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- PDB-4pkd: U1-70k in complex with U1 snRNA stem-loops 1 and U1-A RRM in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pkd
タイトルU1-70k in complex with U1 snRNA stem-loops 1 and U1-A RRM in complex with stem-loop 2
要素
  • U1 small nuclear ribonucleoprotein A,U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa
  • U1 snRNA stem-loops 1 and 2 (55-MER)
キーワードGENE REGULATION / U1-70k / U1 snRNP / Pre-mRNA splicing / Spliceosome
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein refolding / regulation of ATP-dependent activity / mRNA Splicing - Major Pathway / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / regulation of RNA splicing / U1 snRNA binding / mRNA Splicing - Major Pathway ...negative regulation of protein refolding / regulation of ATP-dependent activity / mRNA Splicing - Major Pathway / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / regulation of RNA splicing / U1 snRNA binding / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / nuclear speck / mRNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
snRNP70, RNA recognition motif / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa N-terminal / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa MW N terminal / : / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. ...snRNP70, RNA recognition motif / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa N-terminal / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa MW N terminal / : / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / RNA / RNA (> 10) / U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa / U1 small nuclear ribonucleoprotein A
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Oubridge, C. / Kondo, Y. / van Roon, A.M. / Nagai, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Nakajima Foundation 日本
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of human U1 snRNP, a small nuclear ribonucleoprotein particle, reveals the mechanism of 5' splice site recognition.
著者: Kondo, Y. / Oubridge, C. / van Roon, A.M. / Nagai, K.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of human spliceosomal U1 snRNP at 5.5 A resolution.
著者: Pomeranz Krummel, D.A. / Oubridge, C. / Leung, A.K. / Li, J. / Nagai, K.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Crystal structure at 1.92 A resolution of the RNA-binding domain of the U1A spliceosomal protein complexed with an RNA hairpin.
著者: Oubridge, C. / Ito, N. / Evans, P.R. / Teo, C.H. / Nagai, K.
#3: ジャーナル: EMBO J. / 年: 2010
タイトル: Functional organization of the Sm core in the crystal structure of human U1 snRNP.
著者: Weber, G. / Trowitzsch, S. / Kastner, B. / Luhrmann, R. / Wahl, M.C.
履歴
登録2014年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
V: U1 snRNA stem-loops 1 and 2 (55-MER)
B: U1 small nuclear ribonucleoprotein A,U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1126
ポリマ－49,9702
非ポリマー1424
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6920 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area21550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.220, 66.600, 93.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.95, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: RNA鎖 U1 snRNA stem-loops 1 and 2 (55-MER)


分子量: 17786.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: See compound details. / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein A,U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa / U1A / snRNP70


分子量: 32183.576 Da / 分子数: 1 / Mutation: A2G / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Both this protein and U1-70k are expressed together as a fusion protein. The C-terminus of U1-A and the linker peptide are disordered in the structure. The two proteins have been given ...詳細: Both this protein and U1-70k are expressed together as a fusion protein. The C-terminus of U1-A and the linker peptide are disordered in the structure. The two proteins have been given separate chain identifiers so that their normal numbering is preserved., U1-A and this protein are expressed together as a fusion protein. The C-terminus of U1-A and the linker peptide are disordered in the structure. The two proteins have been given separate chain identifiers so that their normal numbering is preserved.
由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: SNRPA, SNRNP70, RNPU1Z, RPU1, SNRP70, U1AP1 / プラスミド: pET13 / 詳細 (発現宿主): Expresses U1-A/U1-70k fusion protein / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q06AA4, UniProt: P08621
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: Six-sided plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 40% MPD, 0.15 M sodium chloride, 0.1 M sodium acetate, pH 4.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月22日
放射モノクロメーター: Double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→87.54 Å / Num. all: 16115 / Num. obs: 15967 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0071 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1URN

1urn


解像度: 2.5→87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 10.404 / SU ML: 0.232 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.618 / ESU R Free: 0.305 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25791 812 5.1 %RANDOM
Rwork0.19675 ---
obs0.19992 15156 99.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.252 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.18 Å2-0 Å2-0.12 Å2
2--0.23 Å2-0 Å2
3----2.56 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1954 1177 8 113 3252
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0163309
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0130.022465
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.911.6884715
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.14235722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.875238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.27722.059102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.72315377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8221526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2494
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.022886
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02788
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7354.543958
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7354.543957
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1686.81194
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.1666.81195
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6365.5262351
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6355.5262352
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.6088.2383522
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.96450.30414367
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.96350.30614368
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.443 65 -
Rwork0.281 1097 -
obs--98.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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