[日本語] English
- PDB-4xrc: Antibody hemagglutinin Complexes -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xrc
タイトルAntibody hemagglutinin Complexes
要素
  • H5.3 Fab heavy chain
  • H5.3 Fab light chain
  • Hemagglutinin
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Antibody / hemagglutinin / neutralization / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like ...Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Spiller, B.W. / Winarski, K.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5R21 AI092268 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272200900047C 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / : 2015
タイトル: Vaccine-elicited antibody that neutralizes H5N1 influenza and variants binds the receptor site and polymorphic sites.
著者: Winarski, K.L. / Thornburg, N.J. / Yu, Y. / Sapparapu, G. / Crowe, J.E. / Spiller, B.W.
履歴
登録2015年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月29日Group: Database references
改定 1.22015年8月12日Group: Database references
改定 1.32015年9月9日Group: Source and taxonomy
改定 1.42016年2月24日Group: Data collection
改定 1.52017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.62019年12月11日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: H5.3 Fab light chain
B: H5.3 Fab heavy chain
D: Hemagglutinin
L: H5.3 Fab light chain
H: H5.3 Fab heavy chain
C: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,7677
ポリマ-141,1966
非ポリマー5711
1,892105
1
A: H5.3 Fab light chain
B: H5.3 Fab heavy chain
D: Hemagglutinin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5983
ポリマ-70,5983
非ポリマー00
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
L: H5.3 Fab light chain
H: H5.3 Fab heavy chain
C: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1694
ポリマ-70,5983
非ポリマー5711
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)248.420, 51.080, 127.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.94, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: 抗体 H5.3 Fab light chain


分子量: 22327.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): hybridoma / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 H5.3 Fab heavy chain


分子量: 23964.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): hybridoma / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 24305.580 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 15-226 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
: A/Vietnam/1203/2004(H5N1) / 遺伝子: HA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6Q9G9, UniProt: Q6DQ33*PLUS
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.35 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 200 mM ammonium sulfate, 100 mM HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→50 Å / Num. obs: 42101 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.1 % / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.74→2.81 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.598 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1760精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.74→41.918 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 27.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2478 2000 4.75 %
Rwork0.1918 --
obs0.1945 42101 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.74→41.918 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9740 0 38 105 9883
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00410052
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90713713
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9263580
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0371550
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041738
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.74-2.80850.33791420.28192847X-RAY DIFFRACTION100
2.8085-2.88440.35021400.27372806X-RAY DIFFRACTION100
2.8844-2.96930.29341420.26052865X-RAY DIFFRACTION100
2.9693-3.06510.31471400.26322799X-RAY DIFFRACTION100
3.0651-3.17460.31251420.24672860X-RAY DIFFRACTION100
3.1746-3.30170.30611410.24272818X-RAY DIFFRACTION100
3.3017-3.45190.31721430.23352866X-RAY DIFFRACTION100
3.4519-3.63380.26151430.21352857X-RAY DIFFRACTION100
3.6338-3.86130.25921410.19222833X-RAY DIFFRACTION100
3.8613-4.15920.23141440.16912880X-RAY DIFFRACTION100
4.1592-4.57730.17791420.14442874X-RAY DIFFRACTION100
4.5773-5.23850.19571450.1412898X-RAY DIFFRACTION100
5.2385-6.59580.25671460.16762918X-RAY DIFFRACTION100
6.5958-41.9230.20771490.17462980X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4574-0.1914-0.52973.11342.89313.022-0.05410.11670.24410.55680.106-0.0312-0.3042-2.54280.66331.06430.33780.18921.6947-0.0450.5803450.991838.1374294.5851
22.8846-0.09690.58121.9520.60544.4746-0.3311-0.6732-0.13820.19630.0681-0.1202-0.5631-2.54120.30370.94190.47880.25111.1489-0.17250.4087459.853138.8753297.5412
33.31480.07481.3270.6275-1.41823.6282-0.6614-1.24790.13690.35230.64320.4037-0.6136-0.75970.2040.76470.54690.13891.40270.11980.5207443.808241.1542272.4897
