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- PDB-4q3m: Crystal structure of MGS-M4, an aldo-keto reductase enzyme from a... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4q3m | ||||||
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Title | Crystal structure of MGS-M4, an aldo-keto reductase enzyme from a Medee basin deep-sea metagenome library | ||||||
![]() | MGS-M4 | ||||||
![]() | HYDROLASE / metagenome / metagenomic library / OXIDOREDUCTASE / ALPHA/BETA BARREL / TIM BARREL / UNKNOWN SUBSTRATE | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | unidentified (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stogios, P.J. / Xu, X. / Cui, H. / Alcaide, M. / Ferrer, M. / Savchenko, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Pressure adaptation is linked to thermal adaptation in salt-saturated marine habitats. Authors: Alcaide, M. / Stogios, P.J. / Lafraya, A. / Tchigvintsev, A. / Flick, R. / Bargiela, R. / Chernikova, T.N. / Reva, O.N. / Hai, T. / Leggewie, C.C. / Katzke, N. / La Cono, V. / Matesanz, R. / ...Authors: Alcaide, M. / Stogios, P.J. / Lafraya, A. / Tchigvintsev, A. / Flick, R. / Bargiela, R. / Chernikova, T.N. / Reva, O.N. / Hai, T. / Leggewie, C.C. / Katzke, N. / La Cono, V. / Matesanz, R. / Jebbar, M. / Jaeger, K.E. / Yakimov, M.M. / Yakunin, A.F. / Golyshin, P.N. / Golyshina, O.V. / Savchenko, A. / Ferrer, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 578 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 476.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 490.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 65.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 91.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4q3kC ![]() 4q3lC ![]() 4q3nC ![]() 4q3oC ![]() 4fziS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 31834.264 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: MGS-M4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) unidentified (others) / Gene: MGS-M4 / Plasmid: p15-TV LIC / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-NA / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Source details | THE SAMPLE WAS EXTRACTED FROM MEDEE BASIN DEEP-SEA AND ANALYZED BY USING METAGENOME | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 0.1 M Tris, 0.2 M ammonium sulphate, 25% PEG3350, TEV protease in 1/20 molar ratio protein:TEV, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Apr 10, 2013 |
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.55→25 Å / Num. obs: 59489 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 19.05 |
Reflection shell | Resolution: 2.55→2.59 Å / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.718 / Mean I/σ(I) obs: 3.01 / % possible all: 99.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4FZI Resolution: 2.552→24.579 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.49 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.552→24.579 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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