PDB-4y7m: T6SS protein TssM C-terminal domain (835-1129) from EAEC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y7m

タイトル

T6SS protein TssM C-terminal domain (835-1129) from EAEC

要素

Hi113 protein
Type VI secretion protein IcmF

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Type 6 secretion system / Alpha-beta fold / periplasmic protein

機能・相同性

機能・相同性情報

: / : / Type VI secretion protein IcmF helical domain / Type VI secretion system IcmF, C-terminal / Type VI secretion protein IcmF C2-like domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Lama glama (ラマ)

Escherichia coli 2-156-04_S3_C3 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Nguyen, V.S. / Spinelli, S. / Durand, E. / Roussel, A. / Cambillau, C.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Biogenesis and structure of a type VI secretion membrane core complex.
著者: Eric Durand / Van Son Nguyen / Abdelrahim Zoued / Laureen Logger / Gérard Péhau-Arnaudet / Marie-Stéphanie Aschtgen / Silvia Spinelli / Aline Desmyter / Benjamin Bardiaux / Annick ...
要旨: Bacteria share their ecological niches with other microbes. The bacterial type VI secretion system is one of the key players in microbial competition, as well as being an important virulence ...

履歴

登録	2015年2月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y7m.cif.gz	300 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y7m.ent.gz	241.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4y7m_validation.pdf.gz	462.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4y7m_full_validation.pdf.gz	469.1 KB	表示
XML形式データ	4y7m_validation.xml.gz	36.2 KB	表示
CIF形式データ	4y7m_validation.cif.gz	54.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/4y7m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/4y7m	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2927C 2928C 4y7lC 4y7oC 4qgyS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4p2m-d 6nmg-2 4b93-d 4ll6-d 1c81-1 1yal-1 3oqi-d 4o4u-3 3eed-d 6len-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hi113 protein

B: Hi113 protein

C: Type VI secretion protein IcmF

D: Type VI secretion protein IcmF

ヘテロ分子

92.9 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Hi113 protein

C: Type VI secretion protein IcmF

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.5 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Hi113 protein

D: Type VI secretion protein IcmF

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	95.230, 95.230, 172.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄

#1: 抗体	Hi113 protein 分子量: 13897.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 遺伝子: hi113 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: タンパク質	Type VI secretion protein IcmF 分子量: 32425.207 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 835-1129 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli 2-156-04_S3_C3 (大腸菌) 遺伝子: AC43_2230 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A070IVV8, UniProt: A0A0M3KL16*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 804 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 18-20 % PEG4000, 0.25 M Ammonium sulfate. / PH範囲: 8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 1 crystal
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.93 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→50 Å / Num. all: 67557 / Num. obs: 67557 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.4 % / B_iso Wilson estimate: 37.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 18
反射シェル	解像度: 1.91→1.97 Å / 冗長度: 11.3 % / R_merge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.5	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4QGY

4qgy

解像度: 1.92→47.61 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9498 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9352 / SU R Cruickshank DPI: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.143 / SU R_free Blow DPI: 0.127 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.124

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2105	3356	4.97 %	RANDOM
R_work	0.1827	-	-	-
obs	0.184	67543	100 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.2521 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.2521 Å²	0 Å²
3-	-	-	8.5043 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→47.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5522	0	15	804	6341

