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万見
- PDB-1rzn: Crystal Structure of Penicillin-binding protein-related factor A ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rzn
タイトルCrystal Structure of Penicillin-binding protein-related factor A from Bacillus Subtilis.
要素Recombination protein U
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA repair / DNA recombination / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


crossover junction endodeoxyribonuclease / chromosome segregation / endonuclease activity / DNA recombination / DNA repair / magnesium ion binding / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Holliday junction resolvase RecU / Recombination protein U / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #10 / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 / tRNA endonuclease-like domain superfamily / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Holliday junction resolvase RecU
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.302 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Almo, S.C. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Penicillin-binding protein-related factor A from Bacillus Subtilis.
著者: Ramagopal, U.A. / Almo, S.C.
履歴
登録2003年12月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Recombination protein U
B: Recombination protein U


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7282
ポリマ－47,7282
非ポリマー00
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area15670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.303, 74.303, 155.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRLYSLYSAA33 - 5533 - 55
21THRTHRLYSLYSBB33 - 5533 - 55
32LEULEUPHEPHEAA112 - 145112 - 145
42LEULEUPHEPHEBB112 - 145112 - 145
53SERSERPHEPHEAA165 - 197165 - 197
63SERSERPHEPHEBB165 - 197165 - 197

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要素

#1: タンパク質 Recombination protein U / Penicillin-binding protein-related factor A / PBP related factor A


分子量: 23863.912 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: RECU, PRFA, BSU22310 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39792
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 8000, Tris/HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X9B11.54
シンクロトロンNSLS X6A21.28322
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2003年9月15日
ADSC QUANTUM 42CCD2003年11月10日
放射モノクロメーター: Double crystal SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.541
21.283221
反射解像度: 2.302→30 Å / Num. all: 17965 / Num. obs: 17965 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 42.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 21.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.302→24.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 5.915 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.268 / ESU R Free: 0.228
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24507 969 5.1 %RANDOM
Rwork0.18603 ---
obs0.18897 17959 87.9 %-
all-17959 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.442 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.01 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.302→24.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2527 0 0 80 2607
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0222589
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022233
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1861.9373491
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.05335240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6685296
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2365
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022840
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02548
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.2502
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2510.22497
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.21419
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1990.290
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1850.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2710.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1550.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2131496
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.00552429
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.01761093
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.16781062
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
535medium positional0.20.5
882loose positional0.555
535medium thermal4.072
882loose thermal6.7610
LS精密化 シェル解像度: 2.302→2.361 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.203 56
Rwork0.153 1044

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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