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- PDB-4xrs: Heterodimeric complex of transcription factors MEIS1 and DLX3 on ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xrs
タイトルHeterodimeric complex of transcription factors MEIS1 and DLX3 on specific DNA
要素
  • (Homeobox protein ...) x 2
  • DNA (5'-D(P*AP*CP*AP*AP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*AP*AP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*T)-3')
キーワードTRANSCRIPTION / heterodimer / DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


cell growth involved in cardiac muscle cell development / odontoblast differentiation / negative regulation of myeloid cell differentiation / lens morphogenesis in camera-type eye / chromatin => GO:0000785 / eye development / embryonic pattern specification / definitive hemopoiesis / megakaryocyte development / blood vessel development ...cell growth involved in cardiac muscle cell development / odontoblast differentiation / negative regulation of myeloid cell differentiation / lens morphogenesis in camera-type eye / chromatin => GO:0000785 / eye development / embryonic pattern specification / definitive hemopoiesis / megakaryocyte development / blood vessel development / odontogenesis of dentin-containing tooth / hemopoiesis / negative regulation of neuron differentiation / epithelial cell differentiation / locomotory behavior / animal organ morphogenesis / brain development / placenta development / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / angiogenesis / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Distal-less-like homeobox protein, N-terminal domain / Homeobox protein distal-less-like N terminal / Homeobox protein PKNOX/Meis, N-terminal / N-terminal of Homeobox Meis and PKNOX1 / Homeobox KN domain / Homeobox KN domain / Helix-turn-helix motif / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. ...Distal-less-like homeobox protein, N-terminal domain / Homeobox protein distal-less-like N terminal / Homeobox protein PKNOX/Meis, N-terminal / N-terminal of Homeobox Meis and PKNOX1 / Homeobox KN domain / Homeobox KN domain / Helix-turn-helix motif / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Homeobox protein Meis1 / Homeobox protein DLX-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Jorma, A. / Yin, Y. / Nitta, K.R. / Dave, K. / Enge, M. / Kivioja, T. / Popov, A. / Morgunova, E. / Taipale, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: DNA-dependent formation of transcription factor pairs alters their binding specificity.
著者: Jolma, A. / Yin, Y. / Nitta, K.R. / Dave, K. / Popov, A. / Taipale, M. / Enge, M. / Kivioja, T. / Morgunova, E. / Taipale, J.
履歴
登録2015年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月18日Group: Database references
改定 1.22015年12月2日Group: Database references
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
M: DNA (5'-D(P*CP*AP*AP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*A)-3')
D: DNA (5'-D(P*AP*CP*AP*AP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*C)-3')
E: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*T)-3')
L: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*T)-3')
A: Homeobox protein Meis1
B: Homeobox protein Meis1
G: Homeobox protein DLX-3
I: Homeobox protein DLX-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7178
ポリマ－47,7178
非ポリマー00
水00
1
M: DNA (5'-D(P*CP*AP*AP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*A)-3')
L: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*T)-3')
A: Homeobox protein Meis1
G: Homeobox protein DLX-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4054
ポリマ－23,4054
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area14060 Å2
手法PISA
2
D: DNA (5'-D(P*AP*CP*AP*AP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*C)-3')
E: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*T)-3')
B: Homeobox protein Meis1
I: Homeobox protein DLX-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3124
ポリマ－24,3124
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area14450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.636, 69.845, 116.888
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA鎖 , 4種, 4分子 MDEL

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*AP*AP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*A)-3')


分子量: 4527.974 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*CP*AP*AP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*C)-3')


分子量: 5130.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*T)-3')


分子量: 5585.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*T)-3')


分子量: 5281.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
Homeobox protein ... , 2種, 4分子 ABGI

#5: タンパク質 Homeobox protein Meis1


分子量: 6914.002 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 283-340 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEIS1 / プラスミド: PETG20A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: O00470
#6: タンパク質 Homeobox protein DLX-3


分子量: 6681.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DLX3 / プラスミド: PETG20A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: O60479

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 8000, TRIS, Magnesium chloride, buthanol / PH範囲: 7 - 8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月14日
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: k,h,-l / Fraction: 0.08
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 46033 / Num. obs: 11191 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 109.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0608 / Net I/σ(I): 13.08
反射 シェル解像度: 2.964→3.07 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.0608 / Mean I/σ(I) obs: 0.63 / % possible all: 88.39

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXphenix.refine: 1.9_1692精密化
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3K2A, 2DJN

3k2a

2djn


解像度: 3.5→49.314 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.27 / 位相誤差: 45.01 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3591 651 5.33 %random
Rwork0.3305 11570 --
obs0.3427 6829 88.08 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 232.96 Å2 / Biso mean: 136.3207 Å2 / Biso min: 82.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→49.314 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1895 1352 0 0 3247
残基数----292
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073471
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1794961
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.183550
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007398
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.2141390
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.5029-3.85520.46851630.38232894305784
3.8552-4.41270.42721530.38192941309485
4.4127-5.55780.40491570.36742890304784
5.5578-44.77040.30861390.30222845298482

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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