[English] 日本語
Yorodumi- PDB-4tti: Crystal structure of double mutant E. Coli purine nucleoside phos... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4tti | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of double mutant E. Coli purine nucleoside phosphorylase with 4 FMC molecules | ||||||
Components | Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Purine nucleoside phosphorylase / formicyn A | ||||||
Function / homology | Function and homology information purine nucleoside interconversion / guanosine phosphorylase activity / purine nucleoside catabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / DNA damage response / membrane / identical protein binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.89 Å | ||||||
Authors | Stefanic, Z. / Bzowska, A. | ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2018 Title: Crystallographic snapshots of ligand binding to hexameric purine nucleoside phosphorylase and kinetic studies give insight into the mechanism of catalysis. Authors: Stefanic, Z. / Narczyk, M. / Mikleusevic, G. / Kazazic, S. / Bzowska, A. / Luic, M. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4tti.cif.gz | 305.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4tti.ent.gz | 244.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4tti.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/4tti ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/4tti | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 4ts3C 4ts9C 4ttaC 4ttjC 1k9sS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Details | The biological assembly is a hexamer. One hexamer is found in asymmetric unit. |
-Components
#1: Protein | Mass: 25591.508 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: deoD, pup, b4384, JW4347 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: P0ABP8, purine-nucleoside phosphorylase #2: Chemical | ChemComp-FMC / ( #3: Chemical | ChemComp-PO4 / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 47.8 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.2 / Details: 50 mM citric buffer, 34 % ammonium sulphate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM14 / Wavelength: 0.97977 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Mar 12, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97977 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.89→47.8 Å / Num. all: 757830 / Num. obs: 116237 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 26.915 Å2 / Rmerge F obs: 0.259 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Rrim(I) all: 0.184 / Net I/σ(I): 10.89 / Num. measured all: 757830 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1k9s Resolution: 1.89→47.7 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.21 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / Phase error: 20.3 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 94.2 Å2 / Biso mean: 21.377 Å2 / Biso min: 6.52 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.89→47.7 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
|