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- PDB-4q3n: Crystal structure of MGS-M5, a lactate dehydrogenase enzyme from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q3n
タイトルCrystal structure of MGS-M5, a lactate dehydrogenase enzyme from a Medee basin deep-sea metagenome library
要素MGS-M5
キーワードHYDROLASE / metagenome / metagenomic library / ROSSMANN FOLD / DEHYDROGENASE / OXIDOREDUCTASE / L-LACTATE DEHYDROGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase activity / glycolytic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain ...L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / TRIETHYLENE GLYCOL / L-lactate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種unidentified (未定義)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Xu, X. / Cui, H. / Alcaide, M. / Ferrer, M. / Savchenko, A.
引用ジャーナル: Environ Microbiol / 年: 2015
タイトル: Pressure adaptation is linked to thermal adaptation in salt-saturated marine habitats.
著者: Alcaide, M. / Stogios, P.J. / Lafraya, A. / Tchigvintsev, A. / Flick, R. / Bargiela, R. / Chernikova, T.N. / Reva, O.N. / Hai, T. / Leggewie, C.C. / Katzke, N. / La Cono, V. / Matesanz, R. / ...著者: Alcaide, M. / Stogios, P.J. / Lafraya, A. / Tchigvintsev, A. / Flick, R. / Bargiela, R. / Chernikova, T.N. / Reva, O.N. / Hai, T. / Leggewie, C.C. / Katzke, N. / La Cono, V. / Matesanz, R. / Jebbar, M. / Jaeger, K.E. / Yakimov, M.M. / Yakunin, A.F. / Golyshin, P.N. / Golyshina, O.V. / Savchenko, A. / Ferrer, M.
履歴
登録2014年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月18日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MGS-M5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,14918
ポリマ－34,8181
非ポリマー1,33117
水6,359353
1
A: MGS-M5
ヘテロ分子

A: MGS-M5
ヘテロ分子

A: MGS-M5
ヘテロ分子

A: MGS-M5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,59672
ポリマ－139,2714
非ポリマー5,32468
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_454y-1/2,x+1/2,-z-1/21
crystal symmetry operation10_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation16_554-y+1/2,-x+1/2,-z-1/21
Buried area31130 Å2
ΔGint-170 kcal/mol
Surface area42770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.818, 92.818, 203.804
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-693-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 MGS-M5


分子量: 34817.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 遺伝子: MGS-M5 / プラスミド: p15-TV LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: A0A0B5KUB4*PLUS

-
非ポリマー , 7種, 370分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

由来についての詳細THE SAMPLE HAS BEEN OBTAINED FROM LAKE MATAPAN DEEP-SEA AND IDENTIFIED USING THE TECHNIQUE METAGENOME LIBRARY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.97 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M calcium acetate, 9% PEG 8K, trypsin in 1/70 molar ratio protein:trypsin cryoprotectant: 12% glycerol then paratone, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年11月6日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→35 Å / Num. obs: 31973 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 45.3
反射 シェル解像度: 1.97→2 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 5.31 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
PHENIX(phenix.phaser)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1538)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1LDN

1ldn


解像度: 1.97→34.31 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1838 1998 6.25 %
Rwork0.1453 --
obs0.1476 31945 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→34.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2443 0 85 353 2881
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0172617
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4893528
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.276993
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.092397
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008453
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9687-2.01790.2921410.21182116X-RAY DIFFRACTION100
2.0179-2.07250.2231390.18832085X-RAY DIFFRACTION100
2.0725-2.13340.21071400.17332101X-RAY DIFFRACTION100
2.1334-2.20230.19511410.15422122X-RAY DIFFRACTION100
2.2023-2.2810.20241410.1582098X-RAY DIFFRACTION100
2.281-2.37230.19561410.15092117X-RAY DIFFRACTION100
2.3723-2.48020.19911410.14792112X-RAY DIFFRACTION100
2.4802-2.61090.19521420.14972125X-RAY DIFFRACTION100
2.6109-2.77450.20061420.1482118X-RAY DIFFRACTION100
2.7745-2.98860.17111420.14332156X-RAY DIFFRACTION100
2.9886-3.28910.17721440.14512149X-RAY DIFFRACTION100
3.2891-3.76450.18611430.12982151X-RAY DIFFRACTION100
3.7645-4.74090.15011470.11772189X-RAY DIFFRACTION100
4.7409-34.31490.17791540.15722308X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0666-0.0399-0.29643.6776-0.93492.5988-0.0375-0.2401-0.12040.29190.0760.1630.1893-0.1125-0.06180.1909-0.04880.01410.23230.00880.2141-9.078737.9186-31.9811
24.36661.0144-1.40661.1957-0.51441.6402-0.0485-0.3375-0.19520.09750.03040.07180.22020.09040.01870.2663-0.0162-0.02170.19150.01140.21085.695826.8371-35.1486
31.5402-0.24490.10241.2038-0.06821.7391-0.0264-0.1417-0.22080.06810.0427-0.0460.30820.244-0.01870.28110.0038-0.00940.22180.03190.226411.36725.564-36.0861
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resi 1:92
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resi 93:194
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resi 195:314

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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