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- PDB-1ldn: STRUCTURE OF A TERNARY COMPLEX OF AN ALLOSTERIC LACTATE DEHYDROGE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ldn
タイトルSTRUCTURE OF A TERNARY COMPLEX OF AN ALLOSTERIC LACTATE DEHYDROGENASE FROM BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION
要素L-LACTATE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE(CHOH(D)-NAD(A))
機能・相同性
機能・相同性情報


L-lactate dehydrogenase / lactate metabolic process / L-lactate dehydrogenase activity / glycolytic process / NAD binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain ...L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / OXAMIC ACID / L-lactate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wigley, D.B. / Gamblin, S.J. / Turkenburg, J.P. / Dodson, E.J. / Piontek, K. / Muirhead, H. / Holbrook, J.J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Structure of a ternary complex of an allosteric lactate dehydrogenase from Bacillus stearothermophilus at 2.5 A resolution.
著者: Wigley, D.B. / Gamblin, S.J. / Turkenburg, J.P. / Dodson, E.J. / Piontek, K. / Muirhead, H. / Holbrook, J.J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Crystallization of a Ternary Complex of Lactate Dehydrogenase from Bacillus Stearothermophilus
著者: Wigley, D.B. / Muirhead, H. / Gamblin, S.J. / Holbrook, J.J.
#2: ジャーナル: Gene / 年: 1986
タイトル: Cloning, Expression and Complete Nucleotide Sequence of the Bacillus Stearothermophilus L-Lactate Dehydrogenase Gene
著者: Barstow, D.A. / Clarke, A.R. / Chia, W.N. / Wigley, D.B. / Sharman, A.F. / Holbrook, J.J. / Atkinson, T. / Minton, N.P.
履歴
登録1991年11月19日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-LACTATE DEHYDROGENASE
B: L-LACTATE DEHYDROGENASE
C: L-LACTATE DEHYDROGENASE
D: L-LACTATE DEHYDROGENASE
E: L-LACTATE DEHYDROGENASE
F: L-LACTATE DEHYDROGENASE
G: L-LACTATE DEHYDROGENASE
H: L-LACTATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)285,34428
ポリマ－277,9648
非ポリマー7,38020
水10,305572
1
A: L-LACTATE DEHYDROGENASE
B: L-LACTATE DEHYDROGENASE
C: L-LACTATE DEHYDROGENASE
D: L-LACTATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,67214
ポリマ－138,9824
非ポリマー3,69010
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21460 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area38700 Å2
手法PISA
2
E: L-LACTATE DEHYDROGENASE
F: L-LACTATE DEHYDROGENASE
G: L-LACTATE DEHYDROGENASE
H: L-LACTATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,67214
ポリマ－138,9824
非ポリマー3,69010
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21270 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area38540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.900, 118.200, 135.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.07, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: RESIDUE PRO 139 OF EACH CHAIN IS A CIS PROLINE.
詳細THE COORDINATES OF ALL EIGHT MOLECULES OF THE ASYMMETRIC UNIT ARE PROVIDED BELOW BECAUSE OF THE REAL DIFFERENCES BETWEEN THEM DUE TO CRYSTAL CONTACTS.

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要素

#1: タンパク質
L-LACTATE DEHYDROGENASE


分子量: 34745.527 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
参照: UniProt: P00344, L-lactate dehydrogenase
#2: 糖
ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14O12P2
識別子タイププログラム
b-D-Fruf1PO36PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物
ChemComp-OXM / OXAMIC ACID / オキサミド酸


分子量: 89.050 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3NO3
#4: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 572 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE ENZYME WAS COCRYSTALLIZED IN THE PRESENCE OF THE COENZYME NADH AND THE ACTIVATOR FBP. THE NADH ...THE ENZYME WAS COCRYSTALLIZED IN THE PRESENCE OF THE COENZYME NADH AND THE ACTIVATOR FBP. THE NADH MOLECULE IS SITUATED AT THE LDH COENZYME BINDING SITE. ONE FBP MOLECULE BINDS ACROSS THE P-AXIS. THE P-AXIS INTERSECTS THE ACTIVATOR MOLECULE GIVING RISE TO A STATISTICAL DISORDER (OCCUPANCY 0.5) AS FBP HAS ONLY PSEUDO-TWO-FOLD SYMMETRY.
非ポリマーの詳細BECAUSE OF THE STATISTICAL DISORDER, TWO FBP MOLECULES WITH OCCUPANCIES OF 0.5 MODELLED WITH TWO ...BECAUSE OF THE STATISTICAL DISORDER, TWO FBP MOLECULES WITH OCCUPANCIES OF 0.5 MODELLED WITH TWO ALTERNATE LOCATIONS ARE INCLUDED AT EACH SITE.
配列の詳細THE RESIDUES IN THIS ENTRY ARE NUMBERED SEQUENTIALLY FROM 15 - 331. SEE C.ABAD-ZAPATERO,J.P. ...THE RESIDUES IN THIS ENTRY ARE NUMBERED SEQUENTIALLY FROM 15 - 331. SEE C.ABAD-ZAPATERO,J.P.GRIFFITH,J.L.SUSSMAN, M.G.ROSSMANN, J.MOL.BIOL., V. 198, P. 445 (1987) FOR AN EXPLANATION OF THE NUMBERING SYSTEM USED IN EARLIER LDH ENTRIES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.42 %
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: taken from Wigley, B., et al. (1988). J. Mol. Biol., 204, 1041-1044.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein1drop
212 %PEG60001dropor PEG8000
310 mMtrisethanolamine1drop

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 62506 / Num. measured all: 99326 / Rmerge(I) obs: 0.097

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
PROLSQ精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor obs: 0.157 / 最高解像度: 2.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19584 0 560 572 20716
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0110.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0450.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0540.06
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.010.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1150.12
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2330.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2960.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.2640.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor1.85
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor23.515
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor3320
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 10 Å / Rfactor obs: 0.157
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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