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- PDB-5cyv: Crystal structure of CouR from Rhodococcus jostii RHA1 bound to p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cyv
タイトルCrystal structure of CouR from Rhodococcus jostii RHA1 bound to p-coumaroyl-CoA
要素Transcriptional regulator
キーワードTranscriptional regulator / TRANSCRIPTION REGULATOR / p-hydroxycinnamate metabolism / MCSG / PF04017 / PSI-BIOLOGY / MARR / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS
機能・相同性
機能・相同性情報


response to stress / DNA-binding transcription factor activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulator MarR-type, conserved site / MarR-type HTH domain signature. / MarR family / : / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Transcriptional regulator MarR-type, conserved site / MarR-type HTH domain signature. / MarR family / : / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / p-coumaroyl-CoA / Transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus jostii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Xu, X. / Dong, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: The activity of CouR, a MarR family transcriptional regulator, is modulated through a novel molecular mechanism.
著者: Otani, H. / Stogios, P.J. / Xu, X. / Nocek, B. / Li, S.N. / Savchenko, A. / Eltis, L.D.
履歴
登録2015年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.62024年3月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator
B: Transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,72411
ポリマ－31,6582
非ポリマー2,0669
水8,143452
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5810 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area14490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.145, 134.385, 73.336
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-500-

HOH

21B-514-

HOH

31B-537-

HOH

詳細Dimer according to SEC-MALS

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Transcriptional regulator


分子量: 15828.976 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus jostii (strain RHA1) (バクテリア)
株: RHA1 / 遺伝子: RHA1_ro05125 / プラスミド: p15TV-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q0S6D0

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非ポリマー , 5種, 461分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-WCA / p-coumaroyl-CoA / 4-ヒドロキシシンナモイルCoA


分子量: 913.677 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C30H42N7O18P3S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 80 microL of native protein at 21 mg/ml were preincubated with 20 microL of 25 mM p-hydroxycinnamoyl-CoA. Reservoir = 0.2 M magnesium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 4% (w/v) 2- ...詳細: 80 microL of native protein at 21 mg/ml were preincubated with 20 microL of 25 mM p-hydroxycinnamoyl-CoA. Reservoir = 0.2 M magnesium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 4% (w/v) 2-methyl-2,4-pentanediol and 26% (w/v) PEG 8K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年3月22日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→25 Å / Num. obs: 48946 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 67
反射 シェル解像度: 1.51→1.54 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 3.79 / % possible all: 83.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FM5

3fm5


解像度: 1.52→24.789 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2017 3774 4.09 %Random selection
Rwork0.1606 ---
obs0.1623 48184 97.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.52→24.789 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2244 0 10 452 2706
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0182344
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.853173
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.358977
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084355
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009411
LS精密化 シェル解像度: 1.52→1.5393 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2747 127 -
Rwork0.2673 2788 -
obs--83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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