PDB-4wot: ROCK2 IN COMPLEX WITH 1426382-07-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wot

タイトル

ROCK2 IN COMPLEX WITH 1426382-07-1

要素

Rho-associated protein kinase 2

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of connective tissue growth factor production / cellular response to acetylcholine / positive regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of centrosome duplication / regulation of angiotensin-activated signaling pathway / negative regulation of protein localization to lysosome / regulation of keratinocyte differentiation / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of connective tissue replacement / response to transforming growth factor beta ...positive regulation of connective tissue growth factor production / cellular response to acetylcholine / positive regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of centrosome duplication / regulation of angiotensin-activated signaling pathway / negative regulation of protein localization to lysosome / regulation of keratinocyte differentiation / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of connective tissue replacement / response to transforming growth factor beta / positive regulation of amyloid precursor protein catabolic process / regulation of cell junction assembly / regulation of nervous system process / positive regulation of protein localization to early endosome / host-mediated perturbation of viral process / cellular response to testosterone stimulus / regulation of cellular response to hypoxia / embryonic morphogenesis / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / regulation of cell motility / negative regulation of biomineral tissue development / regulation of establishment of endothelial barrier / response to angiotensin / RHO GTPases Activate ROCKs / regulation of stress fiber assembly / actomyosin structure organization / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / aortic valve morphogenesis / cortical actin cytoskeleton organization / RHOBTB1 GTPase cycle / negative regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of establishment of cell polarity / tau-protein kinase activity / regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of amyloid-beta formation / RHOB GTPase cycle / EPHA-mediated growth cone collapse / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / RHOC GTPase cycle / mRNA destabilization / mitotic cytokinesis / centrosome duplication / RHOH GTPase cycle / smooth muscle contraction / epithelial to mesenchymal transition / RHOA GTPase cycle / endopeptidase activator activity / regulation of cell adhesion / Rho protein signal transduction / positive regulation of stress fiber assembly / EPHB-mediated forward signaling / positive regulation of endothelial cell migration / negative regulation of angiogenesis / blood vessel diameter maintenance / response to ischemia / protein localization to plasma membrane / regulation of actin cytoskeleton organization / regulation of circadian rhythm / small GTPase binding / tau protein binding / VEGFA-VEGFR2 Pathway / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / positive regulation of protein phosphorylation / rhythmic process / G alpha (12/13) signalling events / actin cytoskeleton organization / protease binding / Potential therapeutics for SARS / cytoskeleton / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell migration / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / positive regulation of gene expression / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.93 Å

データ登録者

Augustin, M. / Krapp, S. / Boland, S. / Defert, O. / Bourin, A. / Alen, J. / Leysen, D.

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2015
タイトル: Design, synthesis, and biological evaluation of novel, highly active soft ROCK inhibitors.
著者: Boland, S. / Bourin, A. / Alen, J. / Geraets, J. / Schroeders, P. / Castermans, K. / Kindt, N. / Boumans, N. / Panitti, L. / Fransen, S. / Vanormelingen, J. / Stassen, J.M. / Leysen, D. / Defert, O.

履歴

登録	2014年10月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月10日	Group: Database references
改定 1.2	2018年4月25日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: citation / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...citation / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / refine / reflns / reflns_shell Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _refine.pdbx_method_to_determine_struct / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

類似構造データ	3qfv-d 3twj-1 3tku-d 5wnf-2 5u7q-6 5bml-d 3tv7-1 3ncz-2 3v8s-1 3ndm-1 4aw2-1 3twj-2 3tv7-2 5kks-d 2etr-d 4uak-1 6p5p-5 6e9w-1 5wng-1 1q8y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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類似性 (4)
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ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (3)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Rho-associated protein kinase 2

B: Rho-associated protein kinase 2

C: Rho-associated protein kinase 2

D: Rho-associated protein kinase 2

ヘテロ分子

184 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Rho-associated protein kinase 2

C: Rho-associated protein kinase 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
92 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Rho-associated protein kinase 2

