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万見
- PDB-4pjo: Minimal U1 snRNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pjo
タイトルMinimal U1 snRNP
要素
  • (Small nuclear ribonucleoprotein ...) x 6
  • (U1 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 2
  • RNA (5'-R(*AP*GP*GP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*C)-3')
  • Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
  • U1 RNA variant (48-MER) with 4-helix junction replaced by kissing loop (HIV-1 (Mal) DIS) and shorter stem-loop 4.
キーワードSPLICING / U1 snRNP / Spliceosome / Pre-mRNA splicing / Ribonucleoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein refolding / regulation of ATP-dependent activity / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / histone pre-mRNA 3'end processing complex / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / protein methylation ...negative regulation of protein refolding / regulation of ATP-dependent activity / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / histone pre-mRNA 3'end processing complex / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / protein methylation / U12-type spliceosomal complex / methylosome / 7-methylguanosine cap hypermethylation / U1 snRNP binding / pICln-Sm protein complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / P granule / telomerase holoenzyme complex / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / U2-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome / commitment complex / telomerase RNA binding / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / RNA Polymerase II Transcription Termination / U1 snRNP / pre-mRNA 5'-splice site binding / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / mRNA Splicing - Minor Pathway / mRNA 5'-splice site recognition / regulation of RNA splicing / U5 snRNP / spliceosomal snRNP assembly / Cajal body / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / snRNP Assembly / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / single-stranded RNA binding / nuclear body / nuclear speck / mRNA binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / RNA binding / zinc ion binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
snRNP70, RNA recognition motif / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa N-terminal / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa MW N terminal / U1-C, C2H2-type zinc finger / U1 zinc finger / Small ribonucleoprotein associated, SmB/SmN / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger / Zinc finger matrin-type profile. / Small nuclear ribonucleoprotein D1 ...snRNP70, RNA recognition motif / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa N-terminal / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa MW N terminal / U1-C, C2H2-type zinc finger / U1 zinc finger / Small ribonucleoprotein associated, SmB/SmN / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger / Zinc finger matrin-type profile. / Small nuclear ribonucleoprotein D1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / SH3 type barrels. - #100 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / Zinc finger C2H2 superfamily / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / SH3 type barrels. / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / : / RNA / RNA (> 10) / U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein G ...ETHANOL / : / RNA / RNA (> 10) / U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Kondo, Y. / Oubridge, C. / van Roon, A.M. / Nagai, K.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of human U1 snRNP, a small nuclear ribonucleoprotein particle, reveals the mechanism of 5' splice site recognition.
著者: Kondo, Y. / Oubridge, C. / van Roon, A.M. / Nagai, K.
履歴
登録2014年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
B: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
C: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
D: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
E: Small nuclear ribonucleoprotein E
F: Small nuclear ribonucleoprotein F
G: Small nuclear ribonucleoprotein G
K: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa
L: U1 small nuclear ribonucleoprotein C
1: U1 RNA variant (48-MER) with 4-helix junction replaced by kissing loop (HIV-1 (Mal) DIS) and shorter stem-loop 4.
X: RNA (5'-R(*AP*GP*GP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*C)-3')
a: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
b: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
c: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
d: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
e: Small nuclear ribonucleoprotein E
f: Small nuclear ribonucleoprotein F
g: Small nuclear ribonucleoprotein G
k: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa
