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万見
- PDB-4wdi: Weak TCR binding to an unstable insulin epitope drives type 1 diabetes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wdi
タイトルWeak TCR binding to an unstable insulin epitope drives type 1 diabetes
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, K-D alpha chain
  • Insulin
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin / H-2Kd / Type 1 Diabetes
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of glycogen catabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of feeding behavior / negative regulation of fatty acid metabolic process / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion / positive regulation of peptide hormone secretion / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I ...negative regulation of glycogen catabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of feeding behavior / negative regulation of fatty acid metabolic process / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion / positive regulation of peptide hormone secretion / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein binding / positive regulation of respiratory burst / negative regulation of acute inflammatory response / Regulation of gene expression in beta cells / inner ear development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / alpha-beta T cell activation / positive regulation of dendritic spine maintenance / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of protein secretion / activation of protein kinase B activity / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of glycogen biosynthetic process / fatty acid homeostasis / Signal attenuation / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of lipid catabolic process / positive regulation of lipid biosynthetic process / regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / transport vesicle / COPI-mediated anterograde transport / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / Insulin receptor recycling / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / insulin-like growth factor receptor binding / positive regulation of brown fat cell differentiation / NPAS4 regulates expression of target genes / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / neuron projection maintenance / positive regulation of mitotic nuclear division / Insulin receptor signalling cascade / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of cytokine production / positive regulation of long-term synaptic potentiation / transferrin transport / endosome lumen / cellular response to iron ion / acute-phase response / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of protein secretion / positive regulation of D-glucose import / Endosomal/Vacuolar pathway / insulin receptor binding / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / positive regulation of cell differentiation / Regulation of insulin secretion / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / wound healing / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / negative regulation of protein catabolic process / positive regulation of neuron projection development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / hormone activity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / regulation of synaptic plasticity / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Golgi lumen / positive regulation of protein localization to nucleus / cognition / vasodilation / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen
類似検索 - 分子機能
Insulin / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 ...Insulin / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Insulin / H-2 class I histocompatibility antigen, K-D alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.313 Å
Model detailsG9G in H-2Kd, Triclinic form
データ登録者Rizkallah, P.J. / Cole, D.K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Distortion of the Major Histocompatibility Complex Class I Binding Groove to Accommodate an Insulin-derived 10-Mer Peptide.
著者: Motozono, C. / Pearson, J.A. / De Leenheer, E. / Rizkallah, P.J. / Beck, K. / Trimby, A. / Sewell, A.K. / Wong, F.S. / Cole, D.K.
履歴
登録2014年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月1日Group: Database references
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, K-D alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Insulin
D: H-2 class I histocompatibility antigen, K-D alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Insulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,93111
ポリマ－90,4856
非ポリマー4465
水2,882160
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, K-D alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Insulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5937
ポリマ－45,2433
非ポリマー3504
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5330 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area18860 Å2
手法PISA
2
D: H-2 class I histocompatibility antigen, K-D alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Insulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3394
ポリマ－45,2433
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4780 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area18770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.930, 62.690, 72.670
Angle α, β, γ (deg.)68.110, 85.790, 85.180
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細Chains A, B and C form one biological entity. / Chains D,E,F form one biological entity.

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, K-D alpha chain / H-2K(D)


分子量: 32353.016 Da / 分子数: 2 / 断片: H-2Kd MHC, residues 22-296 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-K1, H2-K / プラスミド: pGMT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): rosetta / 参照: UniProt: P01902*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 断片: Human beta2-microglobulin, residues 21-219 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pGMT7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): rosetta / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド Insulin


分子量: 1010.190 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INS / 発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P01308

