PDB-4wk6: Crystal structure of 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wk6

タイトル

Crystal structure of 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase (FabG) (G141A) from Vibrio cholerae in complex with NADPH

要素

3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / FabG / acyl carrier protein / Cell Plasma

機能・相同性

NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Chem-NDP / :

機能・相同性情報

生物種

Vibrio cholerae 12129

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.21 Å

データ登録者

Hou, J. / Zheng, H. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	HHSN272200700058C	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	HHSN272201200026C	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-AC02-06CH11357	米国

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2015
タイトル: Dissecting the Structural Elements for the Activation of beta-Ketoacyl-(Acyl Carrier Protein) Reductase from Vibrio cholerae.
著者: Hou, J. / Zheng, H. / Chruszcz, M. / Zimmerman, M.D. / Shumilin, I.A. / Osinski, T. / Demas, M. / Grimshaw, S. / Minor, W.

履歴

登録	2014年10月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月26日	Group: Data collection
改定 1.2	2015年11月25日	Group: Database references
改定 1.3	2016年2月3日	Group: Database references
改定 1.4	2017年9月27日	Group: Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.5	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.6	2022年4月13日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / database_2 Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.7	2023年12月27日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wk6.cif.gz	354.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wk6.ent.gz	290 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wk6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4wk6_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wk6_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	4wk6_validation.xml.gz	36.1 KB	表示
CIF形式データ	4wk6_validation.cif.gz	48.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/4wk6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/4wk6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3op4C 3rroC 3rshC 3tzcC 3tzkC 3u09C 4i08C 4wjzC 5endC 3tzh C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6t7m-d 1i01-1 6pej-d 1i01-2 6zdi-1 3oec-d 1zem-1 6jhb-1 1q7c-1 5ics-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

ヘテロ分子

109 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.904, 110.337, 117.482
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PHE	PHE	A	A	4 - 246	7 - 249
2	1	PHE	PHE	B	B	4 - 246	7 - 249
1	2	PHE	PHE	A	A	4 - 246	7 - 249
2	2	PHE	PHE	C	C	4 - 246	7 - 249
1	3	PHE	PHE	A	A	4 - 246	7 - 249
2	3	PHE	PHE	D	D	4 - 246	7 - 249
1	4	GLN	GLN	B	B	3 - 246	6 - 249
2	4	GLN	GLN	C	C	3 - 246	6 - 249
1	5	GLN	GLN	B	B	3 - 246	6 - 249
2	5	GLN	GLN	D	D	3 - 246	6 - 249
1	6	GLN	GLN	C	C	3 - 246	6 - 249
2	6	GLN	GLN	D	D	3 - 246	6 - 249

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase 分子量: 26372.141 Da / 分子数: 4 / 変異: G141A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae 12129(1) (コレラ菌) 遺伝子: VCG_002050 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 codon plus 参照: UniProt: C2CCH9, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.92 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.17 M Ammonium Acetate,0.085 M Sodium Citrate:HCl,25.5% (w/v) PEG 4000,15% (v/v) Glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月23日

放射

モノクロメーター: Diamond 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9786 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 6 % / 数: 312294 / R_merge(I) obs: 0.077 / Χ²: 1.35 / D res high: 2.2 Å / D res low: 27 Å / Num. obs: 52121 / % possible obs: 98.8

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.95	27	1	0.047	1.853	5.5
4.73	5.95	1	0.051	1.784	6
4.14	4.73	1	0.056	2.239	5.9
3.76	4.14	1	0.066	2.246	6
3.49	3.76	1	0.071	1.969	6.1
3.28	3.49	1	0.081	1.762	6.1
3.12	3.28	1	0.101	1.46	6.2
2.99	3.12	1	0.119	1.356	6.2
2.87	2.99	1	0.142	1.355	6.2
2.77	2.87	1	0.17	1.266	6.2
2.68	2.77	1	0.208	1.17	6.2
2.61	2.68	1	0.256	1.069	6.2
2.54	2.61	1	0.28	1.021	6.2
2.48	2.54	1	0.321	0.934	6.2
2.42	2.48	1	0.378	0.896	6.1
2.37	2.42	1	0.408	0.875	6
2.32	2.37	1	0.447	0.875	5.9
2.28	2.32	1	0.495	0.843	5.7
2.24	2.28	1	0.527	0.861	5.5
2.2	2.24	1	0.606	0.806	5.4

