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- PDB-4bgu: 1.50 A resolution structure of the malate dehydrogenase from Halo... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4bgu | ||||||
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Title | 1.50 A resolution structure of the malate dehydrogenase from Haloferax volcanii | ||||||
![]() | MALATE DEHYDROGENASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / TRICARBOXYLIC ACID CYCLE | ||||||
Function / homology | ![]() malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / carboxylic acid metabolic process / tricarboxylic acid cycle / carbohydrate metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Talon, R. / Madern, D. / Girard, E. | ||||||
![]() | ![]() Title: Insight Into Structural Evolution of Extremophilic Proteins Authors: Talon, R. / Girard, E. / Franzetti, B. / Zaccai, G. / Madern, D. #1: ![]() Title: Sampling the Conformational Energy Landscape of a Hyperthermophilic Protein by Engineering Key Substitutions. Authors: Colletier, J. / Aleksandrov, A. / Coquelle, N. / Mraihi, S. / Mendoza-Barbera, E. / Field, M. / Madern, D. #2: ![]() Title: Gradual Adaptive Changes of a Protein Facing High Salt Concentrations. Authors: Coquelle, N. / Talon, R. / Juers, D.H. / Girard, E. / Kahn, R. / Madern, D. #3: ![]() Title: Specific Radiation Damage to Acidic Residues and its Relation to Their Chemical and Structural Environment. Authors: Fioravanti, E. / Vellieux, F.M.D. / Amara, P. / Madern, D. / Weik, M. #4: ![]() Title: The Oligomeric States of Haloarcula Marismortui Malate Dehydrogenase are Modulated by Solvent Components as Shown by Crystallographic and Biochemical Studies. Authors: Irimia, A. / Ebel, C. / Madern, D. / Richard, S.B. / Cosenza, L.W. / Zaccai, G. / Vellieux, F.M.D. #5: ![]() Title: Gd-Hpdo3A, a Complex to Obtain High-Phasing-Power Heavy-Atom Derivatives for Sad and MAD Experiments: Results with Tetragonal Hen Egg-White Lysozyme. Authors: Girard, E. / Chantalat, L. / Vicat, J. / Kahn, R. #6: Journal: J.Synchrotron.Radiat. / Year: 2011 Title: Using Lanthanoid Complexes to Phase Large Macromolecular Assemblies. Authors: Talon, R. / Kahn, R. / Dura, M.A. / Maury, O. / Vellieux, F.M.D. / Franzetti, B. / Girard, E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 430.3 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 964.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 981.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 67.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 103 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 32551.703 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically Details: COMPLETE GENE WAS SYNTHESIZED BY GENECUST EUROPE COMPANY Source: (synth.) ![]() |
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-Non-polymers , 8 types, 1918 molecules ![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
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![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/P33.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-K / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-P33 / | #8: Chemical | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | DUE TO THE PROTEIN PRODUCTION |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 40 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / pH: 8 Details: 31-36% PEG 400, 0.1 M TRIS HCL PH 8.0, 0.1 M MGCL2, 293 K, 2-4 DAYS |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 23, 2011 / Details: TWO MIRRORS |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTALS MONOCHROMATOR / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.49→48.34 Å / Num. obs: 205562 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 12.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 21.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.49→1.58 Å / Redundancy: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 99.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: NONE Resolution: 1.487→48.479 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.34 / Phase error: 17.47 / Stereochemistry target values: ML Details: THE PROTEIN WERE FOUND IN ITS NATIVE HOMOTETRAMERIC STATE INSIDE THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 14.24 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.487→48.479 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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