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万見
- PDB-4wht: Structure of the Hepatitis C virus envelope glycoprotein E2 antig... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wht
タイトルStructure of the Hepatitis C virus envelope glycoprotein E2 antigenic region 412-423 bound to the broadly neutralizing antibody 3/11, P1 crystal form
要素
  • Epitope peptide
  • Heavy chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
  • Light chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
キーワードVIRAL PROTEIN / neutralizing epitope / envelope glycoprotein / E2 / receptor-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell lipid droplet / lipid droplet / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral envelope / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Krey, T. / Rey, F.A.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
ANRS フランス
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Structural flexibility of a conserved antigenic region in hepatitis C virus glycoprotein e2 recognized by broadly neutralizing antibodies.
著者: Meola, A. / Tarr, A.W. / England, P. / Meredith, L.W. / McClure, C.P. / Foung, S.K. / McKeating, J.A. / Ball, J.K. / Rey, F.A. / Krey, T.
履歴
登録2014年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Database references
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Heavy chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
C: Heavy chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
E: Heavy chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
G: Heavy chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
I: Heavy chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
J: Light chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
K: Heavy chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
M: Heavy chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
O: Heavy chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
Q: Heavy chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
S: Heavy chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
U: Heavy chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
X: Heavy chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
B: Light chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
D: Light chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
F: Light chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
H: Light chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
L: Light chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
N: Light chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
P: Light chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
R: Light chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
T: Light chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
V: Light chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
Y: Light chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
a: Epitope peptide
c: Epitope peptide
e: Epitope peptide
g: Epitope peptide
i: Epitope peptide
k: Epitope peptide
m: Epitope peptide
o: Epitope peptide
q: Epitope peptide
s: Epitope peptide
u: Epitope peptide
x: Epitope peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)626,24236
ポリマ－626,24236
非ポリマー00
水15,313850
1
A: Heavy chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
B: Light chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
a: Epitope peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1873
ポリマ－52,1873
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4700 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19480 Å2
手法PISA
2
C: Heavy chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
D: Light chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
c: Epitope peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1873
ポリマ－52,1873
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4590 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19240 Å2
手法PISA
3
E: Heavy chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
F: Light chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
e: Epitope peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1873
ポリマ－52,1873
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4700 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19200 Å2
手法PISA
4
G: Heavy chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
H: Light chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
g: Epitope peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1873
ポリマ－52,1873
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4610 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19500 Å2
手法PISA
5
I: Heavy chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
J: Light chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
i: Epitope peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1873
ポリマ－52,1873
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19340 Å2
手法PISA
6
K: Heavy chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
L: Light chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
k: Epitope peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1873
ポリマ－52,1873
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4580 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19170 Å2
手法PISA
7
M: Heavy chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
N: Light chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
m: Epitope peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1873
ポリマ－52,1873
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4580 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19320 Å2
手法PISA
8
O: Heavy chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
P: Light chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
o: Epitope peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1873
ポリマ－52,1873
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4510 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19360 Å2
手法PISA
9
Q: Heavy chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
R: Light chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
q: Epitope peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1873
ポリマ－52,1873
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19360 Å2
手法PISA
10
S: Heavy chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
T: Light chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
s: Epitope peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1873
ポリマ－52,1873
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area18940 Å2
手法PISA
11
U: Heavy chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
V: Light chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
u: Epitope peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1873
ポリマ－52,1873
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19190 Å2
手法PISA
12
X: Heavy chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
Y: Light chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11
x: Epitope peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1873
ポリマ－52,1873
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.794, 128.225, 163.626
Angle α, β, γ (deg.)88.790, 94.360, 96.150
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological unit is a heterotrimer containing heavy and light chain of the Fab fragment and one synthetic peptide. There are 12 biological units in the asymmetric unit (chains A&B+a, chains C&D+c, chains E&F+e, chains G&H+g, chains I&J+i, chains K&L+k, chains M&N+m, chains O&P+o, chains Q&R+q, chains S&T+s, chains U&V+u, chains X&Y+x).

-
要素

#1: 抗体
Heavy chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11


分子量: 26893.855 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pMT/BiP based / 細胞株 (発現宿主): Schneider 2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#2: 抗体
Light chain of the Fab fragment derived from neutralizing antibody 3/11


分子量: 23909.492 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Schneider 2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#3: タンパク質・ペプチド
Epitope peptide


分子量: 1383.489 Da / 分子数: 12 / Fragment: UNP residues 51-62 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepatitis C virus (ウイルス) / 発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: Q9WJJ4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 850 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.84 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100 mM TRIS, 27% PEG4000, 100mM Na-Acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97902 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97902 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→48.74 Å / Num. obs: 246066 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 39.67 Å2 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.22→2.34 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.383 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 81.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.11.2精密化
XSCALEデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.22→32.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8698 / SU R Cruickshank DPI: 0.322 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.298 / SU Rfree Blow DPI: 0.213 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.221
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2434 12380 5.03 %RANDOM
Rwork0.2091 ---
obs0.2108 246026 95.39 %-
原子変位パラメータBiso max: 141.01 Å2 / Biso mean: 41.72 Å2 / Biso min: 8.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.844 Å21.0365 Å2-2.4396 Å2
2---3.5846 Å2-13.755 Å2
3----3.2594 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.325 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.22→32.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数39249 0 0 850 40099
Biso mean---34.87 -
残基数----5168
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d13251SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes798HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes5847HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it40136HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion5501SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact43552SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d40136HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg54718HARMONIC21.23
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.34
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.12
LS精密化 シェル解像度: 2.22→2.28 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2566 733 4.96 %
Rwork0.2332 14051 -
all0.2343 14784 -
obs--95.39 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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