PDB-4pvz: Structure of yeast importin a bound to the membrane protein Nucle...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pvz

タイトル

Structure of yeast importin a bound to the membrane protein Nuclear Localization Signal sequence of INM protein Heh2

要素

Importin subunit alpha
Inner nuclear membrane protein HEH2

キーワード

PROTEIN BINDING / ARMADILLO repeated structure / nuclear import adapter / importin beta / NLS-cargos

機能・相同性

機能・相同性情報

nuclear membrane organization / proteasome localization / import into nucleus / NLS-dependent protein nuclear import complex / NLS-bearing protein import into nucleus / nuclear localization sequence binding / nuclear inner membrane / protein targeting to membrane / nuclear import signal receptor activity / nuclear periphery ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Lokareddy, R.K. / Hapsari, A.R. / van Rheenen, M. / Bhardwaj, A. / Veenhoff, L.M. / Cingolani, C.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Distinctive Properties of the Nuclear Localization Signals of Inner Nuclear Membrane Proteins Heh1 and Heh2.
著者: Lokareddy, R.K. / Hapsari, R.A. / van Rheenen, M. / Pumroy, R.A. / Bhardwaj, A. / Steen, A. / Veenhoff, L.M. / Cingolani, G.

履歴

登録	2014年3月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pvz.cif.gz	362.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pvz.ent.gz	299.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pvz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/4pvz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/4pvz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xzrC 1ee5S 1bk5 1ee4 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5vqi-d 5h2w-2 3nkz-d 6af4-1 6af3-1 2rsl-d 4xzr-d 4rxh-d 1ee5-d 5o02-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (12) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (2) #99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (4) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Importin subunit alpha

B: Importin subunit alpha

C: Inner nuclear membrane protein HEH2

D: Inner nuclear membrane protein HEH2

104 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Importin subunit alpha

C: Inner nuclear membrane protein HEH2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Importin subunit alpha

D: Inner nuclear membrane protein HEH2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.470, 105.320, 224.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Importin subunit alpha / Karyopherin subunit alpha / Karyopherin-60 / Serine-rich RNA polymerase I suppressor protein 分子量: 46790.484 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 88-509 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: KAP60, N1606, SRP1, YNL189W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02821
#2: タンパク質・ペプチド	Inner nuclear membrane protein HEH2 / Helix-extension-helix domain-containing protein 2 分子量: 4984.759 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 100-137 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: D8035.2, HEH2, YDR458C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03281
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.85 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 100 mM ammonium acetate, 20% PEG 8000, 100 mM BisTris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X6A	1	0.97
シンクロトロン	NSLS	X29A	2	1.07

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 270r	1	CCD	2012年6月21日
ADSC QUANTUM 315r	2	CCD	2012年9月20日

放射

モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97	1
2	1.07	1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 40670 / Num. obs: 40670 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 35.2 Å² / R_sym value: 0.088 / Net I/σ(I): 22.5

反射シェル

解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / R_sym value: 0.522 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EE5

1ee5

解像度: 2.5→30.545 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.16 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2263	2020	5 %
R_work	0.1907	-	-
obs	0.1925	40406	96.85 %
all	-	40670	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30.545 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7002	0	0	277	7279

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	7108
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.981	9639
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.22	2709
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	1134
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1246

