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万見
- PDB-3pgw: Crystal structure of human U1 snRNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pgw
タイトルCrystal structure of human U1 snRNP
要素
  • DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3'
  • Sm B
  • Sm G
  • Sm-D1
  • Sm-D2
  • Sm-D3
  • Sm-E
  • Sm-F
  • U1 snRNA
  • U1-70K
  • U1-A
キーワードsplicing/DNA/RNA / PROTEIN-RNA COMPLEX / U1 snRNA / Sm fold / Sm core / RRM / Splicing / mRNA / snRNPs / splicing factors / splicing-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein refolding / regulation of ATP-dependent activity / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / histone pre-mRNA 3'end processing complex / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / protein methylation ...negative regulation of protein refolding / regulation of ATP-dependent activity / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / histone pre-mRNA 3'end processing complex / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / protein methylation / U12-type spliceosomal complex / 7-methylguanosine cap hypermethylation / U1 snRNP binding / methylosome / pICln-Sm protein complex / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / snRNP binding / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / P granule / spliceosomal tri-snRNP complex / U2-type precatalytic spliceosome / telomerase holoenzyme complex / U2-type spliceosomal complex / telomerase RNA binding / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / RNA Polymerase II Transcription Termination / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / regulation of RNA splicing / mRNA Splicing - Minor Pathway / U5 snRNP / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / spliceosomal snRNP assembly / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / cellular response to retinoic acid / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / cellular response to tumor necrosis factor / snRNP Assembly / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / nuclear speck / nuclear body / mRNA binding / enzyme binding / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
snRNP70, RNA recognition motif / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa N-terminal / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa MW N terminal / : / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / Small ribonucleoprotein associated, SmB/SmN / Small nuclear ribonucleoprotein D1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 ...snRNP70, RNA recognition motif / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa N-terminal / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa MW N terminal / : / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / Small ribonucleoprotein associated, SmB/SmN / Small nuclear ribonucleoprotein D1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Small nuclear ribonucleoprotein G / U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa / U1 small nuclear ribonucleoprotein A / Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein F ...DNA / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Small nuclear ribonucleoprotein G / U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa / U1 small nuclear ribonucleoprotein A / Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Weber, G. / Trowitzsch, S. / Kastner, B. / Luehrmann, R. / Wahl, M.C.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2010
タイトル: Functional organization of the Sm core in the crystal structure of human U1 snRNP.
著者: Weber, G. / Trowitzsch, S. / Kastner, B. / Luhrmann, R. / Wahl, M.C.
履歴
登録2010年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U1-A
S: U1-70K
Z: Sm-D3
B: Sm B
X: Sm-D1
Y: Sm-D2
F: Sm-F
E: Sm-E
G: Sm G
P: U1-A
L: U1-70K
W: Sm-D3
Q: Sm B
U: Sm-D1
V: Sm-D2
I: Sm-F
H: Sm-E
J: Sm G
R: U1 snRNA
N: U1 snRNA
D: DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3'
M: DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)464,10522
ポリマ－464,10522
非ポリマー00
水00
1
A: U1-A
S: U1-70K
Z: Sm-D3
B: Sm B
X: Sm-D1
Y: Sm-D2
F: Sm-F
E: Sm-E
G: Sm G
R: U1 snRNA
D: DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,05211
ポリマ－232,05211
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
P: U1-A
L: U1-70K
W: Sm-D3
Q: Sm B
U: Sm-D1
V: Sm-D2
I: Sm-F
H: Sm-E
J: Sm G
N: U1 snRNA
M: DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,05211
ポリマ－232,05211
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)358.420, 88.220, 150.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.88, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細biological assembly 1: chains A, S, Z, B, X, Y, F, E, G, R, D / biological assembly 2: chains P, L ,W, Q, U, V, I, H, J, N, M

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要素

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タンパク質 , 9種, 18分子 APSLZWBQXUYVFIEHGJ

#1: タンパク質 U1-A / U1 snRNP A / U1 small nuclear ribonucleoprotein A / U1A / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 31319.533 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P09012
#2: タンパク質 U1-70K / U1 snRNP 70 kDa / snRNP70 / U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 51683.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P08621
#3: タンパク質 Sm-D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / snRNP core protein D3 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 13940.308 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P62318
#4: タンパク質 Sm B / Small nuclear ribonucleoprotein polypeptides B and B1 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 23686.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: Q66K91, UniProt: P14678*PLUS
#5: タンパク質 Sm-D1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm-D autoantigen / snRNP core protein D1 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 13310.653 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P62314
#6: タンパク質 Sm-D2 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / snRNP core protein D2 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 13551.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P62316
#7: タンパク質 Sm-F / snRNP-F / Sm protein F / Small nuclear ribonucleoprotein F / SmF / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 9734.171 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P62306
#8: タンパク質 Sm-E / snRNP-E / Sm protein E / Small nuclear ribonucleoprotein E / SmE / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10817.601 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P62304
#9: タンパク質 Sm G / Small nuclear ribonucleoprotein polypeptide G / isoform CRA_a / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 8508.084 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: D6W5G6, UniProt: P62308*PLUS

-
RNA鎖 / DNA鎖 , 2種, 4分子 RNDM

#10: RNA鎖 U1 snRNA / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 52697.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA
#11: DNA鎖 DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 2803.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA oligonucleotide

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.43 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 8-10% PEG 4000, 0.1 M Trisodium citrate, 2 mM EDTA, 100 mM NaCl, 1-2% Anapoe X-305, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年8月30日
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.4→100 Å / Num. all: 28274 / Num. obs: 28079 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 4.4→4.6 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3480 / Rsym value: 0.73 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
gclientデータ収集
MAR345データ収集
RemDAqデータ収集
PHASER位相決定
SHARP位相決定
PHENIX精密化
CNS1.3精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換, 多重同系置換・異常分散
解像度: 4.4→100 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.348 1403 RANDOM
Rwork0.299 --
all-28077 -
obs-28077 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.4→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1716 342 0 0 2058
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.201

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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