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Yorodumi- PDB-4q3o: Crystal structure of MGS-MT1, an alpha/beta hydrolase enzyme from... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4q3o | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of MGS-MT1, an alpha/beta hydrolase enzyme from a Lake Matapan deep-sea metagenome library | ||||||
Components | MGS-MT1 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / metagenome / metagenomic library / alpha and beta proteins / alpha/beta hydrolase superfamily / esterase/lipase fold | ||||||
| Function / homology | Function and homology information | ||||||
| Biological species | unidentified (others) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.74 Å | ||||||
Authors | Stogios, P.J. / Xu, X. / Cui, H. / Alcaide, M. / Ferrer, M. / Savchenko, A. | ||||||
Citation | Journal: Environ Microbiol / Year: 2015Title: Pressure adaptation is linked to thermal adaptation in salt-saturated marine habitats. Authors: Alcaide, M. / Stogios, P.J. / Lafraya, A. / Tchigvintsev, A. / Flick, R. / Bargiela, R. / Chernikova, T.N. / Reva, O.N. / Hai, T. / Leggewie, C.C. / Katzke, N. / La Cono, V. / Matesanz, R. / ...Authors: Alcaide, M. / Stogios, P.J. / Lafraya, A. / Tchigvintsev, A. / Flick, R. / Bargiela, R. / Chernikova, T.N. / Reva, O.N. / Hai, T. / Leggewie, C.C. / Katzke, N. / La Cono, V. / Matesanz, R. / Jebbar, M. / Jaeger, K.E. / Yakimov, M.M. / Yakunin, A.F. / Golyshin, P.N. / Golyshina, O.V. / Savchenko, A. / Ferrer, M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4q3o.cif.gz | 1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4q3o.ent.gz | 868 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4q3o.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4q3o_validation.pdf.gz | 535.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4q3o_full_validation.pdf.gz | 564.2 KB | Display | |
| Data in XML | 4q3o_validation.xml.gz | 125.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 4q3o_validation.cif.gz | 189.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/4q3o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/4q3o | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4q3kC ![]() 4q3lC ![]() 4q3mC ![]() 4q3nC ![]() 3fakS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
| #1: Protein | Mass: 38439.945 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: MGS-MT1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) unidentified (others) / Gene: MGS-MT1 / Plasmid: p15Tv-LIC / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Chemical | ChemComp-MES / #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Water | ChemComp-HOH / | Source details | The sample has been obtained from Lake Matapan deep-sea and identified using the technique metagenome library | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.4 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 0.1M MES, 20% PEG10K. Cryroprotectant: 12% Glycerol then paraton-N oil, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å |
| Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jun 10, 2013 |
| Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.74→19.72 Å / Num. obs: 272067 / Observed criterion σ(F): -2 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 21.3 |
| Reflection shell | Resolution: 1.74→1.83 Å / Redundancy: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.392 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB entry 3FAK Resolution: 1.74→19.72 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / Phase error: 18.2 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.74→19.72 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
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