反射

解像度: 2.2→27 Å / Num. obs: 52121 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.084 / Χ²: 1.346 / Net I/av σ(I): 28 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 312294

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.2-2.24	5.4	0.606	2431	0.881	0.268	0.664	0.806	93.9
2.24-2.28	5.5	0.527	2421	0.906	0.233	0.578	0.861	93.6
2.28-2.32	5.7	0.495	2465	0.918	0.219	0.543	0.843	94.7
2.32-2.37	5.9	0.447	2502	0.932	0.197	0.49	0.875	96.7
2.37-2.42	6	0.408	2570	0.944	0.18	0.447	0.875	98.4
2.42-2.48	6.1	0.378	2616	0.953	0.167	0.414	0.896	99.8
2.48-2.54	6.2	0.321	2590	0.973	0.141	0.351	0.934	100
2.54-2.61	6.2	0.28	2619	0.972	0.122	0.306	1.021	100
2.61-2.68	6.2	0.256	2611	0.98	0.112	0.28	1.069	100
2.68-2.77	6.2	0.208	2609	0.984	0.09	0.227	1.17	100
2.77-2.87	6.2	0.17	2620	0.989	0.074	0.186	1.266	100
2.87-2.99	6.2	0.142	2632	0.99	0.062	0.155	1.355	100
2.99-3.12	6.2	0.119	2624	0.994	0.051	0.129	1.356	100
3.12-3.28	6.2	0.101	2635	0.994	0.044	0.11	1.46	100
3.28-3.49	6.1	0.081	2634	0.995	0.035	0.089	1.762	99.7
3.49-3.76	6.1	0.071	2646	0.996	0.031	0.077	1.969	100
3.76-4.14	6	0.066	2659	0.996	0.029	0.072	2.246	100
4.14-4.73	5.9	0.056	2678	0.997	0.024	0.061	2.239	99.7
4.73-5.95	6	0.051	2716	0.998	0.022	0.055	1.784	100
5.95-27	5.5	0.047	2843	0.998	0.022	0.052	1.853	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ削減
REFMAC	5.8.0073	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.21→27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 20.048 / SU ML: 0.222 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2408	2512	4.8 %	RANDOM
R_work	0.2091	49545	-	-
obs	0.2107	49545	98.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 143.74 Å² / B_iso mean: 65.28 Å² / B_iso min: 36.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.64 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-6.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.21→27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6704	0	128	99	6931
B_iso mean	-	-	77.53	54.65	-
残基数	-	-	-	-	953

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	6908
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	6593
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.601	1.984	9382
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.245	3	15039
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.967	5	947
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.352	24.746	236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.839	15	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.422	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	7968
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	1451
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.383	3.13	3806
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.383	3.129	3805
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.675	4.679	4744

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	12155	0.11
1	2	B	12155	0.11
2	1	A	12139	0.11
2	2	C	12139	0.11
3	1	A	11126	0.09
3	2	D	11126	0.09
4	1	B	12672	0.09
4	2	C	12672	0.09
5	1	B	11579	0.09
5	2	D	11579	0.09
6	1	C	11683	0.07
6	2	D	11683	0.07

