PDB-4qn2: 2.6 Angstrom resolution crystal structure of betaine aldehyde deh...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qn2

タイトル

2.6 Angstrom resolution crystal structure of betaine aldehyde dehydrogenase (betB) G234S mutant from Staphylococcus aureus (IDP00699) in complex with NAD+ and BME-free Cys289

要素

Betaine aldehyde dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / BetB / structural genomics / NAD / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / CSGID / Rossmann fold / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / betaine-aldehyde dehydrogenase / glycine betaine biosynthetic process from choline / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Chen, C. / Joo, J.C. / Yakunin, A.F. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structural and functional analysis of betaine aldehyde dehydrogenase from Staphylococcus aureus.
著者: Halavaty, A.S. / Rich, R.L. / Chen, C. / Joo, J.C. / Minasov, G. / Dubrovska, I. / Winsor, J.R. / Myszka, D.G. / Duban, M. / Shuvalova, L. / Yakunin, A.F. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2014年6月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2014年7月2日	ID: 4NI4
改定 1.0	2014年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月13日	Group: Database references
改定 1.2	2015年6月3日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	4neaC 4nu9C 4q92C 4qjeC 4qtoC 4mpbS 4mpy S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zxu-1 4qto-d 4zwl-1 5dib-d 4zwl-2 1bpw-d 4zxu-2 4mpy-1 4mpb-3 5gt6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP00699

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Betaine aldehyde dehydrogenase

B: Betaine aldehyde dehydrogenase

C: Betaine aldehyde dehydrogenase

D: Betaine aldehyde dehydrogenase

E: Betaine aldehyde dehydrogenase

F: Betaine aldehyde dehydrogenase

G: Betaine aldehyde dehydrogenase

H: Betaine aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

463 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Betaine aldehyde dehydrogenase

D: Betaine aldehyde dehydrogenase

F: Betaine aldehyde dehydrogenase

G: Betaine aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
231 kDa, 4 ポリマー
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2

B: Betaine aldehyde dehydrogenase

C: Betaine aldehyde dehydrogenase

E: Betaine aldehyde dehydrogenase

H: Betaine aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
231 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	88.592, 168.368, 144.523
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.92, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	A	A	1 - 495	22 - 516
2	1	SER	SER	B	B	1 - 495	22 - 516
1	2	SER	SER	A	A	1 - 495	22 - 516
2	2	SER	SER	C	C	1 - 495	22 - 516
1	3	SER	SER	A	A	1 - 495	22 - 516
2	3	SER	SER	D	D	1 - 495	22 - 516
1	4	SER	SER	A	A	1 - 495	22 - 516
2	4	SER	SER	E	E	1 - 495	22 - 516
1	5	SER	SER	A	A	1 - 495	22 - 516
2	5	SER	SER	F	F	1 - 495	22 - 516
1	6	SER	SER	A	A	1 - 495	22 - 516
2	6	SER	SER	G	G	1 - 495	22 - 516
1	7	SER	SER	A	A	1 - 495	22 - 516
2	7	SER	SER	H	H	1 - 495	22 - 516
1	8	LYS	LYS	B	B	1 - 496	22 - 517
2	8	LYS	LYS	C	C	1 - 496	22 - 517
1	9	LYS	LYS	B	B	1 - 496	22 - 517
2	9	LYS	LYS	D	D	1 - 496	22 - 517
1	10	LYS	LYS	B	B	1 - 496	22 - 517
2	10	LYS	LYS	E	E	1 - 496	22 - 517
1	11	LYS	LYS	B	B	1 - 496	22 - 517
2	11	LYS	LYS	F	F	1 - 496	22 - 517
1	12	LYS	LYS	B	B	1 - 496	22 - 517
2	12	LYS	LYS	G	G	1 - 496	22 - 517
1	13	LYS	LYS	B	B	1 - 496	22 - 517
2	13	LYS	LYS	H	H	1 - 496	22 - 517
1	14	LYS	LYS	C	C	1 - 496	22 - 517
2	14	LYS	LYS	D	D	1 - 496	22 - 517
1	15	LYS	LYS	C	C	1 - 496	22 - 517
2	15	LYS	LYS	E	E	1 - 496	22 - 517
1	16	LYS	LYS	C	C	1 - 496	22 - 517
2	16	LYS	LYS	F	F	1 - 496	22 - 517
1	17	LYS	LYS	C	C	1 - 496	22 - 517
2	17	LYS	LYS	G	G	1 - 496	22 - 517
1	18	LYS	LYS	C	C	1 - 496	22 - 517
2	18	LYS	LYS	H	H	1 - 496	22 - 517
1	19	LYS	LYS	D	D	1 - 496	22 - 517
2	19	LYS	LYS	E	E	1 - 496	22 - 517
1	20	LYS	LYS	D	D	1 - 496	22 - 517
2	20	LYS	LYS	F	F	1 - 496	22 - 517
1	21	LYS	LYS	D	D	1 - 496	22 - 517
2	21	LYS	LYS	G	G	1 - 496	22 - 517
1	22	LYS	LYS	D	D	1 - 496	22 - 517
2	22	LYS	LYS	H	H	1 - 496	22 - 517
1	23	LYS	LYS	E	E	1 - 496	22 - 517
2	23	LYS	LYS	F	F	1 - 496	22 - 517
1	24	LYS	LYS	E	E	1 - 496	22 - 517
2	24	LYS	LYS	G	G	1 - 496	22 - 517
1	25	LYS	LYS	E	E	1 - 496	22 - 517
2	25	LYS	LYS	H	H	1 - 496	22 - 517
1	26	LYS	LYS	F	F	1 - 496	22 - 517
2	26	LYS	LYS	G	G	1 - 496	22 - 517
1	27	LYS	LYS	F	F	1 - 496	22 - 517
2	27	LYS	LYS	H	H	1 - 496	22 - 517
1	28	LYS	LYS	G	G	1 - 496	22 - 517
2	28	LYS	LYS	H	H	1 - 496	22 - 517