41.4375-0.0877-2.5820.04060.06116.9734-0.663-0.8964-0.96990.60430.32940.28861.1965-1.4690.52670.89010.28570.24791.48390.3860.7004439.929232.952268.6857
55.74222.45354.18554.15133.22644.0335-0.25220.1821-0.27-0.32590.0622-0.2075-0.50610.21850.24780.65110.07030.11890.3391-0.00470.3155478.30338.7231281.0762
62.3384-1.52031.41342.2697-0.31443.4606-0.20960.1284-0.42370.11790.06770.18620.0619-0.31510.12120.69730.0570.17270.3547-0.04070.384474.133731.2079284.686
72.6245-0.34083.64940.8741-1.82146.206-0.5366-0.21430.11990.3020.48480.2261-0.5823-0.49190.0960.72250.17610.09760.6662-0.06970.3912455.637645.482267.4797
86.33562.1589-1.40256.18410.82995.7048-0.35820.19441.45070.13130.34510.8923-1.5137-0.97380.01940.94350.2802-0.03050.794-0.00070.5232445.69752.7687259.4904
95.5918-4.896-1.26017.37695.53136.34530.43750.16430.8512-0.198-0.0251-1.15810.84021.7832-0.35560.85320.06560.13570.99410.03940.5508495.247714.3705310.5292
102.4499-3.20810.92394.2815-0.53954.8253-0.1491-0.12951.2360.2596-0.165-1.3622-1.17161.07230.1690.9574-0.31920.16570.7216-0.05420.9225491.158925.7601314.0595
117.4506-2.8170.74994.8833-0.80625.52460.0206-0.5979-0.07220.2583-0.066-0.14690.3670.18870.0390.9516-0.11940.19120.61090.02760.2612483.806211.9521316.5631
124.4398-1.8099-1.22183.3459-1.00947.30250.1515-0.36750.09130.2380.17480.1256-0.008-0.6208-0.2960.7318-0.03650.13220.5948-0.04710.3051475.336916.6019317.715
132.1074-1.06971.55560.4569-1.49485.8996-0.365-0.25650.1531-0.0601-0.0321-0.1849-0.7771-0.23080.31850.65310.00210.10640.2361-0.02590.4954494.345825.5959252.2649
143.86210.33541.32896.062.8817.150.0228-0.10830.03550.6859-0.2140.45280.4937-0.91330.15180.8362-0.06730.24050.5894-0.04840.4221481.150822.102228.2089
152.9478-2.1678-0.21616.25450.3395.36490.120.1447-0.1013-1.11720.0326-0.18990.47490.7026-0.22420.68830.06730.17660.3329-0.01550.4672504.63676.2739250.2571
162.4053-1.47422.00353.3054-1.26477.72130.1663-0.24880.32380.08520.0333-0.28140.40750.4907-0.2450.81780.09750.18470.6735-0.07490.4404492.225219.043217.1226
175.9192-2.6756-2.42898.41743.54156.79210.19730.39280.4231-0.3150.3262-0.6608-0.45960.3594-0.480.8355-0.04260.23660.6678-0.10880.48491.14924.6806214.1717
188.68892.85371.62456.86910.06570.32411.5511.4239-0.65660.229-0.5486-1.17411.1341.03291.49551.18620.75860.01361.08530.36420.5187506.741-5.5506288.1758
192.3131-1.85890.45794.3496-0.52580.81240.0376-0.405-0.48970.62560.13190.47421.20870.5039-0.43031.73180.78180.09840.95230.12260.8276503.6763-6.8708285.8353
200.38111.5101-0.86989.27110.00325.44420.0193-0.0044-0.37051.5681-0.9307-1.23951.40822.23110.25130.53160.43720.33381.54880.22430.8483510.72621.8182286.2633
213.14451.7513-1.57281.67850.08454.2902-0.2018-0.6648-0.29710.0621-0.1832-0.48011.04510.63260.29410.63280.25460.11410.59020.04450.5062497.56672.3382286.4003
222.41940.0883-2.07045.0793-0.74446.60020.2174-0.03190.2554-0.4393-0.1382-0.05320.20750.2211-0.05260.36790.07910.07260.35850.00490.267490.661911.7299284.5832
236.90036.7242-6.75426.535-6.57656.7660.9183-0.56530.56621.514-0.55440.3789-1.66690.4856-0.31720.5938-0.0029-0.00310.4291-0.04950.2901490.304414.1722297.9833
242.56030.7069-1.22855.9422-1.34086.14320.2314-0.36170.07380.3651-0.2205-0.5690.01520.84180.0270.50530.08210.02420.44950.02770.2729496.25489.7265289.7105
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 15 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 16 through 105 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 106 through 172 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 173 through 208 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 33 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 34 through 107 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 108 through 185 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 186 through 223 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 57 through 89 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 90 through 99 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 100 through 135 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 136 through 262 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'L' and (resid 1 through 120 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'L' and (resid 121 through 208 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'H' and (resid 1 through 119 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'H' and (resid 120 through 167 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'H' and (resid 168 through 223 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 57 through 71 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 72 through 86 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 87 through 99 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 100 through 146 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 147 through 201 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 202 through 213 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 214 through 262 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る