l: U1 small nuclear ribonucleoprotein C
2: U1 RNA variant (48-MER) with 4-helix junction replaced by kissing loop (HIV-1 (Mal) DIS) and shorter stem-loop 4.
x: RNA (5'-R(*AP*GP*GP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*C)-3')
O: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
P: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
Q: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
R: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
S: Small nuclear ribonucleoprotein E
T: Small nuclear ribonucleoprotein F
U: Small nuclear ribonucleoprotein G
N: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa
M: U1 small nuclear ribonucleoprotein C
3: U1 RNA variant (48-MER) with 4-helix junction replaced by kissing loop (HIV-1 (Mal) DIS) and shorter stem-loop 4.
Y: RNA (5'-R(*AP*GP*GP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*C)-3')
o: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
p: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
q: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
r: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
s: Small nuclear ribonucleoprotein E
t: Small nuclear ribonucleoprotein F
u: Small nuclear ribonucleoprotein G
n: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa
m: U1 small nuclear ribonucleoprotein C
4: U1 RNA variant (48-MER) with 4-helix junction replaced by kissing loop (HIV-1 (Mal) DIS) and shorter stem-loop 4.
y: RNA (5'-R(*AP*GP*GP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)453,81679
ポリマ－452,17944
非ポリマー1,63735
水86548
1
A: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
B: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
C: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
D: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
E: Small nuclear ribonucleoprotein E
F: Small nuclear ribonucleoprotein F
G: Small nuclear ribonucleoprotein G
K: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa
L: U1 small nuclear ribonucleoprotein C
1: U1 RNA variant (48-MER) with 4-helix junction replaced by kissing loop (HIV-1 (Mal) DIS) and shorter stem-loop 4.
X: RNA (5'-R(*AP*GP*GP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,58222
ポリマ－113,04511
非ポリマー53711
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30670 Å2
ΔGint-219 kcal/mol
Surface area35810 Å2
手法PISA
2
a: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
b: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
c: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
d: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
e: Small nuclear ribonucleoprotein E
f: Small nuclear ribonucleoprotein F
g: Small nuclear ribonucleoprotein G
k: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa
l: U1 small nuclear ribonucleoprotein C
2: U1 RNA variant (48-MER) with 4-helix junction replaced by kissing loop (HIV-1 (Mal) DIS) and shorter stem-loop 4.
x: RNA (5'-R(*AP*GP*GP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,54820
ポリマ－113,04511
非ポリマー5039
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29690 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area35020 Å2
手法PISA
3
O: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
P: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
Q: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
R: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
S: Small nuclear ribonucleoprotein E
T: Small nuclear ribonucleoprotein F
U: Small nuclear ribonucleoprotein G
N: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa
M: U1 small nuclear ribonucleoprotein C
3: U1 RNA variant (48-MER) with 4-helix junction replaced by kissing loop (HIV-1 (Mal) DIS) and shorter stem-loop 4.
Y: RNA (5'-R(*AP*GP*GP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,32519
ポリマ－113,04511
非ポリマー2808
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28250 Å2
ΔGint-169 kcal/mol
Surface area36230 Å2
手法PISA
4
o: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
p: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
q: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
r: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
s: Small nuclear ribonucleoprotein E
t: Small nuclear ribonucleoprotein F
u: Small nuclear ribonucleoprotein G
n: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa
m: U1 small nuclear ribonucleoprotein C
4: U1 RNA variant (48-MER) with 4-helix junction replaced by kissing loop (HIV-1 (Mal) DIS) and shorter stem-loop 4.
y: RNA (5'-R(*AP*GP*GP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,36118
ポリマ－113,04511
非ポリマー3167
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29160 Å2
ΔGint-177 kcal/mol
Surface area36950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.359, 172.627, 256.322
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 24分子 AaOoCcQqDdRrEeSsFfTtGgUu

