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- PDB-4ts9: Crystal structure of wild type E. Coli purine nucleoside phosphor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ts9
タイトルCrystal structure of wild type E. Coli purine nucleoside phosphorylase with 6 FMC molecules
要素Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
キーワードTRANSFERASE / Purine nucleoside phosphorylase / formicyn A
機能・相同性
機能・相同性情報


purine nucleoside interconversion / guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine nucleoside catabolic process / DNA damage response / membrane / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type / Nucleoside phosphorylase, conserved site / Purine and other phosphorylases family 1 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FMC / PHOSPHATE ION / Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type / :
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Stefanic, Z. / Bzowska, A.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Crystallographic snapshots of ligand binding to hexameric purine nucleoside phosphorylase and kinetic studies give insight into the mechanism of catalysis.
著者: Stefanic, Z. / Narczyk, M. / Mikleusevic, G. / Kazazic, S. / Bzowska, A. / Luic, M.
履歴
登録2014年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月16日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22018年10月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
B: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
C: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,2949
ポリマ－77,2073
非ポリマー1,0876
水12,935718
1
A: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
B: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
C: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
B: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
C: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,58718
ポリマ－154,4146
非ポリマー2,17312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
Buried area26380 Å2
ΔGint-167 kcal/mol
Surface area44530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.625, 120.625, 240.006
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-452-

HOH

21A-476-

HOH

31B-411-

HOH

41B-412-

HOH

51B-462-

HOH

61C-423-

HOH

71C-432-

HOH

詳細The biological assembly is a hexamer generated from the trimer in the asymmetric unit by the operation: -X+Y, Y, -Z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type / PNP


分子量: 25735.658 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: U0SVH6, UniProt: P0ABP8*PLUS, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-FMC / (1S)-1-(7-amino-1H-pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-3-yl)-1,4-anhydro-D-ribitol


分子量: 267.241 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 718 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 / 詳細: 50 mM citric buffer, 32 % ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.97977 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→48.17 Å / Num. obs: 98266 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 39 % / Biso Wilson estimate: 24.012 Å2 / Rmerge F obs: 1 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 42.19 / Num. measured all: 3871879
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) allDiffraction-ID% possible all
1.77-1.870.9770.4589.647889616040138650.464186.4
1.87-20.9950.31416.362609715147149370.31898.6
2-2.160.9970.19724.155731714120139780.19999
2.16-2.370.9990.1433.554093313033129320.14299.2
2.37-2.650.9990.10242.846568211858117920.10399.4
2.65-3.0610.07658.243328110533104950.07799.6
3.06-3.7410.05281.5350035899789860.05299.9
3.74-5.2710.042102.6268029709170890.042100
5.2710.041101.1151609420241920.04199.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1K9S

1k9s


解像度: 1.77→48.16 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.18 / FOM work R set: 0.9016 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.177 4914 5 %random
Rwork0.156 93346 --
obs0.1571 98260 97.28 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 109.57 Å2 / Biso mean: 21.4381 Å2 / Biso min: 6.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→48.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5385 0 72 718 6175
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075662
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2247662
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082872
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005987
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9112094
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7676-1.78770.22421190.19132264238372
1.7877-1.80880.20991330.17752524265781
1.8088-1.83080.20161460.17192773291987
1.8308-1.8540.19091590.16183024318396
1.854-1.87840.18581610.14773051321298
1.8784-1.90410.17031640.15173107327198
1.9041-1.93130.17941630.15093100326399
1.9313-1.96010.18541630.15383097326099
1.9601-1.99080.16781640.15243119328399
1.9908-2.02340.1751650.15273131329699
2.0234-2.05830.17491640.15453122328699
2.0583-2.09570.17691650.15093131329699
2.0957-2.1360.17171650.15623135330099
2.136-2.17960.19191660.15333154332099
2.1796-2.2270.18891650.15383134329999
2.227-2.27880.18881660.15693161332799
2.2788-2.33580.19131660.14993147331399
2.3358-2.3990.18831660.15293159332599
2.399-2.46960.16571670.15363175334299
2.4696-2.54930.1661660.15523157332399
2.5493-2.64040.19351670.15533178334599
2.6404-2.74610.18011690.155732083377100
2.7461-2.87110.19381690.160331953364100
2.8711-3.02240.18121680.163732053373100
3.0224-3.21170.1821700.154232193389100
3.2117-3.45970.15671700.150532313401100
3.4597-3.80770.16331720.142632653437100
3.8077-4.35840.15051730.133432993472100
4.3584-5.48980.16111760.152233473523100
5.4898-48.17780.20081870.202535343721100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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