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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4y7o | ||||||
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| Title | T6SS protein TssM C-terminal domain (869-1107) from EAEC | ||||||
Components |
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Keywords | SIGNALING PROTEIN / Type 6 secretion system / Alpha-beta fold / periplasmic protein | ||||||
| Function / homology | Function and homology information | ||||||
| Biological species | ![]() ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.24 Å | ||||||
Authors | Nguyen, V.S. / Spinelli, S. / Durand, E. / Roussel, A. / Cambillau, C. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2015Title: Biogenesis and structure of a type VI secretion membrane core complex. Authors: Eric Durand / Van Son Nguyen / Abdelrahim Zoued / Laureen Logger / Gérard Péhau-Arnaudet / Marie-Stéphanie Aschtgen / Silvia Spinelli / Aline Desmyter / Benjamin Bardiaux / Annick ...Authors: Eric Durand / Van Son Nguyen / Abdelrahim Zoued / Laureen Logger / Gérard Péhau-Arnaudet / Marie-Stéphanie Aschtgen / Silvia Spinelli / Aline Desmyter / Benjamin Bardiaux / Annick Dujeancourt / Alain Roussel / Christian Cambillau / Eric Cascales / Rémi Fronzes / ![]() Abstract: Bacteria share their ecological niches with other microbes. The bacterial type VI secretion system is one of the key players in microbial competition, as well as being an important virulence ...Bacteria share their ecological niches with other microbes. The bacterial type VI secretion system is one of the key players in microbial competition, as well as being an important virulence determinant during bacterial infections. It assembles a nano-crossbow-like structure in the cytoplasm of the attacker cell that propels an arrow made of a haemolysin co-regulated protein (Hcp) tube and a valine-glycine repeat protein G (VgrG) spike and punctures the prey's cell wall. The nano-crossbow is stably anchored to the cell envelope of the attacker by a membrane core complex. Here we show that this complex is assembled by the sequential addition of three type VI subunits (Tss)-TssJ, TssM and TssL-and present a structure of the fully assembled complex at 11.6 Å resolution, determined by negative-stain electron microscopy. With overall C5 symmetry, this 1.7-megadalton complex comprises a large base in the cytoplasm. It extends in the periplasm via ten arches to form a double-ring structure containing the carboxy-terminal domain of TssM (TssMct) and TssJ that is anchored in the outer membrane. The crystal structure of the TssMct-TssJ complex coupled to whole-cell accessibility studies suggest that large conformational changes induce transient pore formation in the outer membrane, allowing passage of the attacking Hcp tube/VgrG spike. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4y7o.cif.gz | 296.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4y7o.ent.gz | 239.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4y7o.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4y7o_validation.pdf.gz | 452.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4y7o_full_validation.pdf.gz | 463.2 KB | Display | |
| Data in XML | 4y7o_validation.xml.gz | 31.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 4y7o_validation.cif.gz | 45 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/4y7o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/4y7o | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 2927C ![]() 2928C ![]() 4y7lSC ![]() 4y7mC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 26508.033 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 868-1107 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: AB98_0769 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 16975.258 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 25-178 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 53 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.75 / Details: 0.05M ZnCl2, 15% PEG6000 and 0.1 NaAc pH 4.75. |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: 1 crystal |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.93 Å |
| Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 29, 2014 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.93 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.24→50 Å / Num. all: 46408 / Num. obs: 46408 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 10 % / Biso Wilson estimate: 54.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 21.5 |
| Reflection shell | Resolution: 2.24→2.3 Å / Redundancy: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 98.4 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4Y7L Resolution: 2.24→49.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9344 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU R Cruickshank DPI: 0.232 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.246 / SU Rfree Blow DPI: 0.182 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.179
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| Displacement parameters | Biso mean: 61.99 Å2
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| Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.321 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.24→49.34 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 2.24→2.3 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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