#1: タンパク質
Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3


分子量: 13940.308 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPD3 / プラスミド: pQE30 / 詳細 (発現宿主): Coexpressed with SmB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 (pREP4) / 参照: UniProt: P62318
#3: タンパク質
Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm-D1 / Sm-D autoantigen / snRNP core protein D1


分子量: 10026.635 Da / 分子数: 4 / Mutation: M1V / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Expressed as a fusion protein with the N-terminal 59 residues of U1-70k protein joined via a (Gly-Ser)3 linker to its N-terminus. This fusion protein is co-expressed with SmD2.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPD1 / プラスミド: pET / 詳細 (発現宿主): Coexpressed with SmD1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P62314
#4: タンパク質
Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Sm-D2 / snRNP core protein D2


分子量: 13551.928 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPD2 / プラスミド: pET
詳細 (発現宿主): Coexpressed with 70k-SmD1 fusion protein
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P62316
#5: タンパク質
Small nuclear ribonucleoprotein E / snRNP-E / Sm protein E / SmE


分子量: 10817.601 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPE / プラスミド: pET15b / 詳細 (発現宿主): Co-expressed with SmF and SmG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62304
#6: タンパク質
Small nuclear ribonucleoprotein F / snRNP-F / Sm protein F / SmF


分子量: 8369.846 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPF, PBSCF / プラスミド: pET15b / 詳細 (発現宿主): Co-expressed with SmE and SmG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62306
#7: タンパク質
Small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G / Sm protein G / SmG


分子量: 8508.084 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPG, PBSCG / プラスミド: pET15b / 詳細 (発現宿主): Co-expressed with SmE and SmF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62308

-
タンパク質 , 1種, 4分子 BbPp

#2: タンパク質
Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / snRNP-B / Sm protein B/B' / SmB/B'


分子量: 10911.931 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPB, COD, SNRPB1 / プラスミド: pQE30 / 詳細 (発現宿主): Coexpressed with SmD3 / 発現宿主: Escherichia coli / 株 (発現宿主): SG13009 (pREP4) / 参照: UniProt: P14678

-
U1 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 8分子 KkNnLlMm

#8: タンパク質
U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa / snRNP70


分子量: 6862.841 Da / 分子数: 4 / Mutation: M1G / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Expressed as a fusion protein with SmD1 (1-85) joined via a (Gly-Ser)3 linker at its C-terminus. This fusion protein is co-expressed with SmD2. An N-terminal tag is cleaved by TEV protease ...詳細: Expressed as a fusion protein with SmD1 (1-85) joined via a (Gly-Ser)3 linker at its C-terminus. This fusion protein is co-expressed with SmD2. An N-terminal tag is cleaved by TEV protease during purification, leaving an N-terminal Gly residue.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRNP70, RNPU1Z, RPU1, SNRP70, U1AP1 / プラスミド: pET / 詳細 (発現宿主): Co-expressed with SmD2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P08621
#9: タンパク質
U1 small nuclear ribonucleoprotein C / U1C


分子量: 7279.186 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPC / プラスミド: pET3b / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: P09234

-
RNA鎖 , 2種, 8分子 1234XxYy

#10: RNA鎖
U1 RNA variant (48-MER) with 4-helix junction replaced by kissing loop (HIV-1 (Mal) DIS) and shorter stem-loop 4.


分子量: 19575.514 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: Made by in vitro transcription using T7 RNA polymerase from a linearised pUC plasmid template containing a T7 promoter followed by the template sequence.
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#11: RNA鎖
RNA (5'-R(*AP*GP*GP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*C)-3')


分子量: 3200.972 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA made by chemical synthesis. Sequence based on consensus human 5' splice site.
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 8種, 83分子

#12: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#13: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#14: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#15: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#16: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#17: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#18: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#19: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.7 % / 解説: 0.3 x 0.04 x 0.04 mm^3 rods
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: Minimal U1 snRNP at 4 mg/ml in 300mM KCl, 20mM KHepes, pH 7.5, 5mM MgCl2, 1mM DTT, 0.15 mM polyamine-9 mixed 1:1 with 7% MPD, 180mM KCl, 5mM MgSO4, 50mM NaHepes pH 6.4. Streak seeded.
Temp details: Cold room

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月13日
放射モノクロメーター: Single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→70 Å / Num. all: 80571 / Num. obs: 80571 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 172.1
反射 シェル解像度: 3.3→3.36 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.534 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称分類
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Y9A

2y9a
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.3→70 Å / SU ML: 0.423 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.518
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25493 3972 5 %Random selection
Rwork0.20698 ---
obs0.20943 74960 97.41 %-
原子変位パラメータBiso mean: 99.241 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.77 Å20 Å20 Å2
2---0.97 Å20 Å2
3----2.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→70 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21796 4992 69 48 26905
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.386 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 285 5 %
Rwork0.322 5286 -
obs--93.5 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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