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- PDB-4s1d: Structure of IgG1 Fab fragment in complex with Biotincytidinamide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4s1d
タイトルStructure of IgG1 Fab fragment in complex with Biotincytidinamide
要素
  • MAB M33 FAB FRAGMENT, heavy chain
  • MAB M33 FAB FRAGMENT, light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / Fab fragment / hapten / MAB_M33_FAB_FRAGMENT
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-41M
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Dengl, S. / Hoffmann, E. / Grote, M. / Wagner, C. / Mundigl, O. / Georges, G. / Theorey, I. / Stubenrauch, K.-G. / Bujotzek, A. / Josel, H.-P. ...Dengl, S. / Hoffmann, E. / Grote, M. / Wagner, C. / Mundigl, O. / Georges, G. / Theorey, I. / Stubenrauch, K.-G. / Bujotzek, A. / Josel, H.-P. / Dziadek, S. / Benz, J. / Brinkmann, U.
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2015
タイトル: Hapten-directed spontaneous disulfide shuffling: a universal technology for site-directed covalent coupling of payloads to antibodies.
著者: Dengl, S. / Hoffmann, E. / Grote, M. / Wagner, C. / Mundigl, O. / Georges, G. / Thorey, I. / Stubenrauch, K.G. / Bujotzek, A. / Josel, H.P. / Dziadek, S. / Benz, J. / Brinkmann, U.
履歴
登録2015年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月13日Group: Database references
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: MAB M33 FAB FRAGMENT, heavy chain
L: MAB M33 FAB FRAGMENT, light chain
C: MAB M33 FAB FRAGMENT, heavy chain
D: MAB M33 FAB FRAGMENT, light chain
E: MAB M33 FAB FRAGMENT, heavy chain
F: MAB M33 FAB FRAGMENT, light chain
O: MAB M33 FAB FRAGMENT, heavy chain
P: MAB M33 FAB FRAGMENT, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,16013
ポリマ－189,5788
非ポリマー1,5825
水6,053336
1
H: MAB M33 FAB FRAGMENT, heavy chain
L: MAB M33 FAB FRAGMENT, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7663
ポリマ－47,3952
非ポリマー3711
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19300 Å2
手法PISA
2
C: MAB M33 FAB FRAGMENT, heavy chain
D: MAB M33 FAB FRAGMENT, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7663
ポリマ－47,3952
非ポリマー3711
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area18920 Å2
手法PISA
3
E: MAB M33 FAB FRAGMENT, heavy chain
F: MAB M33 FAB FRAGMENT, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7663
ポリマ－47,3952
非ポリマー3711
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4300 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19290 Å2
手法PISA
4
O: MAB M33 FAB FRAGMENT, heavy chain
P: MAB M33 FAB FRAGMENT, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8624
ポリマ－47,3952
非ポリマー4682
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area19080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.094, 119.620, 96.181
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.15, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体
MAB M33 FAB FRAGMENT, heavy chain


分子量: 23773.506 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体
MAB M33 FAB FRAGMENT, light chain


分子量: 23621.037 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-41M / N~6~-{5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoyl}-L-lysinamide / N-epsilon-Biotinyl-lysine-amid / ビオシチンアミド


分子量: 371.498 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H29N5O3S
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.15M ammonium sulfate, 0.1M MES, 15%PEG 4000, pH 6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月22日
放射モノクロメーター: Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→119 Å / Num. all: 74713 / Num. obs: 74645 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.47 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 10.29
反射 シェル解像度: 2.35→2.4 Å / 冗長度: 3.53 % / Num. unique all: 3658 / Rsym value: 0.65 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DA+データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
SADABSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: unpublished in house Fab fragment structure

解像度: 2.5→119 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 32.428 / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.966 / ESU R Free: 0.335 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27446 3132 5 %RANDOM
Rwork0.22547 ---
obs0.22799 58977 99.91 %-
all-62797 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 78.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.24 Å20 Å24.17 Å2
2---2.72 Å2-0 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→119 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13109 0 105 336 13550
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0213573
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0212206
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9941.94718512
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6413.00228231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.63851690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.18524.696543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.842152109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7841538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.22073
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02115328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023062
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1094.366796
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1084.3596795
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9296.5338474
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9296.5348475
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9664.4036777
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.8874.3666670
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.5556.5269897
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.38333.86214352
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.34233.714278
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.451 234 -
Rwork0.392 4353 -
obs--99.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7363-0.22730.0690.3946-0.86532.3198-0.09670.0221-0.04410.14250.0262-0.0406-0.1676-0.26560.07050.52970.0845-0.29440.4946-0.09440.180829.1592-33.527755.3877
21.2669-0.07280.63660.7522-0.86352.3811-0.0108-0.0121-0.1017-0.0692-0.05870.07960.2286-0.34870.06950.56050.0652-0.23410.5826-0.08620.178122.4354-50.236255.6086
31.1377-0.2187-0.15372.01-0.37231.88920.0946-0.00850.2636-0.1439-0.0194-0.1704-0.01730.3378-0.07520.3838-0.0257-0.14930.4644-0.05540.165316.0839-12.1785-7.2661
41.9470.4974-0.01831.8021-0.76632.5646-0.03770.47040.1128-0.3034-0.01370.2951-0.0368-0.3740.05130.55250.1295-0.28480.5946-0.05660.16410.0159-15.9707-15.4827
51.1902-0.12440.41970.98740.35342.16750.1017-0.04840.1808-0.2834-0.1511-0.1346-0.0843-0.19940.04940.23650.0046-0.07850.3291-0.00260.1525-43.2369-38.14340.4716
61.6398-0.27160.98461.81262.00164.35930.06560.09040.18670.0503-0.07750.08140.5375-0.04080.0120.1924-0.0495-0.07560.2957-0.09260.1229-40.1487-55.99931.3046
71.71531.5191-0.03512.6327-0.10350.51340.2117-0.3530.08210.5118-0.19390.1914-0.122-0.0301-0.01770.51330.0796-0.1130.5039-0.0210.0773-9.351-21.204343.2018
82.26931.4081-1.32011.7025-1.01811.90620.09880.02250.1640.1872-0.02240.3877-0.2178-0.2774-0.07640.26640.0733-0.14090.2593-0.05690.2615-25.0422-15.60437.0236
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H1 - 220
2X-RAY DIFFRACTION2L1 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 220
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 211
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 219
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 213
7X-RAY DIFFRACTION7O1 - 220
8X-RAY DIFFRACTION8P1 - 210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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