PDB-4r30: Structure of human laforin dual specificity phosphatase domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4r30

タイトル

Structure of human laforin dual specificity phosphatase domain

要素

Laforin

キーワード

HYDROLASE / Dual specificity phosphatase / Glucan phosphatase / Malin / glycogen

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of phosphatase activity / carbohydrate phosphatase activity / negative regulation of dephosphorylation / glycogen binding / carbohydrate phosphorylation / regulation of protein import into nucleus / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / L-glutamate transmembrane transport / starch binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 ...negative regulation of phosphatase activity / carbohydrate phosphatase activity / negative regulation of dephosphorylation / glycogen binding / carbohydrate phosphorylation / regulation of protein import into nucleus / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / L-glutamate transmembrane transport / starch binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / habituation / glycogen biosynthetic process / histone H2AXS139 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / MAP kinase serine/threonine phosphatase activity / myosin phosphatase activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / dephosphorylation / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / glycogen metabolic process / protein-serine/threonine phosphatase / protein serine/threonine phosphatase activity / phosphatase activity / negative regulation of cell cycle / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / positive regulation of macroautophagy / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / autophagosome assembly / regulation of protein ubiquitination / glial cell proliferation / regulation of protein localization to plasma membrane / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / protein dephosphorylation / regulation of proteasomal protein catabolic process / Myoclonic epilepsy of Lafora / Glycogen synthesis / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / mitochondrion organization / regulation of cell growth / Wnt signaling pathway / calcium ion transport / carbohydrate binding / perikaryon / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein dimerization activity / negative regulation of gene expression / dendrite / protein homodimerization activity / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Sankhala, R.S. / Koksal, A.C. / Cingolani, G.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Dimeric quaternary structure of human laforin.
著者: Sankhala, R.S. / Koksal, A.C. / Ho, L. / Nitschke, F. / Minassian, B.A. / Cingolani, G.

履歴

登録	2014年8月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年1月7日	Group: Database references
改定 1.2	2015年3月11日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4r30.ent.gz	255.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	4r30_full_validation.pdf.gz	484.8 KB	表示
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CIF形式データ	4r30_validation.cif.gz	41.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/4r30 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/4r30	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3rgoS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1fpz-1 1m6z-3 3ell-1 3els-d 5ldm-1 3r8k-4 5xhl-2 5xic-4 1sfe-d 5xib-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (5) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (9) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (6) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (5) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (3) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#74 - 2006年2月
α-アミラーゼ (alpha-Amylase)
類似性 (5)
#145 - 2012年1月
伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping)
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#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (6)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (5)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (3)
#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)
#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Laforin

B: Laforin

C: Laforin

D: Laforin

ヘテロ分子

85.3 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Laforin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Laforin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Laforin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Laforin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	123.974, 123.974, 160.771
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

#1: タンパク質	Laforin / Glucan phosphatase / Lafora PTPase / LAFPTPase 分子量: 20997.342 Da / 分子数: 4 断片: dual specificity phosphatase domain (UNP residues 148-331) 変異: C266S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPM2A / プラスミド: pQE80L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIL) 参照: UniProt: O95278, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素, protein-serine/threonine phosphatase, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.55 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.10 M lithium sulfate, 0.05 M sodium cacodylate trihydrate, 0.1 M NaCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.07 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月18日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→15 Å / Num. obs: 52012 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 4738 / R_sym value: 0.8 / % possible all: 88.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RGO

3rgo

解像度: 2.3→14.875 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1 / 位相誤差: 27.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.219	1969	3.79 %	RANDOM
R_work	0.1883	-	-	-
obs	0.1894	51890	96.91 %	-
all	-	52012	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→14.875 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5740	0	68	243	6051

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5952
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.159	8056
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.606	2184
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	864
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1012

