PDB-4q3m: Crystal structure of MGS-M4, an aldo-keto reductase enzyme from a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4q3m

タイトル

Crystal structure of MGS-M4, an aldo-keto reductase enzyme from a Medee basin deep-sea metagenome library

要素

MGS-M4

キーワード

HYDROLASE / metagenome / metagenomic library / OXIDOREDUCTASE / ALPHA/BETA BARREL / TIM BARREL / UNKNOWN SUBSTRATE

機能・相同性

機能・相同性情報

small molecule metabolic process / :
類似検索 - 分子機能

生物種

unidentified (未定義)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.552 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Xu, X. / Cui, H. / Alcaide, M. / Ferrer, M. / Savchenko, A.

引用

ジャーナル: Environ Microbiol / 年: 2015
タイトル: Pressure adaptation is linked to thermal adaptation in salt-saturated marine habitats.
著者: Alcaide, M. / Stogios, P.J. / Lafraya, A. / Tchigvintsev, A. / Flick, R. / Bargiela, R. / Chernikova, T.N. / Reva, O.N. / Hai, T. / Leggewie, C.C. / Katzke, N. / La Cono, V. / Matesanz, R. / ...

履歴

登録	2014年4月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月18日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4q3m.cif.gz	689.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4q3m.ent.gz	578 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4q3m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4q3m_validation.pdf.gz	476.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4q3m_full_validation.pdf.gz	490.8 KB	表示
XML形式データ	4q3m_validation.xml.gz	65.6 KB	表示
CIF形式データ	4q3m_validation.cif.gz	91.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/4q3m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/4q3m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4q3kC 4q3lC 4q3nC 4q3oC 4fziS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ouk-5 1uzr-2 2rcc-1 2ik2-2 6tp8-1 4m1i-1 2ouk-6 5e5r-2 3l6t-d 4r2u-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (8)

登録構造単位

A: MGS-M4

B: MGS-M4

C: MGS-M4

D: MGS-M4

E: MGS-M4

F: MGS-M4

ヘテロ分子

192 kDa, 6 ポリマー
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1

A: MGS-M4

B: MGS-M4

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
63.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: MGS-M4

D: MGS-M4

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
63.9 kDa, 2 ポリマー
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3

E: MGS-M4

F: MGS-M4

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
63.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	172.469, 172.469, 113.055
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄

#1: タンパク質	MGS-M4 分子量: 31834.264 Da / 分子数: 6 / 断片: MGS-M4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 遺伝子: MGS-M4 / プラスミド: p15-TV LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: A0A0B5KNF6*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 782 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
由来についての詳細	THE SAMPLE WAS EXTRACTED FROM MEDEE BASIN DEEP-SEA AND ANALYZED BY USING METAGENOME LIBRARY TECHNIQUE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.6 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris, 0.2 M ammonium sulphate, 25% PEG3350, TEV protease in 1/20 molar ratio protein:TEV, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年4月10日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→25 Å / Num. obs: 59489 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 19.05
反射シェル	解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.718 / Mean I/σ(I) obs: 3.01 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
StructureStudio		データ収集
PHENIX	(phenix.phaser)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: dev_1538)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4FZI

4fzi

解像度: 2.552→24.579 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	1989	3.35 %
R_work	0.2067	-	-
obs	0.2087	59408	95.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.552→24.579 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13330	0	31	782	14143

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	13650
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.745	18467
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.357	5073
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	2032
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2362

