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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4zpq | |||||||||
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Title | Crystal Structure of Protocadherin Gamma C5 EC1-3 | |||||||||
![]() | MCG133388, isoform CRA_f | |||||||||
![]() | CELL ADHESION | |||||||||
Function / homology | ![]() homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / synapse organization / negative regulation of neuron apoptotic process / cell adhesion / calcium ion binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Wolcott, H.N. / Goodman, K.M. / Bahna, F. / Mannepalli, S. / Shapiro, L. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Molecular Logic of Neuronal Self-Recognition through Protocadherin Domain Interactions. Authors: Rubinstein, R. / Thu, C.A. / Goodman, K.M. / Wolcott, H.N. / Bahna, F. / Mannepalli, S. / Ahlsen, G. / Chevee, M. / Halim, A. / Clausen, H. / Maniatis, T. / Shapiro, L. / Honig, B. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 384.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 315.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.3 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 34.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 46 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4zplC ![]() 4zpmC ![]() 4zpnC ![]() 4zpoSC ![]() 4zppC ![]() 4zpsC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 35240.887 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: UNP residues 30-345 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|
-Sugars , 3 types, 9 molecules ![](data/chem/img/MAN.gif)
#2: Polysaccharide | alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source | ||
---|---|---|---|
#3: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Sugar | ChemComp-MAN / |
-Non-polymers , 2 types, 35 molecules ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-CA / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.76 Å3/Da / Density % sol: 67.3 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 16% (w/v) PEG 6000, 200mM calcium acetate, 100mM imidazole, pH 8.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 19, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.099→40 Å / Num. obs: 26871 / % possible obs: 94.4 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 56.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 10 |
Reflection shell | Resolution: 3.1→3.21 Å / Redundancy: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 76.2 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4ZPO Resolution: 3.099→29.192 Å / SU ML: 0.39 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 28.13 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.099→29.192 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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