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5625	0.3159	128	0.2739	2689	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5625-2.6317	0.329	157	0.2657	2671	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6317-2.7091	0.2895	147	0.2532	2674	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7091-2.7965	0.291	127	0.2345	2626	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7965-2.8964	0.3161	135	0.2381	2708	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8964-3.0123	0.2596	154	0.2275	2641	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0123-3.1492	0.2373	151	0.2224	2620	X-RAY DIFFRACTION	93
3.1492-3.3151	0.2588	123	0.2132	2632	X-RAY DIFFRACTION	93
3.3151-3.5225	0.2459	129	0.206	2747	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5225-3.794	0.2275	162	0.1817	2783	X-RAY DIFFRACTION	99
3.794-4.175	0.1878	153	0.1581	2821	X-RAY DIFFRACTION	100
4.175-4.7771	0.1727	149	0.1483	2848	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7771-6.0111	0.2093	150	0.1711	2899	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0111-30.5477	0.1616	155	0.1457	3027	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7588	-0.3844	1.2343	1.7958	-1.354	4.7851	0.1236	-0.0411	-0.4343	0.0955	0.1124	0.0725	1.0284	-0.1981	-0.1987	0.66	-0.0157	-0.0412	0.3493	0.02	0.2794	-10.1692	-0.285	110.0721
2	0.6124	-0.0073	0.8063	1.5565	0.1478	4.3237	-0.0549	-0.0624	-0.045	0.0443	0.0154	-0.0619	0.1611	0.2088	0.0177	0.1088	0.0147	0.0129	0.2028	-0.0067	0.2518	-11.9239	14.0102	73.4854
3	4.4636	-0.3146	1.3802	3.355	1.164	4.0077	0.072	0.3544	-0.1734	-0.8922	-0.04	0.9862	0.3126	-0.6264	0.0754	0.4564	-0.03	-0.1832	0.4372	-0.0935	0.5229	-28.9241	10.8129	50.7752
4	4.7784	0.7229	-0.0815	2.7735	-1.3209	4.3285	0.0467	0.3958	0.22	-0.4256	-0.0784	0.4212	-0.5115	-0.3202	0.0702	0.3953	0.094	-0.0791	0.268	-0.0079	0.3376	-30.6508	-4.4507	23.6698
5	2.7479	-0.4792	0.1767	3.3516	-1.0073	2.4907	-0.0461	0.018	0.0321	-0.0737	-0.0586	-0.1243	-0.1754	0.1747	0.1005	0.1396	-0.0201	-0.0197	0.1971	-0.0026	0.2151	-18.9341	-16.1948	34.8245
6	1.6649	-0.2432	0.8127	1.8476	0.7062	3.6335	-0.1265	0.0401	0.2634	0.1542	0.0555	-0.2036	-0.1866	0.3872	0.0452	0.1397	-0.0207	-0.0178	0.2291	0.0073	0.3393	-0.9218	-16.0332	55.418
7	2.3756	0.3587	-0.0717	3.7621	-0.2424	3.8877	-0.0652	-1.0557	-0.5463	1.7795	0.1769	-0.0583	0.6147	0.2455	-0.1463	1.2347	0.2015	-0.078	0.6471	0.0842	0.4454	-1.6062	-19.9416	84.395
8	4.2345	-2.6243	2.5948	4.6899	-2.1396	5.3353	0.275	-0.6021	-0.2866	-0.1781	0.0587	0.6227	0.297	-0.6408	-0.3373	0.2455	0.046	-0.0114	0.2944	-0.012	0.3543	-24.7212	14.38	72.8939
9	2.2234	2.0727	0.4283	2.612	-1.2751	4.1629	0.3358	0.238	-0.4981	-0.0095	0.6744	0.2857	1.358	-0.3287	-1.1423	1.6144	-0.3287	0.0652	1.1609	0.142	1.3126	-18.5406	-1.1338	76.9282
10	3.2307	0.3817	1.2249	1.6331	-1.1442	5.7795	-0.1601	1.33	0.2376	-1.0728	-0.1661	-0.1074	1.103	0.8097	0.3496	1.0963	0.0012	-0.0571	0.775	-0.0501	0.5547	-7.3074	-3.3416	95.1336
11	7.9846	-0.8567	0.8895	8.5519	-0.9043	8.8937	-0.1047	-0.163	-0.361	0.5096	0.1584	1.7154	-0.0233	-1.6918	-0.0831	0.4276	0.0198	-0.0108	0.5399	0.0364	0.5052	-9.1951	-23.0867	64.2679
12	3.0019	-1.001	0.6293	3.6826	-4.0777	4.7234	-0.4547	0.1035	0.812	1.236	-0.3852	-1.2485	-1.6931	1.2226	0.8717	0.5782	-0.1614	-0.1512	0.3692	-0.0115	0.4786	-19.6982	-4.1572	40.2356

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 88 through 251 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 252 through 441 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 442 through 509 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 88 through 158 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 159 through 251 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 252 through 396 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 397 through 509 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 97 through 106 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 107 through 118 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 119 through 131 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 100 through 108 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 109 through 131 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)