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- PDB-4ydi: Crystal structure of broad and potently neutralizing VRC01-class ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ydi
タイトルCrystal structure of broad and potently neutralizing VRC01-class antibody Z258-VRC27.01, isolated from human donor Z258, in complex with HIV-1 gp120 from clade A strain Q23.17
要素
  • Envelope glycoprotein gp160
  • HEAVY CHAIN OF ANTIBODY Z258-VRC27.01
  • LIGHT CHAIN OF ANTIBODY Z258-VRC27.01
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / HIV-1
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulins ...HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.452 Å
データ登録者Zhou, T. / Srivatsan, S. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: Structural Repertoire of HIV-1-Neutralizing Antibodies Targeting the CD4 Supersite in 14 Donors.
著者: Zhou, T. / Lynch, R.M. / Chen, L. / Acharya, P. / Wu, X. / Doria-Rose, N.A. / Joyce, M.G. / Lingwood, D. / Soto, C. / Bailer, R.T. / Ernandes, M.J. / Kong, R. / Longo, N.S. / Louder, M.K. / ...著者: Zhou, T. / Lynch, R.M. / Chen, L. / Acharya, P. / Wu, X. / Doria-Rose, N.A. / Joyce, M.G. / Lingwood, D. / Soto, C. / Bailer, R.T. / Ernandes, M.J. / Kong, R. / Longo, N.S. / Louder, M.K. / McKee, K. / O'Dell, S. / Schmidt, S.D. / Tran, L. / Yang, Z. / Druz, A. / Luongo, T.S. / Moquin, S. / Srivatsan, S. / Yang, Y. / Zhang, B. / Zheng, A. / Pancera, M. / Kirys, T. / Georgiev, I.S. / Gindin, T. / Peng, H.P. / Yang, A.S. / Mullikin, J.C. / Gray, M.D. / Stamatatos, L. / Burton, D.R. / Koff, W.C. / Cohen, M.S. / Haynes, B.F. / Casazza, J.P. / Connors, M. / Corti, D. / Lanzavecchia, A. / Sattentau, Q.J. / Weiss, R.A. / West, A.P. / Bjorkman, P.J. / Scheid, J.F. / Nussenzweig, M.C. / Shapiro, L. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D.
履歴
登録2015年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月10日Group: Database references
改定 1.22015年6月17日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / entity_src_gen / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Envelope glycoprotein gp160
H: HEAVY CHAIN OF ANTIBODY Z258-VRC27.01
L: LIGHT CHAIN OF ANTIBODY Z258-VRC27.01
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,24821
ポリマ－87,9263
非ポリマー3,32218
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)141.738, 172.253, 91.782
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 HEAVY CHAIN OF ANTIBODY Z258-VRC27.01


分子量: 24897.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 LIGHT CHAIN OF ANTIBODY Z258-VRC27.01


分子量: 23048.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 14分子 G

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein gp160


分子量: 39980.078 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 43-122, 191-293, 315-482 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: env / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 GNTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O55774
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 24分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 4% PEG 400, 1.9 M (NH4)2SO4, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→50 Å / Num. obs: 13262 / % possible obs: 87.6 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 80.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.157 / Χ2: 1.688 / Net I/av σ(I): 11.507 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 72734
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.45-3.573.50.3488600.8630.1770.3951.30258.1
3.57-3.723.80.36910360.890.190.4191.30569.3
3.72-3.894.20.42911610.880.2160.4841.31778.8
3.89-4.094.80.33512600.9440.1590.3721.44884.2
4.09-4.355.10.24513440.9730.1120.271.57989.7
4.35-4.685.60.1814440.9910.0790.1971.73995.6
4.68-5.1560.16614950.9910.0720.1811.69398.9
5.15-5.96.50.17815140.990.0750.1941.62899.9
5.9-7.4370.13715390.9940.0560.1481.60399.9
7.43-506.40.05316090.9980.0220.0582.3899.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SE9