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Betaine aldehyde dehydrogenase 分子量: 57146.156 Da / 分子数: 8 / 変異: G234S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 株: COL / 遺伝子: betB, SACOL2628 / プラスミド: p15TV-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic 参照: UniProt: Q5HCU0, UniProt: A0A0H2X0S3*PLUS, betaine-aldehyde dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 702 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.01 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 7 mg/mL protein in 10 mM Tris-HCl, pH 8.3, 500 mM sodium chloride, 0.5 mM TCEP, 2 mM NAD+, crystallization: The Classics II Suite (G9): 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 25% w/v ...詳細: 7 mg/mL protein in 10 mM Tris-HCl, pH 8.3, 500 mM sodium chloride, 0.5 mM TCEP, 2 mM NAD+, crystallization: The Classics II Suite (G9): 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 25% w/v PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

結晶

マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.01 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 7 mg/mL protein in 10 mM Tris-HCl, pH 8.3, 500 mM sodium chloride, 0.5 mM TCEP, 2 mM NAD+, crystallization: The Classics II Suite (G9): 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 25% w/v ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月14日 / 詳細: beryllium lenses
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 117959 / Num. obs: 117959 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 51.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.607 / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / Num. unique all: 6068 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4MPB

4mpb

解像度: 2.6→29.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 20.623 / SU ML: 0.216 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.317 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21925	5916	5 %	RANDOM
R_work	0.18427	-	-	-
obs	0.18605	111581	93.61 %	-
all	-	111581	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.282 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.83 Å²	0 Å²	-1.07 Å²
2-	-	-2.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	30828	0	356	702	31886

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	31833
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	30178
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.587	1.97	43133
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.136	3	69673
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.531	5	3976
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.843	25.429	1457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.426	15	5543
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.629	15	144
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	4803
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	36163
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	6941