LS精密化シェル

解像度: 2.205→2.262 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	165	-
R_work	0.344	3163	-
all	-	3328	-
obs	-	-	86.22 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4284	-0.0891	0.1525	4.0831	-1.4738	4.1038	0.0738	0.6577	0.3879	-0.5354	-0.0114	-0.1341	-0.2054	-0.0474	-0.0624	0.7612	0.0411	0.0605	0.4641	0.0831	0.0442	5.71	34.454	4.023
2	1.7095	-1.1195	-0.4119	2.465	0.5936	1.2362	0.0396	0.2483	0.0563	-0.4158	-0.0575	0.188	-0.0889	-0.0518	0.0179	0.6609	0.0095	-0.0977	0.3185	0.0263	0.0354	-6.365	32.827	16.085
3	1.3306	0.5661	1.2486	3.8999	1.0944	2.5376	-0.1218	0.1344	0.267	-0.3132	-0.0922	-0.0868	-0.3126	-0.0224	0.214	0.4852	-0.0038	0.012	0.3089	0.0252	0.066	7.576	33.967	23.279
4	2.6784	-0.1833	-0.9988	4.6646	-0.4875	4.3669	-0.033	0.0075	-0.1094	0.0242	0.2443	-0.522	0.4484	0.5341	-0.2113	0.3607	0.1235	0.0047	0.3218	-0.098	0.1003	24.583	11.91	32.297
5	2.0086	1.4774	-1.2598	3.0416	-1.1542	1.2959	-0.098	0.0584	-0.1036	-0.1146	0.091	0.0451	0.1769	-0.0003	0.007	0.4557	0.0128	-0.0095	0.3257	-0.0252	0.0736	10.653	16.659	39.878
6	0.6794	0.241	0.8958	2.4441	0.563	1.2551	0.1131	-0.057	-0.1056	-0.1313	0.0322	0.0062	0.2531	-0.0505	-0.1453	0.602	-0.0075	0.0216	0.3519	-0.0045	0.0364	6.004	10.882	22.891
7	1.9301	0.274	-0.4062	0.9045	-0.0525	0.9099	-0.1123	-0.1655	-0.108	0.222	0.0398	0.0906	0.1733	0.0296	0.0725	0.4823	-0.0052	0.0333	0.3318	-0.0015	0.0234	-10.602	15.11	57.792
8	5.9432	0.6046	-0.0146	0.0702	0.0177	0.0578	-0.0705	-0.0019	0.3432	-0.0047	0.0273	0.0614	0.0242	0.0852	0.0432	0.4222	-0.0327	-0.0051	0.4046	-0.0309	0.1432	-5.532	18.217	45.583
9	1.2589	0.142	0.4977	3.5407	-0.0147	2.5297	-0.0223	0.0227	0.0693	0.1427	-0.0818	-0.1999	-0.3555	0.055	0.1042	0.4639	-0.0473	0.019	0.3498	-0.0177	0.0794	-12.563	27.573	47.303
10	3.8144	1.2457	-0.6844	2.5335	-1.9727	2.9953	-0.0069	0.3148	0.1535	-0.0477	0.3381	0.6544	-0.1866	-0.6637	-0.3313	0.4048	0.0683	-0.0867	0.4521	0.0817	0.2214	-34.539	33.131	29.881
11	1.2815	-0.3959	-0.1435	1.8154	-0.7542	2.6954	0.0496	0.1733	-0.0159	-0.1097	0.0634	0.2559	-0.0673	-0.1071	-0.113	0.5384	0.0189	-0.0771	0.3526	-0.0145	0.0472	-20.765	33.258	27.532
12	1.1325	-0.4863	0.6088	4.6176	1.0044	1.8535	0.1113	0.2265	-0.0875	-0.2839	-0.0193	0.4258	0.1829	-0.1792	-0.092	0.4871	-0.0367	-0.0385	0.395	-0.0373	0.0815	-21.984	18.564	34.411

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 94
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	95 - 175
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	176 - 246
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	3 - 90
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	91 - 181
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	182 - 246
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	3 - 134
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	135 - 170
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	171 - 246
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	3 - 101
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	102 - 196
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	197 - 246

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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