-
非ポリマー , 3種, 165分子

#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M Sodium malonate, and 0.1 M Bis-Tris Propane, pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.917 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月9日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.313→29.518 Å / Num. all: 30132 / Num. obs: 30132 / % possible obs: 90.2 % / 冗長度: 2.1 % / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.12 / Rsym value: 0.068 / Net I/av σ(I): 10 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 64672
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.31-2.372.20.3512.2491622610.430.351291.5
2.37-2.442.20.3272.3473321890.3910.3272.290.9
2.44-2.512.20.2682.8458021130.3330.2682.589.5
2.51-2.592.20.2632.9446720420.3060.2632.989.8
2.59-2.672.10.1914409519200.240.1913.488.2
2.67-2.762.10.1694.6396018710.2130.1693.986.8
2.76-2.872.10.1256.1330815990.1680.1254.877.6
2.87-2.992.10.1077355416780.1360.107684.6
2.99-3.122.20.0968.2392618200.1150.0967.395
3.12-3.272.10.0769.9365917020.0960.076994.8
3.27-3.452.20.05912.4355316440.080.05910.894.8
3.45-3.662.20.0514.6329515260.0640.0513.194.3
3.66-3.912.20.04714.8317514640.0650.04714.793.7
3.91-4.222.10.03715.9279113200.0530.03716.793
4.22-4.632.10.03718.8250111850.0480.03718.791.1
4.63-5.172.10.03220.5223510510.0490.03219.387.2
5.17-5.972.10.03616.517508400.0470.03618.380.3
5.97-7.322.20.03918.119038670.0460.03917.999.5
7.32-10.352.20.0341915016870.0340.0342299.6
10.35-29.5182.20.029247703530.0290.02923.595

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
GDAデータ収集
GDAデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.313→29.518 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / WRfactor Rfree: 0.2791 / WRfactor Rwork: 0.2004 / FOM work R set: 0.8015 / SU B: 19.774 / SU ML: 0.235 / SU R Cruickshank DPI: 0.861 / SU Rfree: 0.3211 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.861 / ESU R Free: 0.321 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2834 1527 5.1 %RANDOM
Rwork0.2061 28604 --
obs0.21 30131 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.76 Å2 / Biso mean: 32.807 Å2 / Biso min: 11.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.01 Å2-0.54 Å2-0.1 Å2
2--0.25 Å21.46 Å2
3----2.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.313→29.518 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6388 0 24 160 6572
Biso mean--57.81 32.46 -
残基数----772
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0216658
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024585
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5981.9389055
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89311016
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.395778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.71823.204362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.666151073
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9931560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2910
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217494
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021492
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.61.53886
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1351.51560
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.08626276
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7532772
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6374.52779
LS精密化 シェル解像度: 2.313→2.373 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 115 -
Rwork0.277 2131 -
all-2246 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.68720.55371.52951.47840.00075.4494-0.1798-0.10190.44820.2549-0.0941-0.1711-1.29720.29080.27390.4029-0.0895-0.07180.13160.00620.241548.345653.895135.9216
23.12061.2555-1.58226.9749-3.48372.6819-0.15630.1535-0.3574-0.12950.0645-0.12350.24420.11890.09180.03810.033-0.00130.1028-0.02040.066552.48925.511859.9691
32.2294-0.1679-0.84080.7955-1.51716.353-0.0022-0.0110.06190.20660.02750.179-0.5065-0.4489-0.02540.09040.03530.03150.0683-0.03750.114336.442441.371957.0621
41.3909-0.8398-1.32061.15660.85494.9306-0.0872-0.1003-0.2936-0.0007-0.00050.03750.96710.07120.08770.2895-0.02080.02340.1110.04380.128624.964820.486731.9221
53.471-1.76051.9456.4273-4.02844.3183-0.1216-0.00560.4850.0162-0.041-0.1267-0.32880.10040.16270.0573-0.0173-0.01010.0459-0.00270.071628.919848.84157.8514
62.326-0.1320.20371.3964-2.0857.41630.15250.0053-0.0552-0.2376-0.05070.30090.4213-0.5414-0.10180.0547-0.0095-0.04920.1106-0.04630.109112.878632.87410.825
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1C1 - 9
3X-RAY DIFFRACTION2A181 - 276
4X-RAY DIFFRACTION3B0 - 99
5X-RAY DIFFRACTION4D0 - 180
6X-RAY DIFFRACTION4F1 - 9
7X-RAY DIFFRACTION5D181 - 276
8X-RAY DIFFRACTION6E0 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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