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	31017	0.07
1	2	B	31017	0.07
2	1	A	31299	0.06
2	2	C	31299	0.06
3	1	A	31280	0.06
3	2	D	31280	0.06
4	1	A	30963	0.07
4	2	E	30963	0.07
5	1	A	31281	0.06
5	2	F	31281	0.06
6	1	A	31126	0.06
6	2	G	31126	0.06
7	1	A	31090	0.06
7	2	H	31090	0.06
8	1	B	31185	0.07
8	2	C	31185	0.07
9	1	B	31513	0.06
9	2	D	31513	0.06
10	1	B	31283	0.07
10	2	E	31283	0.07
11	1	B	31384	0.06
11	2	F	31384	0.06
12	1	B	31369	0.06
12	2	G	31369	0.06
13	1	B	31243	0.07
13	2	H	31243	0.07
14	1	C	31259	0.07
14	2	D	31259	0.07
15	1	C	31116	0.07
15	2	E	31116	0.07
16	1	C	31367	0.07
16	2	F	31367	0.07
17	1	C	31189	0.07
17	2	G	31189	0.07
18	1	C	31143	0.07
18	2	H	31143	0.07
19	1	D	31228	0.07
19	2	E	31228	0.07
20	1	D	31464	0.06
20	2	F	31464	0.06
21	1	D	31447	0.06
21	2	G	31447	0.06
22	1	D	31326	0.06
22	2	H	31326	0.06
23	1	E	31196	0.07
23	2	F	31196	0.07
24	1	E	31069	0.07
24	2	G	31069	0.07
25	1	E	31157	0.07
25	2	H	31157	0.07
26	1	F	31191	0.07
26	2	G	31191	0.07
27	1	F	31050	0.06
27	2	H	31050	0.06
28	1	G	31253	0.06
28	2	H	31253	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.314	442	-
R_work	0.27	8480	-
obs	-	8480	97.23 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.5001	5.691	-2.0101	6.7357	4.7327	16.7404	0.1494	0.1027	-0.0266	-0.1413	0.2067	-0.1691	-0.706	0.2977	-0.3561	0.2671	0.0043	-0.0551	0.0339	0.0687	0.2924	144.4554	58.7785	150.4929
2	1.062	-0.2654	0.019	0.8514	0.3618	0.6732	-0.0291	0.0593	0.203	-0.093	0.0111	0.0242	-0.1238	0.0664	0.0179	0.1967	0.0012	0.0625	0.1189	0.0497	0.0885	144.3162	42.3701	139.3445
3	0.649	-0.0088	0.2249	0.1541	0.1469	0.2809	-0.0406	0.0135	0.1192	-0.0067	-0.0392	0.047	0.004	0.0002	0.0797	0.1851	0.0046	0.0606	0.1345	-0.0016	0.0729	138.0778	30.8974	145.7661
4	2.5663	0.9862	-0.3796	2.428	-0.2721	1.2017	-0.053	-0.2733	0.3871	0.0231	0.0443	0.1862	-0.2245	-0.2023	0.0087	0.1681	0.0386	0.0517	0.1693	-0.0653	0.1073	126.8969	44.3984	164.7052
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45	0.7183	0.2835	0.1837	0.2379	-0.0112	0.1807	0.1002	-0.2525	-0.0532	0.1432	-0.0759	-0.0154	0.0301	0.0063	-0.0243	0.2822	-0.0312	0.005	0.2717	-0.0005	0.0067	127.6019	55.7054	231.9346
46	1.7422	2.2814	-0.3129	3.3051	-0.923	1.5266	0.2625	-0.4095	0.0161	0.5089	-0.3377	-0.0651	-0.2484	0.0977	0.0752	0.4314	-0.063	0.0104	0.4721	-0.118	0.0409	131.3271	72.2118	249.0967
47	1.413	0.1595	-0.0283	1.5033	0.2027	0.3212	0.0058	-0.2325	0.0699	0.0802	-0.0381	0.0389	-0.0097	-0.0893	0.0323	0.2212	-0.0298	0.0195	0.2379	-0.0638	0.0184	124.9171	71.2606	226.1903
48	0.9434	-0.1742	-0.8201	1.0485	0.3753	0.8757	0.1099	0.066	-0.096	-0.0823	0.0109	-0.337	-0.0989	-0.1131	-0.1208	0.2761	0.0266	-0.0183	0.2886	-0.0162	0.2806	129.4982	33.4498	203.4548

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-5 - 6
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	7 - 129
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	130 - 309
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	310 - 371
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	372 - 488
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	489 - 496
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 6
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	7 - 129
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	130 - 257
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	258 - 404
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	405 - 470
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	471 - 496
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	1 - 5
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	6 - 129
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	130 - 310
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	311 - 380
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	381 - 468
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	469 - 496
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	1 - 5
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	6 - 132
21	X-RAY DIFFRACTION	21	D	133 - 254
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	255 - 310
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	311 - 371
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	372 - 496
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	1 - 19
26	X-RAY DIFFRACTION	26	E	20 - 180
27	X-RAY DIFFRACTION	27	E	181 - 257
28	X-RAY DIFFRACTION	28	E	258 - 341
29	X-RAY DIFFRACTION	29	E	342 - 468
30	X-RAY DIFFRACTION	30	E	469 - 496
31	X-RAY DIFFRACTION	31	F	1 - 9
32	X-RAY DIFFRACTION	32	F	10 - 132
33	X-RAY DIFFRACTION	33	F	133 - 266
34	X-RAY DIFFRACTION	34	F	267 - 381
35	X-RAY DIFFRACTION	35	F	382 - 491
36	X-RAY DIFFRACTION	36	F	492 - 496
37	X-RAY DIFFRACTION	37	G	1 - 12
38	X-RAY DIFFRACTION	38	G	13 - 129
39	X-RAY DIFFRACTION	39	G	130 - 314
40	X-RAY DIFFRACTION	40	G	315 - 395
41	X-RAY DIFFRACTION	41	G	396 - 470
42	X-RAY DIFFRACTION	42	G	471 - 496
43	X-RAY DIFFRACTION	43	H	1 - 9
44	X-RAY DIFFRACTION	44	H	10 - 129
45	X-RAY DIFFRACTION	45	H	130 - 316
46	X-RAY DIFFRACTION	46	H	317 - 373
47	X-RAY DIFFRACTION	47	H	374 - 470
48	X-RAY DIFFRACTION	48	H	471 - 496

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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