PDB-2x0r: R207S, R292S Mutant of Malate Dehydrogenase from the Halophilic A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x0r

タイトル

R207S, R292S Mutant of Malate Dehydrogenase from the Halophilic Archeon Haloarcula marismortui (HoloForm)

要素

MALATE DEHYDROGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / PROTEIN-SOLVENT INTERACTION / HAOPHILIC / ION-BINDING / TRICARBOXYLIC ACID CYCLE

機能・相同性

機能・相同性情報

malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / lactate metabolic process / pyruvate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.915 Å

データ登録者

Irimia, A. / Ebel, C. / Vellieux, F.M.D. / Richard, S.B. / Cosenza, L.W. / Zaccai, G. / Madern, D.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: The Oligomeric States of Haloarcula Marismortui Malate Dehydrogenase are Modulated by Solvent Components as Shown by Crystallographic and Biochemical Studies
著者: Irimia, A. / Ebel, C. / Madern, D. / Richard, S.B. / Cosenza, L.W. / Zaccai, G. / Vellieux, F.M.D.

履歴

登録	2009年12月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2009年12月29日	ID: 1GT2
改定 1.0	2009年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年6月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / struct / Item: _citation.page_last / _struct.title
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x0r.cif.gz	249 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x0r.ent.gz	201.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x0r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2x0r_validation.pdf.gz	1001.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2x0r_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	2x0r_validation.xml.gz	28.3 KB	表示
CIF形式データ	2x0r_validation.cif.gz	37.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/2x0r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/2x0r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1o6zC 2hlpS 1d3a 1hlp 2j5k 2j5q 2j5r S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2hlp-1 1o6z-d 2j5q-d 1d3a-1 4jco-d 2j5k-d 4aj4-d 5w8j-d 4ply-1 3pqd-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (7) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (7) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (6)

登録構造単位

A: MALATE DEHYDROGENASE

B: MALATE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

67 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MALATE DEHYDROGENASE

B: MALATE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

A: MALATE DEHYDROGENASE

B: MALATE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
134 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.360, 125.910, 125.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	MALATE DEHYDROGENASE 分子量: 32697.496 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / プラスミド: PET11A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3) / 参照: UniProt: Q07841, malate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 188 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 267 TO SER ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 188 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 267 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 188 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 267 TO SER
配列の詳細	R207S,R292S MUTANT

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 63 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.6 / 詳細: 2 M NACL, 25 MM TRIS PH 7.6, 2.5 MM NADH, 50% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 103 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: NONIUS / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年3月21日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.91→44.72 Å / Num. obs: 20001 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.03 % / B_iso Wilson estimate: 35.33 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 2.9→3.01 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 93.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
BIOMOL		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2HLP

2hlp

解像度: 2.915→44.504 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 26.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2864	964	4.8 %
R_work	0.1839	-	-
obs	0.1888	19986	98.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 28.2 Å² / k_sol: 0.31 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.06 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.8083 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	8.7394 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.2192 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.915→44.504 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4582	0	97	120	4799

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4780
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.401	6517
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.887	1813
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.117	727
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	883

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9152-3.0688	0.3772	137	0.2519	2646	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0688-3.2611	0.3744	127	0.2396	2686	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2611-3.5128	0.3341	136	0.2016	2699	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5128-3.8661	0.2911	138	0.1747	2698	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8661-4.4251	0.25	124	0.1346	2707	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4251-5.5734	0.2162	145	0.1402	2769	X-RAY DIFFRACTION	99
5.5734-44.5087	0.2707	157	0.1852	2817	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3341	-0.1449	-0.4399	1.5626	-0.6264	0.5593	-0.2444	-0.1908	-0.2266	0.0343	0.0207	-0.2676	0.1066	0.0419	0.2372	0.0687	0.0428	0.046	-0.0175	0.0852	0.0735	18.3442	16.9093	30.3643
2	0.6421	0.3075	0.3465	0.166	0.26	0.6633	-0.1196	-0.0083	-0.4185	0.4157	0.2648	0.0142	0.0417	0.129	-0.097	0.3236	0.1099	0.2218	0.0618	-0.0095	0.2968	22.6482	10.2634	13.2445
3	0.778	-0.7535	0.3235	1.1256	-0.0482	0.7362	-0.1658	0.2342	-0.262	0.1321	-0.0247	0.1652	-0.1063	0.136	0.1379	0.1605	-0.0454	0.1503	0.1985	-0.0187	0.1847	10.8266	18.8061	10.4639
4	0.6786	-0.455	-0.4898	0.8036	0.1456	0.4223	-0.2329	0.0907	0.12	0.0957	0.1775	-0.1792	0.166	-0.0339	0.0528	0.2199	-0.0826	0.0477	0.0501	-0.0177	0.1009	6.6727	32.7441	4.1434
5	0.152	-0.188	0.229	0.2264	-0.3537	0.5838	-0.2059	0.0947	-0.0242	-0.1436	-0.0563	-0.1707	0.1418	0.0741	0.126	0.1001	-0.0116	0.1457	0.001	-0.1251	0.0885	8.3153	17.1615	7.7704
6	0.0885	-0.0568	-0.0335	0.0456	0.0072	0.0337	-0.1529	0.1544	0.1385	-0.0501	-0.1075	-0.0508	-0.081	0.0082	0.1511	0.232	-0.284	-0.0099	-0.1134	0.1963	0.1945	16.5314	41.6725	22.8491
7	0.1663	-0.1749	-0.2327	0.6389	0.3263	0.3399	0.0201	-0.097	-0.0978	-0.0259	0.0912	0.0563	0.1189	0.1477	-0.0983	0.1669	0.1453	0.0492	0.1966	0.0429	0.4266	37.6265	39.4874	36.6601
8	1.4203	0.4962	0.6103	0.3185	0.295	0.5571	-0.286	0.1831	-0.0238	-0.0846	0.1352	-0.0046	-0.3716	0.1566	0.1859	0.2251	-0.1473	-0.1079	0.0961	0.0765	0.149	23.8476	50.0364	38.0587
9	0.7278	0.1291	-0.0855	0.1013	0.1217	0.245	-0.2325	-0.0453	0.2154	0.0963	0.1144	0.0231	0.0693	0.0489	0.1011	0.1187	0.0162	-0.0182	0.095	0.0186	0.1528	16.4447	26.5067	49.8343
10	0.4359	0.0929	-0.0568	0.1171	-0.1535	0.4907	-0.2603	-0.1062	-0.1736	0.0554	-0.0461	-0.2308	-0.053	0.3183	0.1846	-0.0795	0.075	-0.1934	0.2565	0.1219	-0.0295	20.2115	37.5421	48.4033

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 22:97)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 98:143)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 144:180)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 181:239)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 240:330)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 22:97)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 98:109)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 110:167)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 168:211)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 212:330)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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