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	5671	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.05	7729	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1846	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		118	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		840	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		5671	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.65
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	17.18
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		731	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		6907	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.92→1.97 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2504	223	4.51 %
R_work	0.2338	4721	-
all	0.2346	4944	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0628	-0.0173	-0.1157	-0.0406	-0.0443	0.01	-0.0017	-0.0004	-0.0017	0.0016	-0.0015	0.0011	0.0005	-0.0018	0.0033	0.0007	-0.0036	0.0218	-0.0031	0.0179	-0.001	-22.6581	32.4739	3.7163
2	0.0081	0.0527	-0.0197	0.0818	-0.1052	0	0.0002	-0.0007	-0.0002	0.0006	0.0007	0.0005	0.0024	0.0012	-0.0009	0.0123	-0.0011	0.0012	-0.0153	0.0171	0.0058	-9.4921	15.0354	9.0524
3	0.0194	0.0143	-0.0698	0.0162	-0.1888	0.0129	0.0017	-0.0019	-0.0006	0.0032	-0.0025	0.0009	0.0049	-0.0057	0.0008	0.0114	0.0018	0.004	-0.0238	0.0013	0.003	-16.8217	23.1972	0.3444
4	0.3735	-0.117	-0.6725	0.2739	0.3988	0.4606	-0.0067	0.0047	-0.0023	0.009	0.0031	0.0065	0.0068	-0.0085	0.0036	-0.0068	0.0195	-0.0255	0.0209	0.0067	-0.0262	-13.1185	31.8983	-0.2104
5	-0.0074	0.0257	-0.039	0.0322	-0.02	0.0277	0.0006	-0.002	0.0002	0.001	-0.0004	-0.0014	-0.0003	0	-0.0002	-0.0012	-0.0016	-0.0109	0.0077	0.0082	-0.0079	-3.5922	32.1673	6.1756
6	-0.1993	0.0893	0.0899	0.3282	-0.0736	0.1479	-0.0139	0.0152	-0.0072	-0.0043	0.0062	-0.0041	0.0139	0.004	0.0077	0.022	-0.0274	-0.0266	-0.0155	-0.0263	-0.0012	-6.6818	27.2203	-6.9066
7	-0.0957	0.0751	0.2785	0.188	0.1436	0	-0.0052	0.0027	0.0008	0.0031	0.0079	0.0049	0.0156	-0.0022	-0.0027	0.0118	-0.0217	0.0005	-0.0326	-0.0081	0.0203	-17.1595	22.0542	-4.5704
8	0.0387	-0.0349	0.0093	0.0048	0.021	0.023	-0.0002	-0.0017	-0.0004	0.0007	0.0014	-0.0007	0.0006	0.0003	-0.0012	-0.0034	0.0159	-0.0038	0.0101	-0.0015	-0.0083	-0.2361	18.7667	5.795
9	0.2219	-0.1313	-0.5924	0.6614	0.6876	0.434	-0.0145	-0.0072	-0.0034	0.0093	0.028	0.0022	-0.0029	0.008	-0.0136	0.0113	0.0155	-0.0108	0.0216	0.0279	-0.0522	-10.6644	36.0827	-1.3086
10	0.0026	-0.0015	-0.0947	-0.0026	-0.1067	0.1066	-0.001	0.0019	-0.0029	-0.0003	0.0036	-0.0024	0.0002	-0.0022	-0.0026	0.0047	0.0089	-0.0091	0.0066	0.0295	-0.0109	-7.1208	18.8739	11.5664
11	0.0243	-0.0223	-0.0616	0.0104	0.0816	0.0206	-0.0008	0.0026	-0.0026	0.0006	-0.0033	0.0005	0.001	-0.0019	0.0041	-0.0093	0.0086	0.0055	0.0066	-0.0224	0.0014	-30.9506	36.1649	-36.3187
