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万見
- EMDB-2928: Negative stain structure of a type 6 secretion system membrane co... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2928
タイトルNegative stain structure of a type 6 secretion system membrane core complex
マップデータStructure of a T6SS membrane core complex
試料
  • 試料: Negative stain structure of the TssJ-TssM-TssL type 6 secretion membrane core complex
  • タンパク質・ペプチド: TssJ
  • タンパク質・ペプチド: TssM
  • タンパク質・ペプチド: TssL
キーワードBacterial secretion / virulence
機能・相同性
機能・相同性情報


IcmF-related / IcmF-related / Intracellular multiplication and human macrophage-killing / : / : / Type VI secretion protein IcmF helical domain / Type VI secretion system IcmF, C-terminal / Type VI secretion system, lipoprotein SciN / Type VI secretion system IcmF, C-terminal / Type VI secretion system, lipoprotein SciN ...IcmF-related / IcmF-related / Intracellular multiplication and human macrophage-killing / : / : / Type VI secretion protein IcmF helical domain / Type VI secretion system IcmF, C-terminal / Type VI secretion system, lipoprotein SciN / Type VI secretion system IcmF, C-terminal / Type VI secretion system, lipoprotein SciN / Type VI secretion protein SciN-like superfamily / Type VI secretion protein IcmF C2-like domain / Type VI secretion lipoprotein, VasD, EvfM, TssJ, VC_A0113 / Type IV / VI secretion system, DotU / Type IV / VI secretion system, DotU / Type IV / VI secretion system, DotU superfamily / Type VI secretion system protein DotU / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Type VI secretion system lipoprotein TssJ / Type VI secretion protein / Type VI secretion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (strain 55989 / EAEC) (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 11.5 Å
データ登録者Durand E / Fronzes R
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Biogenesis and structure of a type VI secretion membrane core complex.
著者: Eric Durand / Van Son Nguyen / Abdelrahim Zoued / Laureen Logger / Gérard Péhau-Arnaudet / Marie-Stéphanie Aschtgen / Silvia Spinelli / Aline Desmyter / Benjamin Bardiaux / Annick ...著者: Eric Durand / Van Son Nguyen / Abdelrahim Zoued / Laureen Logger / Gérard Péhau-Arnaudet / Marie-Stéphanie Aschtgen / Silvia Spinelli / Aline Desmyter / Benjamin Bardiaux / Annick Dujeancourt / Alain Roussel / Christian Cambillau / Eric Cascales / Rémi Fronzes /
要旨: Bacteria share their ecological niches with other microbes. The bacterial type VI secretion system is one of the key players in microbial competition, as well as being an important virulence ...Bacteria share their ecological niches with other microbes. The bacterial type VI secretion system is one of the key players in microbial competition, as well as being an important virulence determinant during bacterial infections. It assembles a nano-crossbow-like structure in the cytoplasm of the attacker cell that propels an arrow made of a haemolysin co-regulated protein (Hcp) tube and a valine-glycine repeat protein G (VgrG) spike and punctures the prey's cell wall. The nano-crossbow is stably anchored to the cell envelope of the attacker by a membrane core complex. Here we show that this complex is assembled by the sequential addition of three type VI subunits (Tss)-TssJ, TssM and TssL-and present a structure of the fully assembled complex at 11.6 Å resolution, determined by negative-stain electron microscopy. With overall C5 symmetry, this 1.7-megadalton complex comprises a large base in the cytoplasm. It extends in the periplasm via ten arches to form a double-ring structure containing the carboxy-terminal domain of TssM (TssMct) and TssJ that is anchored in the outer membrane. The crystal structure of the TssMct-TssJ complex coupled to whole-cell accessibility studies suggest that large conformational changes induce transient pore formation in the outer membrane, allowing passage of the attacking Hcp tube/VgrG spike.
履歴
登録2015年3月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年4月15日-
マップ公開2016年1月27日-
更新2016年1月27日-
現状2016年1月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.022
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.022
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2928_ima...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2928.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 81.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of a T6SS membrane core complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.9 Å/pix.
x 280 pix.
= 532. Å		1.9 Å/pix.
x 280 pix.
= 532. Å		1.9 Å/pix.
x 280 pix.
= 532. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.9 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.022 / ムービー #1: 0.022
最小 - 最大-0.05647621 - 0.11964736
平均 (標準偏差)0.00033696 (±0.00507677)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 532.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.91.91.9
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z532.000532.000532.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-180-180-179
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.0560.1200.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Negative stain structure of the TssJ-TssM-TssL type 6 secretion m...