3se9


解像度: 3.452→46.038 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2763 675 5.11 %Random selection
Rwork0.222 12540 --
obs0.2246 13215 87.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 268.62 Å2 / Biso mean: 112.7391 Å2 / Biso min: 28.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.452→46.038 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5944 0 206 19 6169
Biso mean--140.4 68.69 -
残基数----760
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046309
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0218600
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045985
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051089
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3842316
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.452-3.71840.35191050.29581757186263
3.7184-4.09240.32351250.26092297242282
4.0924-4.6840.23641480.19052631277992
4.684-5.89940.281480.20322860300899
5.8994-46.0420.25581490.220329953144100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6959-0.298-0.11473.853-2.24553.0172-0.2056-1.24910.33891.95280.32630.6935-0.251-0.0647-0.09981.690.32670.60861.191-0.0681.2182-56.9152-8.535329.5937
23.89330.01830.6076.8246-0.26074.3717-0.1417-0.85920.06591.48730.3699-0.52380.0620.3391-0.22170.76240.1963-0.04130.7802-0.09950.7921-39.4521-13.158222.529
37.469-4.16621.2622.5303-1.29994.3022-0.1605-0.29690.62670.70080.2862-0.9154-0.28450.3756-0.01760.4997-0.0668-0.04760.5413-0.05490.7289-40.3079-6.227611.0914
45.62250.2913-0.7235.6003-1.81034.3699-0.0526-0.33940.20340.97320.1643-0.2233-0.44420.31930.03960.70680.1402-0.16770.693-0.16830.4962-41.4401-18.386318.576
59.45060.286-5.90596.14521.57178.74320.31660.90970.5445-0.53710.06771.5369-0.7911-1.342-0.37880.52440.0559-0.13760.59970.0690.9852-57.6806-23.7168-5.9211
60.92482.02350.12614.4920.94677.078-0.2588-0.5889-0.0392-0.32110.1464-0.51960.76910.7579-0.22880.24790.028-0.20740.6034-0.0250.852-49.6072-31.5227-1.2913
76.2496-0.5339-3.60416.00444.05084.4050.1722-0.1184-0.1183-0.54390.39250.42930.12750.1074-0.4120.70580.1005-0.23860.58260.30060.6236-44.9965-21.7851.1112
83.19452.3627-2.20175.32153.44518.92850.61670.32940.1517-0.8765-0.47080.24930.1104-0.5755-0.23660.8067-0.0039-0.19880.48860.09020.9047-50.9007-21.1517-6.9497
94.8334-1.8987-1.41674.10431.02187.7694-0.3097-0.45380.03091.14340.66741.7145-0.7625-0.9138-0.18020.76780.16690.08790.53060.09781.0183-56.6985-29.6585.5915
100.65020.38810.49881.01310.84671.09630.40540.8301-0.2903-0.8934-0.08750.5820.56530.1598-0.06431.1151-0.0462-0.8251.18570.30990.5159-54.0873-34.9606-19.745
110.22230.0694-0.23571.8953-0.59480.40580.47940.5887-0.4533-0.47350.11840.35810.28980.3125-0.30152.38560.3574-0.61930.9265-0.07420.8511-54.2654-41.0014-29.7692
120.941-0.21490.32980.0952-0.22910.39870.11121.5911-0.415-0.58310.00470.3241-0.1857-0.6197-0.35461.65240.2041-1.86361.5834-0.20561.1373-60.3484-47.9527-32.7075
138.27321.77691.64013.1822-0.09023.37330.5684-0.2191-0.72990.19630.0119-0.23360.21390.0998-0.25010.35550.1714-0.50680.787-0.00011.762-52.1876-52.80663.0673
144.21883.7351.44974.16343.44375.9234-0.6722-0.54181.4013-0.0342-0.42630.7603-1.1249-0.33661.08770.85690.2168-0.30450.7410.01551.3702-48.1871-46.405312.2688
156.4715-2.0239-0.23845.2313-1.99369.44350.06750.4003-0.7311-0.2162-0.1711.04730.0903-0.51080.12080.39240.13140.03570.66390.28521.2599-59.1383-41.75763.893
165.41922.22241.26345.99350.71385.2138-0.1043-0.0978-0.70370.79190.3851.06660.4327-0.2964-0.30420.46940.18470.1490.56190.12411.409-57.7576-48.45135.2087
175.29281.9962-3.37415.1388-3.98633.760.50851.13390.0934-1.0267-0.2630.5247-1.0276-1.0503-0.13292.06790.3314-0.59590.9639-0.25831.0691-50.2909-55.9328-27.9349
187.84863.50632.28117.2152-2.61962.99870.27621.2616-0.2552-2.6224-0.20.1620.60210.4078-0.07542.18970.2328-0.38771.232-0.37020.8417-37.4752-58.2614-25.4966
192.211-1.21950.23382.0786-0.13322.47240.2781.1106-1.1995-1.5822-0.66740.77640.275-0.50370.4151.99310.2351-0.50340.8627-0.30981.2056-46.2002-54.4033-25.7924
207.742.0946-2.4733.3295-0.35576.7719-0.66421.079-1.6964-1.7865-0.769-0.1793-0.5072-0.04471.31651.72240.344-0.24210.852-0.27831.219-45.273-65.2585-26.0167
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'G' and (resid 44 through 235 )G0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'G' and (resid 236 through 353 )G0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'G' and (resid 354 through 446 )G0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'G' and (resid 447 through 492 )G0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 2 through 33 )H0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 34 through 52 )H0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 52A through 66 )H0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 67 through 87 )H0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 88 through 100D)H0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 100E through 124 )H0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 138 through 150 )H0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 151 through 214 )H0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'L' and (resid 2 through 18 )L0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'L' and (resid 19 through 33 )L0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'L' and (resid 34 through 53 )L0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'L' and (resid 54 through 108 )L0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'L' and (resid 109 through 143 )L0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'L' and (resid 144 through 155 )L0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'L' and (resid 156 through 198 )L0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'L' and (resid 199 through 214 )L0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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