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5517-2.6154	0.3108	144	0.271	4198	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6154-2.6861	0.3026	143	0.2775	4273	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6861-2.765	0.3404	145	0.2589	4258	X-RAY DIFFRACTION	100
2.765-2.8541	0.3321	149	0.2525	4241	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8541-2.956	0.3367	148	0.2445	4263	X-RAY DIFFRACTION	99
2.956-3.0741	0.334	145	0.2519	4243	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0741-3.2137	0.2713	147	0.2386	4156	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2137-3.3828	0.3399	144	0.2337	4168	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3828-3.5941	0.2868	139	0.2133	4020	X-RAY DIFFRACTION	94
3.5941-3.8706	0.2524	136	0.1977	3923	X-RAY DIFFRACTION	92
3.8706-4.2583	0.2075	136	0.171	3887	X-RAY DIFFRACTION	91
4.2583-4.8703	0.223	133	0.1515	3879	X-RAY DIFFRACTION	90
4.8703-6.1204	0.2137	143	0.1793	3998	X-RAY DIFFRACTION	93
6.1204-24.5804	0.2339	137	0.1853	3912	X-RAY DIFFRACTION	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9137	-4.4762	-3.6411	5.9133	2.0256	9.0307	-0.4069	0.1386	0.0922	-0.9182	0.6083	-0.2698	0.7079	0.2566	-0.1933	0.5925	-0.1238	0.0371	0.3945	0.0075	0.4885	17.5478	70.9344	-51.057
2	3.7966	0.6309	-0.346	7.596	0.1685	2.0691	-0.142	0.534	-0.4856	-1.2279	0.2793	-0.4922	0.1076	0.0432	-0.1027	0.6528	-0.106	0.0601	0.4713	-0.0407	0.3245	18.9013	75.3489	-56.5632
3	2.3342	0.3863	0.4294	4.2822	0.0235	1.4499	-0.0503	-0.0025	-0.3111	-0.2783	0.2487	0.0071	0.0304	-0.1192	-0.1968	0.2506	-0.0486	0.0224	0.3364	0.0467	0.3048	16.6778	77.9971	-41.8981
4	2.1517	0.5699	0.6941	8.2576	-0.987	2.1175	0.0326	-0.1247	-0.7546	-0.5067	0.226	-0.0684	0.2956	-0.1881	-0.2461	0.2707	0.0128	-0.0337	0.3478	0.042	0.562	22.3205	68.6261	-37.2746
5	6.0826	-4.3146	2.2773	5.6143	-1.6677	3.1329	0.0528	-0.6403	-0.1713	0.1701	-0.1011	0.1578	-0.2585	-0.3457	0.0712	0.5903	0.0261	-0.0855	0.6435	-0.1529	0.466	35.2908	98.0936	-12.49
6	4.3282	2.1195	0.0463	4.3303	-0.753	2.1401	0.6756	-1.6214	-0.0913	0.799	-0.7237	-0.5767	-0.1514	-0.154	0.0118	0.5738	-0.0696	-0.1083	0.9699	-0.0126	0.4312	33.5033	93.241	-6.3479
7	3.5487	0.7247	0.5205	2.2525	-0.0685	2.8894	0.1342	-0.8521	0.1588	0.2957	-0.0329	-0.1276	-0.4021	-0.4787	-0.1054	0.3384	0.0539	-0.0262	0.4975	-0.0818	0.3993	28.2638	94.8234	-20.3447
8	4.2816	2.3461	0.3208	5.5521	-0.1605	2.5356	0.1566	-0.4234	0.2962	0.2003	-0.0844	-0.2041	-0.3204	0.1536	-0.0948	0.3052	0.0207	0.0228	0.3636	-0.0962	0.4746	38.5419	95.054	-26.259
9	5.9134	1.8955	1.0436	3.5418	4.8539	7.1907	-0.0461	0.875	-0.3228	0.0776	0.2696	-0.1645	0.5236	-0.3705	-0.1745	0.4336	-0.021	-0.0034	0.6144	0.0722	0.3186	-16.2327	70.2919	-13.4543
10	5.9741	1.9481	0.5902	4.2626	-0.0688	1.8528	-0.2143	1.5221	-0.4842	-0.5596	0.3015	0.2472	0.35	-0.2649	-0.0696	0.4627	-0.0135	-0.0327	0.8056	-0.0572	0.3274	-11.4965	71.3042	-18.9931
11	3.388	0.4883	-0.303	3.077	-0.7578	1.6425	0.0241	0.4233	-0.173	-0.0031	0.169	0.1549	-0.0518	-0.1728	-0.1892	0.2328	0.0737	0.0087	0.3168	-0.0043	0.2869	-10.4952	74.4091	-4.3315
12	8.9068	3.5323	1.0686	3.9286	-0.9975	2.2958	0.0183	0.1487	-0.7619	0.0093	0.3189	0.2571	0.0625	-0.2936	-0.3424	0.3562	0.0835	0.0152	0.2764	0.0223	0.4476	-15.7554	64.7615	0.1412
13	3.4844	0.1356	-0.7644	7.015	-0.0364	2.5002	-0.1125	-0.6731	-0.121	0.834	-0.2343	-0.4584	-0.2006	0.8244	0.2365	0.7317	0.0406	-0.2704	0.69	-0.0438	0.4198	15.4525	67.0173	25.6279
14	4.4637	-0.7471	0.1927	2.588	-0.553	1.3664	-0.333	-1.2878	-0.3983	0.8852	0.4285	-0.2717	-0.1238	0.0515	-0.1017	0.8981	0.2195	-0.1741	0.7319	0.0265	0.4438	11.0067	67.018	31.16
15	2.5563	-0.5369	0.1545	2.086	-0.537	2.6961	-0.1359	-0.4123	0.0962	0.6602	0.1472	-0.3352	-0.338	0.1548	-0.0171	0.4922	-0.001	-0.143	0.324	-0.0128	0.3942	9.8115	72.5841	17.3268
