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Yorodumi- PDB-4jco: 1.7 A resolution structure of wild type malate dehydrogenase from... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4jco | ||||||
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Title | 1.7 A resolution structure of wild type malate dehydrogenase from haloarcula marismortui | ||||||
Components | Malate dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / HALOPHILE / MALATE DEHYDROGENASE TRICARBOXYLIC ACID CYCLE | ||||||
Function / homology | Function and homology information malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase activity / carboxylic acid metabolic process / tricarboxylic acid cycle / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Haloarcula marismortui (Halophile) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER, DIFFERENCE FOURIER / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Vellieux, F.M.D. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: 1.7 A resolution structure of wild type malate dehydrogenase from haloarcula marismortui Authors: Vellieux, F.M.D. #1: Journal: J Synchrotron Radiat / Year: 2007 Title: Specific radiation damage to acidic residues and its relation to their chemical and structural environment. Authors: Fioravanti, E. / Vellieux, F.M. / Amara, P. / Madern, D. / Weik, M. #2: Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2003 Title: The Oligomeric states of Haloarcula marismortui malate dehydrogenase are modulated by solvent components as shown by crystallographic and biochemical studies. Authors: Irimia, A. / Ebel, C. / Madern, D. / Richard, S.B. / Cosenza, L.W. / Zaccai, G. / Vellieux, F.M. #3: Journal: Biochemistry / Year: 2000 Title: Halophilic adaptation: novel solvent protein interactions observed in the 2.9 and 2.6 A resolution structures of the wild type and a mutant of malate dehydrogenase from Haloarcula marismortui. Authors: Richard, S.B. / Madern, D. / Garcin, E. / Zaccai, G. #4: Journal: Science / Year: 1995 Title: Structural features that stabilize halophilic malate dehydrogenase from an archaebacterium. Authors: Dym, O. / Mevarech, M. / Sussman, J.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4jco.cif.gz | 506.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4jco.ent.gz | 416.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4jco.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/4jco ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/4jco | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2j5kS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32837.727 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Haloarcula marismortui (Halophile) / Strain: HMS174 / Gene: mdh, rrnAC2706 / Plasmid: PET11A / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q07841, malate dehydrogenase #2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Chemical | ChemComp-NA / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.41 Å3/Da / Density % sol: 63.91 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 58% MPD, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.939 |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Feb 25, 2005 / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: SILICON (1 1 1) CHANNEL-CUT / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.939 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→123.792 Å / Num. obs: 192220 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.79 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 8.52 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.74 Å / Redundancy: 3.79 % / Rmerge(I) obs: 1.224 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER, DIFFERENCE FOURIER Starting model: PDB ENTRY 2J5K Resolution: 1.7→42.964 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.99 / Phase error: 28.35 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→42.964 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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