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Yorodumi- PDB-4bgv: 1.8 A resolution structure of the malate dehydrogenase from Picro... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4bgv | ||||||
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Title | 1.8 A resolution structure of the malate dehydrogenase from Picrophilus torridus in its apo form | ||||||
Components | MALATE DEHYDROGENASE | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / HYPERACIDOPHILE / TRICARBOXYLIC ACID CYCLE | ||||||
Function / homology | Function and homology information malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / carboxylic acid metabolic process / tricarboxylic acid cycle / carbohydrate metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | PICROPHILUS TORRIDUS (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.811 Å | ||||||
Authors | Talon, R. / Madern, D. / Girard, E. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Insight Into Structural Evolution of Extremophilic Proteins Authors: Talon, R. / Girard, E. / Franzetti, B. / Madern, D. #1: Journal: Mol.Biol.Evol. / Year: 2012 Title: Sampling the Conformational Energy Landscape of a Hyperthermophilic Protein by Engineering Key Substitutions. Authors: Colletier, J. / Aleksandrov, A. / Coquelle, N. / Mraihi, S. / Mendoza-Barbera, E. / Field, M. / Madern, D. #2: Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2010 Title: Gradual Adaptive Changes of a Protein Facing High Salt Concentrations. Authors: Coquelle, N. / Talon, R. / Juers, D.H. / Girard, E. / Kahn, R. / Madern, D. #3: Journal: J.Synchrotron Radia. / Year: 2007 Title: Specific Radiation Damage to Acidic Residues and its Relation to Their Chemical and Structural Environment. Authors: Fioravanti, E. / Vellieux, F.M.D. / Amara, P. / Madern, D. / Weik, M. #4: Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2003 Title: The Oligomeric States of Haloarcula Marismortui Malate Dehydrogenase are Modulated by Solvent Components as Shown by Crystallographic and Biochemical Studies. Authors: Irimia, A. / Ebel, C. / Madern, D. / Richard, S.B. / Cosenza, L.W. / Zaccai, G. / Vellieux, F.M.D. #5: Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2002 Title: Gd-Hpdo3A, a Complex to Obtain High-Phasing-Power Heavy-Atom Derivatives for Sad and MAD Experiments: Results with Tetragonal Hen Egg-White Lysozyme. Authors: Girard, E. / Chantalat, L. / Vicat, J. / Kahn, R. #6: Journal: J.Synchrotron.Radiat. / Year: 2011 Title: Using Lanthanoid Complexes to Phase Large Macromolecular Assemblies. Authors: Talon, R. / Kahn, R. / Dura, M.A. / Maury, O. / Vellieux, F.M.D. / Franzetti, B. / Girard, E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4bgv.cif.gz | 522.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4bgv.ent.gz | 433 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4bgv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/4bgv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/4bgv | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 35125.238 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) PICROPHILUS TORRIDUS (archaea) Description: COMPLETE GENE WAS SYNTHESIZED BY GENECUST EUROPE COMPANY Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q6L0C3, malate dehydrogenase #2: Chemical | ChemComp-PEG / #3: Chemical | ChemComp-CIT / | #4: Chemical | ChemComp-PG6 / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | DUE TO THE PROTEIN PRODUCTION | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46 % Description: AVERAGE RPIM VALUE IS 3.6 FOR THE DATA SET, 21.1 FOR THE HIGHEST RESOLUTION SHELL |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / pH: 3.5 Details: 9-14 % PEG 4000, 0.1 M CITRIC ACID PH 3.5, 293 K, 12-15 DAYS |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM30A / Wavelength: 0.979 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 27, 2010 / Details: TWO MIRRORS |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTALS MONOCHROMATOR / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.81→46.47 Å / Num. obs: 121716 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 15.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 6.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.81→1.91 Å / Redundancy: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 98.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: ONE POLY-ALA MONOMER OF OUR PREVIOUS SIRAS PTMALDH MODEL Resolution: 1.811→46.473 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / Phase error: 15.62 / Stereochemistry target values: ML Details: THE PROTEIN WERE FOUND IN ITS NATIVE HOMOTETRAMERIC STATE INSIDE THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 17.95 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.811→46.473 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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