12	0	-0.0027	0.1172	0.0199	0.3306	0.0014	0.0002	-0.0005	0.0021	0.0001	0.0006	0.0045	0.0017	-0.0022	-0.0008	-0.0016	0.0037	-0.0269	0.0023	-0.0345	-0.0031	-53.3053	34.2522	-42.1614
13	-0.1507	0.3696	0.4027	0.5601	0.3597	0.1787	-0.0051	0.0009	-0.012	-0.0092	0.0135	-0.0093	0.0058	0.0042	-0.0085	-0.0284	-0.0088	-0.0343	0.0101	-0.0127	0.0057	-38.7851	38.3283	-31.7218
14	-0.053	0.0558	0.0034	0.1368	-0.0216	0.0284	-0.0003	0.0012	0.0007	-0.0039	0.0011	0.0022	-0.0008	-0.0001	-0.0008	0.0129	-0.0019	-0.017	-0.0026	0.0048	-0.0063	-45.0865	49.847	-40.2416
15	0.0899	-0.0633	0.164	0.0088	0.5928	0.1221	0.0022	-0.0063	0.0001	0.0074	-0.0084	0.0134	-0.0041	0.004	0.0063	-0.0072	-0.0135	-0.0019	0.0001	-0.022	0.0105	-43.8595	44.5132	-24.3752
16	0.1473	0.167	-0.1816	0.6064	0.4906	0.2023	0.0011	-0.0133	-0.0103	0.0121	-0.0065	-0.011	0.0087	0.0045	0.0054	0.0039	-0.0016	-0.002	0.002	-0.0085	0.0209	-43.8323	35.2943	-27.0371
17	0.008	0.0984	0.1843	0.1816	0.1955	0.0141	0.0022	0.0003	0.0003	-0.0014	-0.0076	0.0056	-0.0038	-0.008	0.0053	-0.0202	0.003	-0.0188	0.01	-0.0114	0.0101	-52.731	38.7026	-34.8869
18	0.8214	0.2511	-0.1971	0.4076	0.1332	0	0.0128	0.0083	-0.0028	-0.0158	-0.0027	0.0172	-0.0004	0.0143	-0.0101	-0.0092	-0.0134	-0.021	0.033	-0.0171	-0.04	-37.4905	46.585	-31.4534
19	0.0689	-0.0398	-0.0243	-0.0689	0.0064	0.0769	-0.0001	-0.0003	0.0005	0.0008	-0.0007	0.0053	0.0011	0.0006	0.0008	0.0009	0.0099	-0.0345	0.0129	0.0014	-0.0164	-53.0016	38.9829	-44.9906
20	-0.0699	0.0413	-0.0488	0.071	0.1018	0.0005	0.0016	0.0003	0.0024	-0.0022	-0.003	0	0.003	0	0.0014	-0.0064	-0.0195	-0.0053	-0.0116	0.017	0.0012	15.6624	75.7114	-34.4099
21	-0.0665	0.1088	0.021	0.1479	0.015	0.0038	0.0009	0.0037	0.0004	-0.0022	-0.0006	-0.0012	-0.001	0.0015	-0.0003	0.0313	-0.028	-0.0138	-0.0516	0.0172	0.019	8.9793	77.2933	-20.4006
22	0.0033	0.0523	0.0717	0.0593	-0.0238	0.0273	-0.0002	-0.0004	0.0034	0.0017	-0.0006	-0.0011	-0.0005	0.0016	0.0007	0.0308	-0.0392	-0.0185	-0.034	0.0147	0.0029	8.4883	70.7934	-8.4513
23	-0.311	0.1737	0.1392	0.3314	-0.0696	0.0064	0.0022	-0.0047	0.0097	0.0019	0.0009	-0.0009	-0.0031	0.0003	-0.0031	0.0384	-0.0193	-0.0154	-0.0443	0.0052	0.0046	0.5742	74.1394	-11.612
24	-0.0063	0.0116	0.088	0.033	-0.0413	0.1777	0.0003	0.0044	0.0055	0.0003	-0.0017	0.0105	0.0037	-0.0002	0.0014	0.0116	-0.0416	-0.0259	-0.0229	0.0594	0.0053	0.9551	73.2349	-28.8454
25	-0.0392	0.0659	0.1012	0.0892	0.1041	0.0755	-0.001	0.0023	0	0.0001	-0.0026	0.0029	-0.0005	0.0011	0.0036	0.02	-0.0134	0.0138	-0.0058	0.0045	-0.0149	1.8727	62.5604	-35.1142
26	-0.0835	0.1273	-0.0931	0.1804	0.1884	0.0496	0.001	0.005	-0.0012	-0.0047	-0.0023	-0.0006	0.0052	0.0029	0.0013	-0.0075	-0.0098	0.0157	0.0083	0.0087	-0.0043	12.0703	63.6297	-36.7052