全体名称: Negative stain structure of the TssJ-TssM-TssL type 6 secretion membrane core complex
要素
  • 試料: Negative stain structure of the TssJ-TssM-TssL type 6 secretion membrane core complex
  • タンパク質・ペプチド: TssJ
  • タンパク質・ペプチド: TssM
  • タンパク質・ペプチド: TssL

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超分子 #1000: Negative stain structure of the TssJ-TssM-TssL type 6 secretion m...

超分子名称: Negative stain structure of the TssJ-TssM-TssL type 6 secretion membrane core complex
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Decamer / Number unique components: 3
分子量実験値: 1.7 MDa / 理論値: 1.7 MDa
手法: Relative stoichometry of the individual components is 1:1:1 for TssJ:TssM:TssL. Docking of the crystal structures of some parts of the complex indicates 10 copies of each protein.

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分子 #1: TssJ

分子名称: TssJ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: T6SS_SciN / コピー数: 10 / 集合状態: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain 55989 / EAEC) (大腸菌)
株: strain 55989 / EAEC / 別称: Enteroaggregative Escherichia coli / 細胞中の位置: outer membrane
分子量実験値: 18.4 KDa / 理論値: 18.4 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pRSF-Duet
配列UniProtKB: Type VI secretion system lipoprotein TssJ / InterPro: Type VI secretion system, lipoprotein SciN

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分子 #2: TssM

分子名称: TssM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: T6SS_SciS / コピー数: 10 / 集合状態: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain 55989 / EAEC) (大腸菌)
株: strain 55989 / EAEC / 別称: Enteroaggregative Escherichia coli / 細胞中の位置: inner membrane
分子量実験値: 130 KDa / 理論値: 130 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pRSF-Duet
配列UniProtKB: Type VI secretion protein
InterPro: Type VI secretion system IcmF, C-terminal, IcmF-related

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分子 #3: TssL

分子名称: TssL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: T6SS_SciP / コピー数: 10 / 集合状態: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain 55989 / EAEC) (大腸菌)
株: strain 55989 / EAEC / 別称: Enteroaggregative Escherichia coli / 細胞中の位置: inner membrane
分子量実験値: 24 KDa / 理論値: 24 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pRSF-Duet
配列UniProtKB: Type VI secretion protein / InterPro: Type IV / VI secretion system, DotU

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 50 mM NaCl, 0.025% w/v Decyl Maltose Neopentyl Glycol (DM-NPG)
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Nine microlitres of TssJLM complex sample was applied to glow-discharged carbon-coated copper grids (Agar Scientific). After 30 sec of absorption, the sample was blotted, washed with three ...詳細: Nine microlitres of TssJLM complex sample was applied to glow-discharged carbon-coated copper grids (Agar Scientific). After 30 sec of absorption, the sample was blotted, washed with three drops of water and then stained with 2% uranyl acetate.
グリッド詳細: 400 mesh carbon-coated copper grids
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
アライメント法Legacy - 非点収差: Astigmatism was checked during imaging and during CTF correction of the micrographs. Micrographs is astigmatism >10% were discarded.
日付2014年11月20日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 850 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 68100 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細A total of 72,146 particles were automatically selected from 1,200 independent images and extracted within boxes of 280 pixels x 280 pixels using EMAN2/BOXER. The CTF was estimated and corrected by phase flipping using EMAN2 (e2ctf). All two- and three-dimensional (2D and 3D) .classifications and refinements were performed using RELION 1.3 . We used three rounds of reference-free 2D class averaging to clean up the automatically selected dataset. Only highly populated classes displaying high-resolution features were conserved during this procedure and a final dataset of 26,544 particles was assembled. An initial 3D-model was generated in EMAN2 using using 30 classes. 3D classification was then performed in Relion with 5 classes. The particles corresponding to most populated class (~ 16,738) were used for refinement. Relion auto-refine procedure was used to obtain a final reconstruction at 11.56-A resolution after masking and with C5 symmetry imposed. Reported resolutions are based on the gold-standard Fourier shell correlation (FSC) 0.143 criterion, and FSC curve were corrected for the effects of a soft mask on the FSC curve using high-resolution noise substitution . A subregion of the whole reconstruction was further refined by applying a local mask in Relion 3Drefine.
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, Relion / 使用した粒子像数: 16738

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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