[日本語] English
万見
- PDB-4xzr: Structure of yeast importin a bound to the membrane protein Nucle... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xzr
タイトルStructure of yeast importin a bound to the membrane protein Nuclear Localization Signal sequence of INM protein Heh1
要素
  • Importin subunit alpha
  • Inner nuclear membrane protein SRC1
キーワードMEMBRANE PROTEIN/NUCLEAR PROTEIN / karyopherins / nuclear import / NLS / membrane proteins / MEMBRANE PROTEIN-NUCLEAR PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome localization / maintenance of rDNA / import into nucleus / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / NLS-dependent protein nuclear import complex / protein targeting to membrane / nuclear inner membrane / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus ...proteasome localization / maintenance of rDNA / import into nucleus / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / NLS-dependent protein nuclear import complex / protein targeting to membrane / nuclear inner membrane / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / mitotic sister chromatid segregation / nuclear periphery / protein import into nucleus / disordered domain specific binding / nuclear envelope / membrane => GO:0016020 / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
HeH/LEM domain / HeH/LEM domain / MAN1, winged-helix domain / Man1/Src1, C-terminal / Man1-Src1p-C-terminal domain / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat ...HeH/LEM domain / HeH/LEM domain / MAN1, winged-helix domain / Man1/Src1, C-terminal / Man1-Src1p-C-terminal domain / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Importin subunit alpha / Inner nuclear membrane protein SRC1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Lokareddy, R.K. / Cingolani, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM074846 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Distinctive Properties of the Nuclear Localization Signals of Inner Nuclear Membrane Proteins Heh1 and Heh2.
著者: Lokareddy, R.K. / Hapsari, R.A. / van Rheenen, M. / Pumroy, R.A. / Bhardwaj, A. / Steen, A. / Veenhoff, L.M. / Cingolani, G.
履歴
登録2015年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月15日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_related / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_related.content_type / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Inner nuclear membrane protein SRC1
B: Importin subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2282
ポリマ－53,2282
非ポリマー00
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2790 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area18880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.682, 58.306, 95.372
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 129.32, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Inner nuclear membrane protein SRC1 / Helix-extension-helix domain-containing protein 1


分子量: 6366.884 Da / 分子数: 1 / 断片: unp resideus 170-223 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SRC1, HEH1, YML034W, YML033W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03707
#2: タンパク質 Importin subunit alpha / Karyopherin subunit alpha / Karyopherin-60 / Serine-rich RNA polymerase I suppressor protein


分子量: 46861.562 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 88-509 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SRP1, KAP60, YNL189W, N1606 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02821
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM ammonium acetate, 20% PEG 8000, 100 mM BisTris

-
データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→30 Å / Num. obs: 25906 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 31.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1696)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.25→29.008 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.78 / 位相誤差: 23.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2154 1294 5 %
Rwork0.1963 --
obs0.1973 25900 97.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→29.008 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3433 0 0 113 3546
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033502
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7924755
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8741326
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.026562
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004616
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.241-2.33070.27791190.25552285X-RAY DIFFRACTION82
2.3307-2.43670.26441410.24232778X-RAY DIFFRACTION99
2.4367-2.56510.28061420.23952763X-RAY DIFFRACTION99
2.5651-2.72570.23631520.23412811X-RAY DIFFRACTION100
2.7257-2.9360.29191470.23452790X-RAY DIFFRACTION100
2.936-3.23110.2471440.23132790X-RAY DIFFRACTION99
3.2311-3.69780.23831500.20472784X-RAY DIFFRACTION99
3.6978-4.65580.1761480.16322770X-RAY DIFFRACTION98
4.6558-29.01050.17781510.16712835X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.30082.3309-6.30471.922-3.77949.4418-0.45980.48170.1093-0.3436-0.378-0.14550.1598-0.56360.89440.83150.24470.19220.8409-0.09371.172946.942-19.47814.57
25.7626-5.9959-2.28656.25642.17893.162-0.0937-0.91450.52291.10570.38860.0555-0.4677-0.0625-0.14470.68970.10330.15610.9044-0.0350.690737.64-3.33921.445
32.14944.32162.22668.95723.22868.1175-0.18120.4311.49780.29850.04050.0871-0.52710.14040.28060.72470.109-0.1650.70810.01730.870727.40419.51323.358
44.525-0.6378-0.91233.50560.34613.3837-0.1647-0.64370.29890.42120.19720.1908-0.2873-0.3416-0.03780.37120.1043-0.01810.4343-0.02450.313317.98617.918.049
54.1776-1.37991.2241.5309-0.40192.0089-0.1043-0.7191-0.50660.19620.1534-0.01730.36160.0617-0.00190.39470.06540.02220.43650.08680.378151.016-12.00518.368
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 173:176 )A173 - 176
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 177:191 )A177 - 191
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 192:197 )A192 - 197
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 87:251 )B87 - 251
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 252:509 )B252 - 509

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る