PDB-4qgy: Camelid (llama) nanobody n25 (VHH) against type 6 secretion syste...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qgy

タイトル

Camelid (llama) nanobody n25 (VHH) against type 6 secretion system TssM protein

要素

nanobody n25, VH domain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / immunoglobulin domain / protein recognition / T6SS TssM

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.38 Å

データ登録者

Nguyen, V.S. / Desmyter, A. / Le, T.T.H. / Durand, E. / Kellenberger, C. / Douzi, B. / Spinelli, S. / Cascales, E. / Cambillau, C. / Roussel, A.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Inhibition of Type VI Secretion by an Anti-TssM Llama Nanobody.
著者: Nguyen, V.S. / Logger, L. / Spinelli, S. / Desmyter, A. / Le, T.T. / Kellenberger, C. / Douzi, B. / Durand, E. / Roussel, A. / Cascales, E. / Cambillau, C.

履歴

登録	2014年5月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qgy.cif.gz	112.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qgy.ent.gz	87.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qgy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4qgy_validation.pdf.gz	439.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qgy_full_validation.pdf.gz	442.8 KB	表示
XML形式データ	4qgy_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	4qgy_validation.cif.gz	22.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/4qgy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/4qgy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4qlrC 4hepS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4jvp-1 2jw5-d 6gcj-d 1fwq-d 6z3x-2 1v76-2 2mov-d 3j6m-d 3iwb-3 5ffl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: nanobody n25, VH domain

B: nanobody n25, VH domain

29.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: nanobody n25, VH domain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: nanobody n25, VH domain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.980, 70.950, 145.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: 抗体	nanobody n25, VH domain 分子量: 14726.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pHEN6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: KNa Tartrate 1.2M, CHES 0.1M, Li2SO4 0.2M, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月16日
放射	モノクロメーター: Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors, channel cut cryogenically cooled monochromator crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.38→50 Å / Num. all: 55440 / Num. obs: 55440 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 20.27 Å² / R_merge(I) obs: 0.031 / Net I/σ(I): 28.7
反射シェル	解像度: 1.38→1.42 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.63 / Num. unique all: 3886 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
BUSTER	2.11.2	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4HEP

4hep

解像度: 1.38→20.15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9606 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9632 / SU R Cruickshank DPI: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1979	2813	5.08 %	RANDOM
R_work	0.1911	-	-	-
all	0.1915	55416	-	-
obs	0.1915	55416	99.52 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.77 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.4628 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.7302 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.2674 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.194 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.38→20.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1909	0	0	309	2218

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	1967	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.09	2678	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	0	622	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	0	39	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	0	302	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	0	1967	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	4.85
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	13.74
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	0	254	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	0	2490	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.38→1.42 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3671	187	4.9 %
R_work	0.3199	3627	-
all	0.3221	3814	-
obs	-	3886	99.52 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0276	-0.0371	-0.0003	0.0441	-0.003	0.019	0.0001	-0.0001	-0.0006	0.0003	-0.0002	0.0015	-0.0025	-0.0011	0	-0.0051	-0.0222	-0.0013	-0.0058	0.0061	0.0111	9.3334	32.2886	-14.791
2	0.1565	-0.2327	-0.4621	0.0517	-0.1931	0.2592	0.0013	0.0105	0.0067	-0.0141	-0.0257	-0.0178	0.0093	0.0012	0.0244	-0.0189	-0.0346	-0.0075	0.0104	0.0158	0.0024	6.2953	22.2225	-16.1628
3	0.0476	-0.0503	0.0715	0.0001	-0.0535	0.105	-0.0004	-0.005	-0.0008	0.001	0.0024	-0.0016	0.0004	-0.0023	-0.002	-0.0092	-0.02	-0.0007	0.0328	0.0166	-0.0225	2.5987	20.8014	-0.9016
4	0.2219	-0.1351	0.2305	0.09	-0.0707	0.065	0.0013	-0.0033	-0.0111	-0.0052	0.0027	-0.0004	0.0066	0.0172	-0.004	-0.0144	-0.0226	-0.0012	-0.0021	0.0319	0.0187	11.0226	13.008	-12.0657
5	0.1626	-0.1126	0.0443	0.218	0.2103	0.1179	0.0029	0.007	-0.0024	-0.01	-0.0116	-0.0038	0.0034	-0.0028	0.0087	0.0012	-0.0283	0.009	-0.004	0.0092	0.0007	3.8927	17.345	-17.041
6	0.5007	-0.203	-0.21	0.2198	0.0034	0.3657	-0.0031	-0.0081	0.0162	0.0282	-0.012	-0.0196	0.0185	0.0274	0.0151	-0.0258	-0.0186	-0.0099	0.0093	0.0219	0.0007	6.1685	21.1656	-7.95
7	0.0068	-0.1818	-0.1044	0.3147	-0.268	0.436	0.0012	-0.0172	0.0029	-0.0187	-0.0011	0.0031	0.0251	0.0105	0	0.0024	-0.034	-0.0144	-0.0119	-0.0013	0.0014	-13.0986	6.2285	-24.748
8	0.0669	0.225	0.0728	0.0161	0.0989	0.3141	-0.0024	0.0008	-0.0029	-0.0201	-0.008	-0.0078	0.0042	-0.0143	0.0105	0.0223	-0.0199	-0.0102	-0.0129	0.0102	-0.0148	-13.1737	11.1054	-34.6676
9	0.31	0.0076	-0.1314	0.0874	0.1398	0.1546	0.0033	-0.0073	-0.012	-0.013	0.0032	-0.005	-0.0012	0.0112	-0.0065	0.0123	-0.0239	0.0236	-0.0102	0.0175	-0.0034	-5.7929	9.7213	-28.2531
10	0.0039	0.0153	0.3763	0.0196	-0.1907	0.3315	0.0021	0.0053	0.0115	-0.0079	-0.0009	-0.0036	0.0003	-0.0097	-0.0012	0.0048	-0.0247	-0.0274	-0.0002	0.0065	-0.008	-15.2964	15.69	-28.7565
11	0	0.0122	0.0064	0	0.0019	0.0101	0.0001	0.0008	-0.0004	0.0005	-0.0003	0.0007	0.0001	-0.0004	0.0002	0.0052	-0.0024	0.0002	-0.0022	-0.0011	-0.0014	-14.2171	3.2574	-42.2478
12	0.1444	0.1031	0.2797	0.1964	-0.2572	0.2336	0.0057	0.0023	0.0114	-0.0069	0.0003	0.0072	0.0009	-0.0066	-0.0061	-0.0027	-0.0326	-0.0483	0.0037	-0.0027	-0.009	-18.689	12.0856	-30.3397

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 6
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	7 - 36
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	37 - 46
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	47 - 72
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	73 - 89
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	90 - 135
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 33
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	34 - 62
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	63 - 86
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	87 - 99
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	100 - 109
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	110 - 129

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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