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3575	0.3398	148	0.3127	3162	X-RAY DIFFRACTION	87
2.3575-2.421	0.3828	114	0.3103	3480	X-RAY DIFFRACTION	95
2.421-2.4919	0.2927	140	0.2964	3636	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4919-2.5719	0.3227	146	0.2758	3645	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5719-2.6633	0.286	159	0.2423	3575	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6633-2.7693	0.2851	127	0.2424	3667	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7693-2.8945	0.2801	146	0.2203	3649	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8945-3.0459	0.2425	155	0.2114	3618	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0459-3.2349	0.216	131	0.2018	3613	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2349-3.4817	0.2062	128	0.1861	3647	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4817-3.8266	0.1778	155	0.1699	3575	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8266-4.368	0.1771	140	0.14	3596	X-RAY DIFFRACTION	98
4.368-5.4577	0.1632	134	0.137	3557	X-RAY DIFFRACTION	96
5.4577-14.8752	0.1899	146	0.1494	3501	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6474	-0.4324	0.4233	2.9739	-0.2602	3.8379	-0.035	0.1447	0.049	-0.1698	-0.2667	-0.567	0.0358	1.0236	0.2898	0.496	0.0373	0.0288	0.7751	0.1384	0.3766	-3.3671	-24.7516	22.6967
2	3.8233	-0.8869	4.8459	9.2333	-4.172	7.2024	-0.1908	-0.7392	-0.2779	0.6612	-0.032	0.1582	-0.2587	-0.2134	0.3145	0.3525	0.0297	0.0352	0.6527	0.0102	0.2815	-18.6731	-24.1749	37.3232
3	0.0179	0.2774	-0.3137	3.18	-3.6906	4.2639	-0.3495	-0.3447	0.2559	2.0043	-0.8906	-1.9764	-1.3845	0.5735	1.3339	1.053	-0.2226	-0.2534	1.0201	-0.0993	0.9569	-8.7828	-15.3572	37.0878
4	4.9529	4.5556	4.8027	4.3094	4.3411	4.762	-0.4538	-0.959	1.0627	0.0039	-0.576	0.5592	-1.5854	-1.5025	1.1918	0.6532	0.0988	-0.0938	0.7407	-0.0947	0.473	-22.0902	-11.9673	26.2217
5	1.4152	-2.7528	-3.1531	5.3488	6.1286	7.0161	-1.2422	-0.9512	-0.6246	1.6852	1.3414	-0.1813	1.5049	0.3645	-0.08	0.6817	0.0589	0.0265	0.6671	0.0845	0.4769	-25.3514	-28.221	25.6095
6	3.471	1.575	-1.0226	4.0264	-0.9769	3.2893	-0.4645	-0.3638	1.0259	0.6932	0.2265	-0.1694	-1.1985	-0.0126	0.1796	0.6119	0.0536	-0.2412	0.3597	-0.0887	0.5044	-31.5391	-0.7848	55.5543
7	3.804	-1.9671	-0.5115	5.108	-1.4045	3.9243	-0.2391	-0.2674	0.7352	0.074	-0.0074	-0.0552	-0.8451	-0.2995	0.2818	0.5683	0.0613	-0.23	0.3562	-0.0655	0.4854	-35.632	1.4092	49.1487
8	7.1904	-3.0379	-3.3277	9.6642	0.5871	1.6373	-0.2857	1.2069	1.1434	-0.3686	-0.3493	-0.4073	-1.7175	0.161	0.5688	0.9768	-0.1121	-0.2977	0.5187	0.1076	0.5162	-34.0974	6.4798	39.9997
9	3.1853	1.1722	0.4884	1.9296	-0.1466	2.5256	-0.1596	-0.3606	0.3177	0.2177	-0.1714	0.1997	-0.4437	-0.5043	0.2866	0.2937	0.0842	-0.0933	0.3714	-0.1074	0.305	-41.7306	-10.5436	50.3562
10	5.2066	4.0856	4.3302	4.0641	4.2048	4.4235	0.1533	-1.1652	-0.3038	0.8479	-0.3577	-0.2368	0.0661	-0.6564	0.0222	0.466	0.0145	-0.036	0.5364	0.0055	0.2736	-37.977	-18.4653	64.2478
11	7.7498	-1.0473	5.4078	0.1257	-0.7148	3.753	-0.9358	-1.0987	0.4374	0.3324	0.6195	-0.5395	-0.8523	-0.7811	0.0886	0.8026	0.2989	0.0443	1.134	-0.3197	0.7016	-46.7245	-8.6444	63.6938
12	9.0533	-4.8888	-4.5885	8.8514	4.5665	3.1977	-0.0623	-0.5619	0.1222	0.963	-0.197	0.3039	0.5039	-1.2503	0.3106	0.3671	-0.1274	0.0007	0.709	-0.0035	0.329	-50.2493	-22.1415	52.9724
13	4.0105	3.3673	3.0402	7.884	0.5254	3.3355	0.6363	-1.8788	-0.1185	1.97	-0.4777	0.5898	0.8807	-0.5298	-0.1962	0.6201	-0.0206	0.1528	0.6489	0.0305	0.4984	-33.877	-25.3523	52.6899
14	5.0736	0.143	0.8573	3.9488	-0.6351	6.6275	0.3083	0.8332	-0.206	-0.4222	-0.5875	-0.5882	0.6232	1.3988	0.3245	0.6153	0.141	0.1327	0.7879	0.1183	0.4111	-2.8473	-41.7868	42.2067
15	2.3029	-0.3247	2.6688	6.6263	-0.0376	3.2672	-0.1149	0.5681	0.1275	-0.289	-0.1546	-0.5557	0.011	0.4045	0.2301	0.5479	0.0674	0.068	0.6829	0.138	0.4538	-4.1168	-40.5623	47.7183
16	7.4997	0.3206	-1.7029	3.1243	3.0111	3.4434	0.3324	-0.0161	-1.3458	-0.2025	-0.4069	-1.1305	1.9137	1.3172	0.2896	1.2283	0.3793	0.0794	0.9539	0.2347	0.7576	0.8736	-55.2467	50.2047
