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- PDB-4wa8: Methanopyrus Kandleri FEN-1 nuclease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wa8
タイトルMethanopyrus Kandleri FEN-1 nuclease
要素Flap endonuclease 1
キーワードHYDROLASE / DNA nuclease / Nucleotide excision repair
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-flap endonuclease activity / DNA replication, removal of RNA primer / 5'-3' exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / magnesium ion binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Flap structure-specific endonuclease, archaea / Flap endonuclease 1 / XPG conserved site / XPG protein signature 1. / XPG/Rad2 endonuclease / XPG, N-terminal / XPG-I domain / XPG N-terminal domain / XPG I-region / Xeroderma pigmentosum G I-region ...Flap structure-specific endonuclease, archaea / Flap endonuclease 1 / XPG conserved site / XPG protein signature 1. / XPG/Rad2 endonuclease / XPG, N-terminal / XPG-I domain / XPG N-terminal domain / XPG I-region / Xeroderma pigmentosum G I-region / Xeroderma pigmentosum G N-region / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / PIN-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Flap endonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Methanopyrus kandleri (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Shah, S. / Dunten, P. / Horton, N.C.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Structure and specificity of FEN-1 from Methanopyrus kandleri.
著者: Shah, S. / Dunten, P. / Stiteler, A. / Park, C.K. / Horton, N.C.
履歴
登録2014年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flap endonuclease 1
B: Flap endonuclease 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,1796
ポリマ－82,0372
非ポリマー1424
水1,54986
1
A: Flap endonuclease 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0893
ポリマ－41,0191
非ポリマー712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Flap endonuclease 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0893
ポリマ－41,0191
非ポリマー712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.331, 86.193, 147.617
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 339 / Label seq-ID: 8 - 346

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Flap endonuclease 1 / FEN-1 / Flap structure-specific endonuclease 1


分子量: 41018.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanopyrus kandleri (古細菌) / 株: AV19 / DSM 6324 / JCM 9639 / NBRC 100938 / 遺伝子: fen, MK0566 / プラスミド: pMAL_c4X / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8TXU4, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.66 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG4000, Tris-HCL, sodium chloride, calcium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→74.43 Å / Num. obs: 35363 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 39.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.741 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 88.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RXW

1rxw


解像度: 2.2→74.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 13.732 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.265 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23134 1758 5 %RANDOM
Rwork0.20011 ---
obs0.20165 33535 96.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.506 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.78 Å20 Å20 Å2
2---0.8 Å20 Å2
3----1.98 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→74.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4752 0 4 86 4842
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0194832
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024704
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1942.0046531
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.879310851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5085585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.98324.05242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.67715889
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4311550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2725
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215366
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021008
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4693.1732361
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4693.1722360
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3674.7462939
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3664.7472940
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0363.5062471
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0363.5072472
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.3295.1453593
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.01525.0785386
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.00825.0125364
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 18860 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 126 -
Rwork0.289 2198 -
obs--88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1904-0.3442-0.10743.3794-0.93551.713-0.02740.0433-0.2332-0.28830.0348-0.07990.2692-0.0819-0.00740.1666-0.01890.01950.0246-0.03910.10774.873-3.727-12.577
21.40490.94070.32723.589-0.09971.62130.2027-0.2329-0.10180.4355-0.04260.00970.1842-0.1815-0.16010.1858-0.0502-0.01520.0830.03230.02112.0993.87521.338
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 339
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 339

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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