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万見
- PDB-4pub: Crystal structure of Fab DX-2930 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pub
タイトルCrystal structure of Fab DX-2930
要素
  • DX-2930 HEAVY CHAIN
  • DX-2930 LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / FAB / ANTIBODY / KALLIKREIN / BLOOD / PLASMA / PLASMA KALLIKREIN-MEDIATED EDEMA / ACUTE HEREDITARY ANGIOEDEMA / HAE
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / adaptive immune response / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig-like domain-containing protein / IgG H chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Nixon, A. / Ladner, R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Inhibition of plasma kallikrein by a highly specific active site blocking antibody.
著者: Kenniston, J.A. / Faucette, R.R. / Martik, D. / Comeau, S.R. / Lindberg, A.P. / Kopacz, K.J. / Conley, G.P. / Chen, J. / Viswanathan, M. / Kastrapeli, N. / Cosic, J. / Mason, S. / DiLeo, M. / ...著者: Kenniston, J.A. / Faucette, R.R. / Martik, D. / Comeau, S.R. / Lindberg, A.P. / Kopacz, K.J. / Conley, G.P. / Chen, J. / Viswanathan, M. / Kastrapeli, N. / Cosic, J. / Mason, S. / DiLeo, M. / Abendroth, J. / Kuzmic, P. / Ladner, R.C. / Edwards, T.E. / TenHoor, C. / Adelman, B.A. / Nixon, A.E. / Sexton, D.J.
履歴
登録2014年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月10日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: DX-2930 HEAVY CHAIN
L: DX-2930 LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5213
ポリマ－47,4852
非ポリマー351
水8,629479
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3690 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area19100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.930, 60.540, 150.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 DX-2930 HEAVY CHAIN


分子量: 24039.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S6C4R2*PLUS
#2: 抗体 DX-2930 LIGHT CHAIN


分子量: 23446.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Z3Y4*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: FAB DX-2930 AT 268 UM OR 12.7 MG/ML AGAINST JCSG SCREEN CONDITION H3 AND ADDITIVE SCREEN 25% PEG-3350, 0.1 M BISTRIS PH 5.5, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 4.5, 3% V/V DMSO, SUPPLEMENTED WITH 15% ...詳細: FAB DX-2930 AT 268 UM OR 12.7 MG/ML AGAINST JCSG SCREEN CONDITION H3 AND ADDITIVE SCREEN 25% PEG-3350, 0.1 M BISTRIS PH 5.5, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 4.5, 3% V/V DMSO, SUPPLEMENTED WITH 15% V/V ETHYLENE GLYCOL AS CRYO-PROTECTANT, PUCK ID TOZ7-6, CRYSTAL TRACKING ID 243341C6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97982 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97982 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 43347 / Num. obs: 42967 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 26.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 22.43
反射 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 3.78 / Num. measured obs: 2826 / Num. unique obs: 560 / % possible all: 99.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å19.74 Å
Translation3.5 Å19.74 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4OGX

4ogx


解像度: 1.75→39.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / WRfactor Rfree: 0.2052 / WRfactor Rwork: 0.1654 / FOM work R set: 0.8727 / SU B: 4.575 / SU ML: 0.077 / SU R Cruickshank DPI: 0.1155 / SU Rfree: 0.1149 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 2167 5.1 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.174 42901 99.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 63.67 Å2 / Biso mean: 22.06 Å2 / Biso min: 11.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.43 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.59 Å2-0 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→39.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3154 0 1 479 3634
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.023278
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022982
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5941.954489
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8223.0036877
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9545439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.3224.098122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.61915503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2051514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2515
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213767
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02739
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3511.3281711
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3451.3261710
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2581.9762135
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 160 -
Rwork0.242 2977 -
all-3137 -
obs--99.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.65960.43880.10970.99160.28140.4733-0.02960.013-0.0768-0.02760.0504-0.0998-0.00260.0111-0.02090.09690.01610.01540.00750.00660.06417.3365.77221.063
20.58160.0811-0.05160.6457-0.0560.0356-0.050.00920.00750.03610.07580.0778-0.033-0.0154-0.02580.12510.01270.02240.0220.02340.04833.08214.05516.45
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H2 - 223
2X-RAY DIFFRACTION2L1 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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