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Yorodumi- PDB-5m7z: Translation initiation factor 4E in complex with (SP)-m2(7,2'O)Gp... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5m7z | ||||||
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Title | Translation initiation factor 4E in complex with (SP)-m2(7,2'O)GppSepG mRNA 5' cap analog (beta-Se-ARCA D2) | ||||||
Components | Eukaryotic translation initiation factor 4EEIF4E | ||||||
Keywords | RNA BINDING PROTEIN / Protein-ligand complex / translation initiation factor / eIF4E / m2(7 / 2'O)GppSepG / beta-Se-ARCA / selenophosphate / mRNA 5' cap analog / translation | ||||||
Function / homology | Function and homology information Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Deadenylation of mRNA / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / ISG15 antiviral mechanism / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit ...Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Deadenylation of mRNA / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / ISG15 antiviral mechanism / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / mTORC1-mediated signalling / eukaryotic initiation factor 4G binding / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / chromatoid body / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / mRNA cap binding / : / RNA 7-methylguanosine cap binding / nuclear export / RISC complex / postsynaptic cytosol / stem cell population maintenance / negative regulation of neuron differentiation / behavioral fear response / mRNA export from nucleus / translational initiation / translation initiation factor activity / cellular response to dexamethasone stimulus / positive regulation of mitotic cell cycle / P-body / G1/S transition of mitotic cell cycle / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / neuron differentiation / cytoplasmic stress granule / regulation of translation / postsynapse / DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of translation / nuclear body / nuclear speck / translation / glutamatergic synapse / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / protein-containing complex / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.689 Å | ||||||
Authors | Warminski, M. / Nowak, E. / Kowalska, J. / Jemielity, J. / Nowotny, M. | ||||||
Funding support | Poland, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Translation initiation factor 4E in complex with (SP)-m2(7,2'O)GppSepG mRNA 5' cap analog (beta-Se-ARCA D2) Authors: Warminski, M. / Nowak, E. / Kubacka, D. / Kowalska, J. / Nowotny, M. / Jemielity, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5m7z.cif.gz | 289.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5m7z.ent.gz | 233.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5m7z.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/5m7z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/5m7z | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1l8bS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22145.113 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Eif4e / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P63073 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.41 % / Description: Thin plate |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 / Details: 18% PEG 5000 MME, 0.2M HCOONa, 0.1M BICINE pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.97957 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 25, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97957 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.69→50 Å / Num. obs: 88368 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 3.756 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 10.84 |
Reflection shell | Resolution: 1.69→1.73 Å / Redundancy: 3.704 % / Rmerge(I) obs: 0.606 / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / CC1/2: 0.675 / % possible all: 94.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1L8B Resolution: 1.689→37.107 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: NONE / σ(F): 1.98 / Phase error: 26.31 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.689→37.107 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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