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29	-0.047	0.0347	0.0302	0.1801	0.4411	0.5426	0.0019	-0.0135	0.0034	0.0049	-0.004	0.005	0	-0.004	0.0021	0.0292	0.0012	0.0038	-0.0061	0.0026	-0.0288	-7.3999	54.9474	5.0206
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33	0.0902	0.019	0.0065	0.0418	0.1657	0.1185	-0.003	0.0009	-0.0007	0.0009	0.0008	0.0042	-0.002	0	0.0022	0.0086	0.004	0.0016	0.0028	0.024	-0.0165	-3.1197	55.5371	9.2077
34	0.0642	0.0279	0.09	0.0135	0.0343	0.0329	-0.0013	-0.0009	-0.0012	0.001	0.0023	-0.0007	-0.0007	0.0004	-0.001	0.0077	-0.0038	-0.0164	0.0038	0.0101	-0.0118	-0.5991	55.4526	13.6885
35	-0.0882	0.0388	0.2352	0.2049	0.0058	0.0738	-0.0038	0.0014	0.0005	0.0011	0.0036	-0.005	-0.0064	-0.003	0.0003	0.0677	-0.0394	-0.0369	-0.0472	0.0138	-0.021	0.8759	63.9534	-2.4764
36	-0.0038	0.0039	0.0068	0.0058	-0.0055	0.003	-0.0009	0.0005	0.0014	0.0001	0.0009	-0.002	0.001	-0.0016	0	0.0035	-0.0053	-0.001	-0.0071	-0.0135	0.0005	2.9181	49.1059	-7.8356
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42	0.0044	-0.0059	0.0279	0.0073	-0.0615	0	-0.0004	0.0012	0.0024	0.0003	-0.0007	-0.0017	-0.0016	0	0.0011	-0.0053	0.0037	-0.0234	-0.0116	0.0286	0.0149	-25.7957	84.0819	-24.0586
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44	0.0146	-0.0099	0.0874	-0.0096	0.0286	0.0139	0.0019	-0.003	-0.0017	0.0006	-0.0009	0.0004	0.0007	0.0003	-0.0011	0.0009	0.0127	-0.0135	-0.0114	-0.0403	0.005	-18.1967	81.641	-0.4225
45	0.0184	-0.0106	-0.0039	-0.0184	0.054	0	0.0002	-0.0021	0.0021	0.002	-0.0006	0.0002	-0.0022	-0.0003	0.0003	-0.0025	0.0019	0.0055	-0.0012	-0.0116	-0.0071	-27.1064	74.6894	3.7582
46	0.0324	-0.0201	0.0337	-0.0277	0.0167	0.0116	0.0003	-0.0002	0.0002	0.0003	0	0.0011	0.0007	-0.0001	-0.0003	-0.0046	0.0078	-0.004	0.0048	-0.0134	-0.0018	-32.721	82.3397	-2.0295
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48	-0.0168	0.1873	-0.1913	0.234	-0.9244	0.6435	0.0047	0.0117	0.0022	-0.0123	-0.0122	-0.0077	-0.0015	-0.0003	0.0075	-0.0401	-0.0215	-0.0127	0.0515	0.0551	-0.024	-25.7792	62.6094	-36.4428
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51	-0.0175	0.1484	0.0141	0.1772	-0.8039	0.1766	0.0013	0.0059	0.0015	-0.0003	-0.0096	-0.0208	-0.0055	-0.0058	0.0083	-0.0458	-0.0088	-0.0048	0.0357	0.058	0.0001	-21.1577	69.0078	-35.8761
52	-0.0241	0.0058	0.0363	0.0524	-0.072	0.0501	-0.0005	0.0017	-0.0013	0	-0.001	0.0001	0.0009	-0.0001	0.0016	0.0024	0.0006	-0.0056	0.0035	0.0108	0.0017	-31.5677	65.3076	-47.1155
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57	-0.1306	0.2633	0.2772	0.3476	0.0377	0.0139	-0.0145	0.0085	0.0215	0.0085	0.0121	-0.0058	0.0055	-0.0131	0.0024	0.0282	-0.038	-0.0105	-0.0479	0.0497	0.0136	-29.0603	67.0372	-21.216
58	0.0517	-0.0429	0.0497	-0.0066	0.0169	0	0.001	-0.0015	-0.0006	0.0004	-0.0004	0.0017	-0.0001	0.0005	-0.0006	-0.003	0.0078	-0.01	-0.0051	-0.0063	0.0086	-30.3148	86.897	-8.885