D: Rho-associated protein kinase 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	148.192, 148.226, 117.382
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 118.65, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Rho-associated protein kinase 2 / Rho kinase 2 / Rho-associated / coiled-coil-containing protein kinase 2 / coiled-coil-containing ...Rho kinase 2 / Rho-associated / coiled-coil-containing protein kinase 2 / coiled-coil-containing protein kinase II / ROCK-II / p164 ROCK-2 分子量: 45471.727 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: O75116, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-3SG / methyl 3-[({2'-(aminomethyl)-5'-[(3-fluoropyridin-4-yl)carbamoyl]biphenyl-3-yl}carbonyl)amino]-4-fluorobenzoate 分子量: 516.495 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₂₂F₂N₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.28 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: The purified protein was used in crystallisation trials employing both, a standard screen with approximately 1200 different conditions, as well as crystallisation conditions identified using ...詳細: The purified protein was used in crystallisation trials employing both, a standard screen with approximately 1200 different conditions, as well as crystallisation conditions identified using literature data. Conditions initially obtained have been optimised using standard strategies, systematically varying parameters critically influencing crystallisation, such as temperature, protein concentration, drop ratio, and others. These conditions were also refined by systematically varying pH or precipitant concentrations. The final selected condition included PEG, at pH 6.5. Crystals were rhombic in shape and grew over a period of one week to the final size

結晶

マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.28 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: The purified protein was used in crystallisation trials employing both, a standard screen with approximately 1200 different conditions, as well as crystallisation conditions identified using ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.93→103.01 Å / Num. obs: 47805 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.052
反射シェル	解像度: 2.93→3.18 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.441 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.93→103.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / SU B: 41.874 / SU ML: 0.366 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.399 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26806	619	1.3 %	RANDOM
R_work	0.22291	-	-	-
obs	0.22349	47121	99.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 94.025 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.08 Å²	0 Å²	-0.03 Å²
2-	-	0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.93→103.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12648	0	152	16	12816

