
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302.4599-1.14752.08422.5978-1.52064.38410.0818-0.0731-0.09360.1825-0.04820.00130.25390.1598-0.04040.4239-0.02210.05190.2402-0.05450.3406-60.79284.3797-33.9367
311.85481.7514-2.25288.4358-5.8369.55260.20.00010.05550.341-0.2832-0.2074-0.37480.21950.10040.326-0.0253-0.10380.31750.00620.3715-64.13748.2602-44.4829
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'G' and (resid 44 through 82 )G0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'G' and (resid 83 through 245 )G0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'G' and (resid 246 through 299 )G0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'G' and (resid 327 through 349 )G0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'G' and (resid 350 through 360 )G0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'G' and (resid 361 through 391 )G0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'G' and (resid 392 through 397 )G0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'G' and (resid 407 through 411 )G0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'G' and (resid 412 through 423 )G0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'G' and (resid 441 through 453 )G0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'G' and (resid 454 through 467 )G0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'G' and (resid 468 through 491 )G0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 1 through 112 )H0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 113 through 216 )H0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'L' and (resid 1 through 14 )L0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'L' and (resid 15 through 137 )L0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'L' and (resid 138 through 211 )L0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'I' and (resid 44 through 82 )I0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'I' and (resid 83 through 235 )I0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'I' and (resid 236 through 385 )I0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'I' and (resid 386 through 423 )I0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'I' and (resid 441 through 453 )I0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'I' and (resid 454 through 474 )I0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'I' and (resid 475 through 483 )I0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'I' and (resid 484 through 492 )I0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'A' and (resid 1 through 111 )A0
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'A' and (resid 112 through 216 )A0
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'B' and (resid 1 through 14 )B0
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'B' and (resid 15 through 75 )B0
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'B' and (resid 76 through 129 )B0
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'B' and (resid 130 through 197 )B0
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'B' and (resid 198 through 211 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る