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- PDB-4uin: crystal structure of quinine-dependent Fab 314.3 with quinine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uin
タイトルcrystal structure of quinine-dependent Fab 314.3 with quinine
要素(FAB 314.3) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / QUININE-DEPENDENT / MOUSE MAB
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Quinine
機能・相同性情報
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zhu, J. / Zhu, J. / Bougie, D.W. / Aster, R.H. / Springer, T.A.
引用ジャーナル: Blood / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Quinine-Dependent Antibody Binding to Platelet Integrin Alphaiib Beta3
著者: Zhu, J. / Zhu, J. / Bougie, D.W. / Aster, R.H. / Springer, T.A.
履歴
登録2015年3月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月11日Group: Database references
改定 1.22017年4月19日Group: Data collection
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: FAB 314.3
L: FAB 314.3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1723
ポリマ－47,8482
非ポリマー3241
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-21.6 kcal/mol
Surface area20430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.180, 55.460, 72.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 FAB 314.3


分子量: 24257.135 Da / 分子数: 1 / 断片: HEAVY CHAIN, RESIDUES 1-225 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ASCITES FLUID / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#2: 抗体 FAB 314.3


分子量: 23590.900 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGHT CHAIN, RESIDUES 1-214 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ASCITES FLUID / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-QI9 / Quinine / (3alpha,8alpha,9R)-6'-methoxycinchonan-9-ol / (αR)-α-[(4S)-5β-ビニル-1-アザビシクロ[2.2.2]オクタン-2α-イル]-6-メトキシキノリン-4(以下略)


分子量: 324.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N2O2 / コメント: 薬剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.04 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 25% PEG 1500, PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03321
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月10日 / 詳細: DOUBLE MIRROR
放射モノクロメーター: SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03321 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 14747 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 26.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4UIK

4uik


解像度: 2.5→43.771 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2544 1006 6.8 %
Rwork0.203 --
obs0.2065 14737 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→43.771 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3332 0 24 90 3446
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043449
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9174690
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3441234
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032527
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007595
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5002-2.6320.31891520.28321881X-RAY DIFFRACTION97
2.632-2.79680.3311440.27411957X-RAY DIFFRACTION100
2.7968-3.01270.32021260.24731995X-RAY DIFFRACTION100
3.0127-3.31580.27711290.23371950X-RAY DIFFRACTION100
3.3158-3.79540.26471570.20031954X-RAY DIFFRACTION100
3.7954-4.78090.20371440.15331980X-RAY DIFFRACTION99
4.7809-43.77720.19481540.15292014X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.35010.24081.32061.2973-0.1247.5509-0.02930.0641-0.0154-0.02160.04760.01010.00380.2237-0.05770.15170.0320.00830.11250.01140.2586.8127-15.2622-42.475
28.87710.237-2.39753.6325-0.89984.33870.0461-0.5735-0.18170.2080.0550.2582-0.0483-0.0621-0.05550.190.002-0.04070.180.00880.1787-11.4136-21.4221-11.2909
36.82821.6661-3.07381.3877-1.46814.5259-0.0483-0.1214-0.1841-0.04010.02050.03280.0608-0.130.02530.16960.0088-0.03040.1445-0.02960.2374-13.3079-6.0389-45.6169
45.4028-0.20213.82261.1507-0.18864.9378-0.3275-0.54220.48290.18920.0545-0.0313-0.323-0.0180.22710.24170.0291-0.0070.2983-0.07060.2865-16.5443-5.9664-9.7318
50.27420.0616-0.17970.0161-0.04340.122-0.066-0.0075-0.0682-0.0996-0.0063-0.09610.0452-0.0288-0.12220.31610.16170.07910.49110.13390.2624.807-6.8191-54.579
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN H AND RESSEQ 1:121
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN H AND RESSEQ 122:222
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN L AND RESSEQ 1:108
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN L AND RESSEQ 109:212
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN H AND RESSEQ 1226:1226

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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