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	12336
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8396
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.143	1.955	16791
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.008	3	19880
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.08	5	1554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.656	24.278	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.166	15	1757
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.014	15	51
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	1798
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	14178
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2653
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.081	2	7785
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.17	2	3153
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.007	3	12403
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.031	4	4551
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.633	6	4388
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.93→3.006 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.397	40	-
R_work	0.367	3474	-
obs	-	-	99.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.627	-1.505	2.6804	0.5584	-0.4827	5.2311	-0.1459	-0.2052	-0.0449	0.0645	0.2008	-0.0004	-0.474	-0.123	-0.0549	0.6793	0.0421	-0.0578	0.2692	-0.0387	0.2425	28.016	-9.001	78.378
2	4.0371	-1.4734	0.6945	4.0096	-1.0025	6.2977	0.1299	0.3254	-0.1931	-0.0167	0.1865	0.0488	-0.054	-0.244	-0.3165	0.3949	-0.0216	-0.0301	0.2215	-0.0165	0.1919	17.031	-8.164	59.565
3	3.1711	-0.6468	-1.9043	4.6299	0.3129	5.9378	0.2782	0.7113	-0.2655	-0.4307	-0.0928	-0.3725	-0.0226	-0.01	-0.1853	0.5943	0.0536	-0.0148	0.6253	-0.0969	0.3214	23.868	-9.91	35.978
4	2.5761	-2.4975	2.3282	3.1499	-1.6478	5.5455	0.243	0.2362	-0.2036	-0.3356	0.0206	0.1767	-0.1426	-0.7005	-0.2635	0.5355	0.0745	0.024	0.5396	-0.0327	0.2905	15.839	-6.847	53.985
5	4.006	-0.1343	1.9091	2.3641	2.4865	3.7362	-0.158	0.0094	-0.15	-0.0333	0.3372	-0.343	-0.1607	0.2765	-0.1792	0.5632	-0.0881	-0.2871	0.4358	0.0418	1.0545	32.94	27.069	73.203
6	6.8288	0.3771	0.433	5.0241	0.5196	2.3219	-0.2268	0.3508	0.3249	0.2244	0.1797	-0.4477	-0.35	0.2007	0.0472	0.3956	0.0218	-0.1101	0.3235	0.1014	0.4696	15.746	24.663	59.667
7	5.1295	-1.0796	-1.3307	5.2486	0.0835	2.4779	-0.1212	-0.0206	0.0036	0.4118	0.1624	0.167	-0.4058	-0.0874	-0.0412	0.3753	0.0478	-0.08	0.3688	0.1383	0.3608	-9.213	25.728	62.349
8	3.3845	-0.3458	0.8818	2.9354	0.9131	2.1225	-0.1105	0.6592	-0.0006	0.0264	0.1677	-0.3711	-0.2236	0.2077	-0.0571	0.4591	0.0477	-0.0583	0.3984	0.0977	0.4621	9.623	22.156	58.054
9	3.6532	-0.1776	2.8181	2.3065	-2.2851	4.3484	-0.1773	-0.0433	-0.3287	0.3977	0.2445	0.1706	-0.4281	-0.3223	-0.0672	0.5342	-0.0737	-0.2426	0.4154	0.0319	1.1317	29.893	27.524	80.048
10	6.6333	-0.4013	-0.0113	5.8153	-2.4318	4.0262	-0.2797	-0.2355	0.1304	-0.1102	0.3281	0.7431	-0.3643	-0.1668	-0.0485	0.447	-0.1041	-0.155	0.3648	0.0071	0.6209	47.148	26.685	93.714
11	3.7399	0.5891	-0.4222	6.5133	-1.2146	3.0389	-0.1111	0.0011	-0.0614	-0.4997	-0.1866	-0.8296	-0.1586	0.6705	0.2978	0.4746	-0.114	-0.0492	0.5957	0.0191	0.6827	71.798	28.374	90.804
12	3.4858	-0.2887	1.9441	3.3092	-2.2669	3.6372	-0.1859	-0.7344	-0.1753	0.1076	0.1468	0.4134	-0.1724	-0.0811	0.039	0.553	-0.0736	-0.0868	0.5569	-0.018	0.6829	53.286	24.78	95.812
13	3.9297	1.404	2.3136	1.3847	-0.8572	4.6656	-0.238	0.4097	-0.1118	-0.1095	0.2467	-0.091	-0.3326	0.1961	-0.0086	0.7333	-0.0212	-0.0276	0.335	-0.092	0.2816	35.399	-8.936	76.647
14	3.6788	0.5648	-0.2457	4.4741	-0.4859	5.773	-0.0486	0.011	-0.2939	-0.0945	0.0262	-0.0833	0.0234	0.3423	0.0224	0.3856	0.0149	-0.0587	0.2501	-0.0119	0.1567	46.565	-6.536	95.299
15	3.2979	0.0232	-1.2717	4.6806	-0.9741	7.0092	0.0345	-0.1229	-0.3617	0.2644	-0.0866	0.2075	-0.0589	-0.0718	0.0521	0.5202	0.0498	-0.0868	0.2432	-0.0168	0.1868	40.418	-7.273	119.443
16	1.928	1.4611	2.1229	1.6948	0.4317	5.1338	0.062	0.202	-0.2138	0.1817	0.0623	-0.3368	-0.2759	0.7347	-0.1244	0.5408	-0.0231	-0.0197	0.3826	-0.0522	0.3489	47.449	-4.416	100.991

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	1 - 91
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	92 - 170
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	171 - 355
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	356 - 450
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	1 - 91
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	92 - 170
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	171 - 355
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	356 - 450
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	1 - 91
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	92 - 170
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	171 - 355
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	356 - 450
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	1 - 91
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	92 - 170
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	171 - 355
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	356 - 450
17	X-RAY DIFFRACTION	1	B	1 - 91
18	X-RAY DIFFRACTION	2	B	92 - 170
19	X-RAY DIFFRACTION	3	B	171 - 355
20	X-RAY DIFFRACTION	4	B	356 - 450
21	X-RAY DIFFRACTION	5	A	1 - 91
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29	X-RAY DIFFRACTION	13	D	1 - 91
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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