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- PDB-5bng: monomer of TALE type homeobox transcription factor MEIS1 complexe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bng
タイトルmonomer of TALE type homeobox transcription factor MEIS1 complexes with specific DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*AP*A-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*A)-3')
  • Homeobox protein Meis2
キーワードPROTEIN/DNA / Protein-DNA complex / transcription factor / TALE type homeobox protein
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cardiac muscle myoblast proliferation / negative regulation of myeloid cell differentiation / eye development / embryonic pattern specification / response to growth factor / pancreas development / transcription factor binding / response to mechanical stimulus / positive regulation of mitotic cell cycle / animal organ morphogenesis ...positive regulation of cardiac muscle myoblast proliferation / negative regulation of myeloid cell differentiation / eye development / embryonic pattern specification / response to growth factor / pancreas development / transcription factor binding / response to mechanical stimulus / positive regulation of mitotic cell cycle / animal organ morphogenesis / brain development / visual learning / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Homeobox protein PKNOX/Meis, N-terminal / TALE/MEIS homeobox family N-terminal domain / : / Homeobox KN domain / Homeobox KN domain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily ...Homeobox protein PKNOX/Meis, N-terminal / TALE/MEIS homeobox family N-terminal domain / : / Homeobox KN domain / Homeobox KN domain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Homeobox protein Meis2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Morgunova, E. / Jolma, A. / Yin, Y. / Nitta, K. / Dave, K. / Popov, A. / Taipale, M. / Enge, M. / Kivioja, T. / Taipale, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: DNA-dependent formation of transcription factor pairs alters their binding specificity.
著者: Jolma, A. / Yin, Y. / Nitta, K.R. / Dave, K. / Popov, A. / Taipale, M. / Enge, M. / Kivioja, T. / Morgunova, E. / Taipale, J.
履歴
登録2015年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月18日Group: Database references
改定 1.22015年12月2日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Homeobox protein Meis2
L: DNA (5'-D(P*TP*TP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*A)-3')
M: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*AP*A-3')
A: Homeobox protein Meis2
C: DNA (5'-D(P*AP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6956
ポリマ－27,6956
非ポリマー00
水59433
1
B: Homeobox protein Meis2
L: DNA (5'-D(P*TP*TP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*A)-3')
M: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*AP*A-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8363
ポリマ－13,8363
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area7960 Å2
手法PISA
2
A: Homeobox protein Meis2
C: DNA (5'-D(P*AP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8603
ポリマ－13,8603
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area7990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.900, 59.940, 107.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA鎖 , 4種, 4分子 LMCD

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*A)-3')


分子量: 3035.003 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*AP*A-3')


分子量: 3671.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*A)-3')


分子量: 3677.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*AP*A)-3')


分子量: 3053.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 35分子 BA

#1: タンパク質 Homeobox protein Meis2 / Meis1-related protein 1


分子量: 7129.208 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 283-342 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEIS2, MRG1 / プラスミド: PETG20A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: O14770
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.09 / 詳細: PEG 4000, magnesium chloride, PEG 400, HEPES / PH範囲: 7-7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.00637 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00637 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.23→42 Å / Num. all: 10268 / Num. obs: 9233 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 1.1 % / Biso Wilson estimate: 56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.34 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 3.23→3.35 Å / 冗長度: 9.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. measured obs: 1006 / Num. unique all: 930 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→19.919 Å / SU ML: 0.65 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 44.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3881 302 4.2 %
Rwork0.3433 6888 -
obs0.3451 7190 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 312.52 Å2 / Biso mean: 88.2163 Å2 / Biso min: 0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→19.919 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数993 904 0 34 1931
Biso mean---19.69 -
残基数----163
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042026
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7272922
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036327
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003221
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.063807
LS精密化 シェル解像度: 3.5002→4.4021 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4032 155 -
Rwork0.3462 3453 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5181-0.82880.04150.66990.12170.1253-0.3678-0.4227-0.2138-0.16260.65650.08-0.14930.10630.19230.50810.0019-0.07230.2111-0.06270.3263-4.779211.70046.2853
22.0149-0.0259-0.17181.7139-0.85440.99970.0361.3307-0.53180.3448-0.0307-0.1262-0.19340.1738-0.04280.48510.0301-0.13550.6792-0.03570.6893-22.035542.5946.7413
32.5952-0.15830.91191.33790.0940.3107-0.11980.26970.9974-0.2111-0.33280.03770.29990.7241-0.49030.51530.0412-0.07280.6669-0.05150.50032.445422.407915.3042
40.1015-0.23330.13980.482-0.26820.1074-0.1219-0.20851.86490.81260.5769-1.18320.5856-0.58320.00940.911-0.1765-0.00181.3283-0.38711.21122.648422.083316.1472
54.3426-1.6865-0.98160.63050.80492.3150.8927-1.93840.08250.03640.2548-0.0796-0.1131-0.11691.69240.70260.0601-0.05490.76970.03180.4281-11.034146.138316.5672
61.8579-1.0905-0.34320.8233-0.09260.5447-0.3543-1.5593-0.24420.63240.0833-0.435-0.0885-0.4260.02061.1217-0.5919-0.04621.2501-0.06750.6933-10.938845.697517.1356
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 5 through 64 )B0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 6 through 64 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 26 through 35 )L0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'M' and (resid 4 through 13 )M0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 26 through 35 )C0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 4 through 13 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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