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|1 - A\|6}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|7 - A\|14}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|15 - A\|27}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|28 - A\|42}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|43 - A\|48}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|49 - A\|71}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|72 - A\|84}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{A\|85 - A\|90}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{A\|91 - A\|122}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{A\|123 - A\|129}
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{B\|1 - B\|6}
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{B\|7 - B\|15}
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{B\|16 - B\|40}
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{B\|41 - B\|48}
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{B\|49 - B\|64}
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{B\|65 - B\|79}
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{B\|80 - B\|89}
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{B\|90 - B\|123}
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{B\|124 - B\|129}
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{C\|31 - C\|43}
21	X-RAY DIFFRACTION	21	{C\|44 - C\|54}
22	X-RAY DIFFRACTION	22	{C\|55 - C\|63}
23	X-RAY DIFFRACTION	23	{C\|64 - C\|73}
24	X-RAY DIFFRACTION	24	{C\|74 - C\|91}
25	X-RAY DIFFRACTION	25	{C\|92 - C\|101}
26	X-RAY DIFFRACTION	26	{C\|102 - C\|118}
27	X-RAY DIFFRACTION	27	{C\|119 - C\|127}
28	X-RAY DIFFRACTION	28	{C\|128 - C\|147}
29	X-RAY DIFFRACTION	29	{C\|148 - C\|162}
30	X-RAY DIFFRACTION	30	{C\|163 - C\|170}
31	X-RAY DIFFRACTION	31	{C\|171 - C\|179}
32	X-RAY DIFFRACTION	32	{C\|180 - C\|185}
33	X-RAY DIFFRACTION	33	{C\|186 - C\|194}
34	X-RAY DIFFRACTION	34	{C\|195 - C\|201}
35	X-RAY DIFFRACTION	35	{C\|202 - C\|217}
36	X-RAY DIFFRACTION	36	{C\|218 - C\|222}
37	X-RAY DIFFRACTION	37	{C\|223 - C\|245}
38	X-RAY DIFFRACTION	38	{C\|246 - C\|264}
39	X-RAY DIFFRACTION	39	{C\|265 - C\|271}
40	X-RAY DIFFRACTION	40	{D\|35 - D\|43}
41	X-RAY DIFFRACTION	41	{D\|44 - D\|56}
42	X-RAY DIFFRACTION	42	{D\|57 - D\|65}
43	X-RAY DIFFRACTION	43	{D\|66 - D\|78}
44	X-RAY DIFFRACTION	44	{D\|79 - D\|90}
45	X-RAY DIFFRACTION	45	{D\|91 - D\|113}
46	X-RAY DIFFRACTION	46	{D\|114 - D\|122}
47	X-RAY DIFFRACTION	47	{D\|123 - D\|147}
48	X-RAY DIFFRACTION	48	{D\|148 - D\|162}
49	X-RAY DIFFRACTION	49	{D\|163 - D\|170}
50	X-RAY DIFFRACTION	50	{D\|171 - D\|180}
51	X-RAY DIFFRACTION	51	{D\|181 - D\|193}
52	X-RAY DIFFRACTION	52	{D\|194 - D\|200}
53	X-RAY DIFFRACTION	53	{D\|201 - D\|216}
54	X-RAY DIFFRACTION	54	{D\|217 - D\|221}
55	X-RAY DIFFRACTION	55	{D\|222 - D\|232}
56	X-RAY DIFFRACTION	56	{D\|233 - D\|240}
57	X-RAY DIFFRACTION	57	{D\|241 - D\|260}
58	X-RAY DIFFRACTION	58	{D\|261 - D\|268}

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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