17	5.9565	0.3015	-2.3334	7.6119	2.7005	2.0743	-0.0063	-0.5278	-0.1374	0.415	-0.4223	-0.8273	0.4631	0.6706	0.4314	0.6776	0.1341	-0.0054	1.0059	0.2009	0.5491	3.1162	-46.5607	57.8137
18	2.3368	1.2047	-0.2738	2.6282	0.2451	2.8038	-0.1363	0.2765	-0.224	-0.2165	-0.104	-0.2592	0.9009	0.0129	0.2303	0.7826	0.0537	0.1041	0.5238	0.0333	0.3357	-15.4549	-48.0546	47.4456
19	8.7966	1.2821	-5.2124	3.135	-3.9255	6.6255	-0.5163	0.8326	0.0089	-0.681	0.4631	0.0372	0.2107	-1.0137	0.2389	0.7012	-0.0792	-0.0293	0.7484	0.0401	0.3897	-21.6726	-41.9081	33.5375
20	2.1412	-2.6268	2.2221	3.9763	-2.4483	2.4042	-0.0031	0.7007	-0.1868	-1.765	-0.0595	-1.4407	0.9893	0.6282	-0.2675	1.3234	-0.011	0.2929	1.0769	-0.2456	0.7016	-15.5385	-53.4116	33.9244
21	7.4906	-4.1392	-4.7352	4.206	4.5678	9.0564	-0.0538	0.9757	-0.8406	-0.2316	-0.8466	0.3945	1.2406	-1.7597	0.9609	0.8686	-0.1762	0.0344	0.7627	-0.113	0.3979	-29.2403	-52.1709	44.886
22	5.226	5.2916	-2.5507	5.3558	-2.6177	2.1241	-0.6978	2.2007	0.3074	-1.4245	1.1474	0.256	0.7006	-0.876	-0.3516	0.8176	0.0145	-0.0211	0.9618	0.0138	0.6204	-26.7431	-35.6545	45.18
23	3.466	-0.1442	-1.711	2.7011	0.5793	2.3085	-0.1999	0.2663	0.0481	-0.244	-0.1044	0.6918	-0.0314	-1.0056	0.2456	0.2414	0.0129	-0.0495	0.5807	-0.1441	0.4031	-58.6644	-20.6893	30.9596
24	2.9127	1.0153	-2.811	1.8958	-2.4305	7.6322	0.2994	0.4737	1.2706	0.1214	0.2963	0.9692	-1.1571	0.0122	-0.4745	0.5307	0.3955	-0.034	0.8807	-0.217	0.7004	-62.7779	-6.6759	36.6422
25	2.6887	-0.7742	0.4929	1.8868	0.6838	3.0605	-0.2721	-0.1509	0.1503	0.0222	-0.0687	0.1555	-0.4143	-0.2874	0.242	0.2351	0.0352	-0.067	0.2962	-0.0808	0.2748	-49.7647	-15.2974	34.2528
26	0.2613	0.5864	0.3314	4.2151	2.7037	1.7354	-0.7413	0.9828	0.8428	-1.377	0.0011	1.1628	-1.6075	-0.9542	0.5874	1.0032	0.0941	-0.1804	0.9546	0.2316	0.7001	-46.519	-8.7818	20.5802
27	7.8367	-0.2006	-1.3637	8.9761	-6.5001	8.0358	-0.0128	0.5655	0.3187	-0.6324	-0.2465	-0.5127	-0.0577	0.5168	0.2105	0.274	-0.0489	-0.01	0.512	-0.0475	0.2922	-33.7142	-15.8955	31.6208

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 153 through 283 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 284 through 296 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 297 through 306 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 307 through 321 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 322 through 331 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 153 through 177 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 178 through 205 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 206 through 224 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 225 through 283 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 284 through 296 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 297 through 306 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 307 through 321 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 322 through 331 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 153 through 177 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 178 through 194 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 195 through 205 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 206 through 224 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 225 through 283 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 284 through 296 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 297 through 306 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 307 through 321 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 322 through 331 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 153 through 194 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 195 through 205 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 206 through 296 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 297 through 306 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 307 through 331 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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