16	6.7173	-1.2358	-0.1549	1.9648	-0.2969	2.381	-0.0105	-0.2714	-0.3427	0.252	-0.0146	-0.4292	0.2035	0.4194	0.0268	0.4575	0.0361	-0.1007	0.3415	-0.0134	0.4618	15.1649	63.8328	11.314
17	4.5766	-1.7417	-0.212	2.1913	2.8418	5.1475	0.0672	-0.8265	0.3792	0.2018	0.0829	-0.0695	-0.2118	-0.4055	-0.1897	0.3917	-0.0048	0.0663	0.5255	0.0341	0.3033	-15.8718	29.581	22.4515
18	4.5305	-0.1384	0.2698	2.5082	-0.2919	1.1499	0.1033	-1.4353	0.5742	0.359	0.0766	0.2994	-0.1675	-0.1549	-0.1257	0.363	-0.0269	0.0528	0.6561	-0.0654	0.2966	-11.6045	28.3263	27.9599
19	3.6674	-0.5732	0.474	3.0067	-0.8492	1.9122	0.0274	-0.3299	0.0352	0.0803	0.1441	0.3432	0.0347	-0.2355	-0.1587	0.2209	-0.0533	0.0063	0.2608	-0.0061	0.2536	-10.4572	25.1692	13.2848
20	6.8332	-1.894	-0.1411	2.4259	-0.6295	2.1117	-0.0463	-0.3753	0.5176	-0.1652	0.2755	0.318	-0.2028	-0.3202	-0.2117	0.3644	-0.0461	-0.0124	0.251	0.0389	0.4535	-15.7386	34.8095	8.7073
21	6.4532	2.9113	0.1471	5.4818	1.323	3.6554	-0.6185	0.7736	0.4917	-0.8768	0.1816	-1.1023	0.3508	0.329	0.3122	0.5778	-0.1324	0.2461	0.5528	-0.0452	0.3619	15.6237	32.5815	-16.5606
22	4.2283	0.2868	0.2768	1.9817	0.146	1.5695	-0.246	0.659	0.4485	-0.6341	0.3932	-0.185	-0.0371	-0.0525	-0.1402	0.7142	-0.1631	0.1147	0.6108	0.1074	0.3993	9.7803	32.7557	-21.631
23	3.5024	0.91	-0.107	2.2566	-0.4795	2.6482	-0.1858	0.4104	-0.0304	-0.5763	0.2348	-0.1788	0.4612	0.1735	-0.0543	0.4729	0.0099	0.0961	0.2396	-0.0002	0.3014	9.8519	26.9668	-8.3345
24	4.1622	1.5088	-0.1578	3.2993	-0.0774	2.9436	-0.0748	0.1773	0.4972	-0.4459	0.0961	-0.3503	0.1054	0.5002	-0.0104	0.3173	-0.0115	0.0884	0.2753	-0.0146	0.3832	15.125	35.8158	-2.39

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 2:29 )	A	2 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 30:85 )	A	30 - 85
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 86:223 )	A	86 - 223
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 224:274 )	A	224 - 274
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 2:29 )	B	2 - 29
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 30:85 )	B	30 - 85
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 86:223 )	B	86 - 223
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 224:274 )	B	224 - 274
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN C AND RESID 2:29 )	C	2 - 29
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN C AND RESID 30:85 )	C	30 - 85
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN C AND RESID 86:223 )	C	86 - 223
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN C AND RESID 224:274 )	C	224 - 274
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN D AND RESID 2:29 )	D	2 - 29
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN D AND RESID 30:85 )	D	30 - 85
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN D AND RESID 86:223 )	D	86 - 223
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN D AND RESID 224:274 )	D	224 - 274
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN E AND RESID 3:29 )	E	3 - 29
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN E AND RESID 30:85 )	E	30 - 85
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN E AND RESID 86:223 )	E	86 - 223
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN E AND RESID 224:274 )	E	224 - 274
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN F AND RESID 2:29 )	F	2 - 29
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN F AND RESID 30:85 )	F	30 - 85
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN F AND RESID 86:223 )	F	86 - 223
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN F AND RESID 224:274 )	F	224 - 274

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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