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Yorodumi- PDB-3nao: A DNA Crystal Designed to Contain Two Molecules per Asymmetric Un... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3nao | ||||||
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Title | A DNA Crystal Designed to Contain Two Molecules per Asymmetric Unit Cell | ||||||
Components |
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Keywords | DNA / Nanotechnology / DNA Crossover / Designed Crystal Lattice | ||||||
Function / homology | DNA / DNA (> 10) Function and homology information | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 5.03 Å | ||||||
Authors | Wang, T. / Sha, R. / Birktoft, J.J. / Zheng, J. / Mao, M. / Seeman, N.C. | ||||||
Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2010 Title: A DNA crystal designed to contain two molecules per asymmetric unit. Authors: Wang, T. / Sha, R. / Birktoft, J. / Zheng, J. / Mao, C. / Seeman, N.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3nao.cif.gz | 99.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3nao.ent.gz | 83.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3nao.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3nao_validation.pdf.gz | 417.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3nao_full_validation.pdf.gz | 432.2 KB | Display | |
Data in XML | 3nao_validation.xml.gz | 7.1 KB | Display | |
Data in CIF | 3nao_validation.cif.gz | 9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/3nao ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/3nao | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | THE CRYSTAL IS AN INFINITE NETWORK MADE FROM SIX DNA STRANDS THAT SELF-ASSOCIATE. IN THIS ASSEMBLY THE ASYMMETRIC UNIT IS COMPRISED OF 8 CHAINS, 6 OF WHICH ARE FRAGMENTS OF LONGER DNA STRANDS. APPLYING THE SPACE GROUP H3 SYMMETRY OPERATORS (X, Y, Z,), (-Y, X-Y, Z), AND (-X+Y,-X,Z) TO CHAINS A, B, C AND D THE CONTENTS OF 1/2 THE ASYMMETRIC UNIT GENERATES ONE TRIMERIC UNIT OF THE SELF-ASSOCIATED DNA NETWORK APPLYING THE SPACE GROUP H3 SYMMETRY OPERATORS (X, Y, Z,), (-Y, X-Y, Z), AND (-X+Y,-X,Z) TO CHAINS E, F, G, AND H OF THE CONTENTS REMARK 300 OF 1/2 THE ASYMMETRIC UNIT GENERATES ONE TRIMERIC UNIT OF THE SELF-REMARK 300 ASSOCIATED NETWORK ADDITIONAL DETAILS ABOUT THE CHEMICAL COMPOSITION AND ASSOCIATION ARE INCLUDED IN A SPEARATE SECTION |
-Components
-DNA chain , 8 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: DNA chain | Mass: 6457.188 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically Details: DNA STRANDS WERE SYNTHESIZED BY STANDARD PHOSPHORAMIDITE TECHNIQUES ON AN APPLIED BIOSYSTEMS 394 DNA SYNTHESIZER USING TRITYL-ON MODE |
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#2: DNA chain | Mass: 2082.400 Da / Num. of mol.: 1 Fragment: SYMMETRICALLY- AND SEQUENTIALLY REPEATING UNIT OF CIRCULAR DNA MOLECULES, SEE REMARK 400 FOR DETAILS Source method: obtained synthetically Details: DNA STRANDS WERE SYNTHESIZED BY STANDARD PHOSPHORAMIDITE TECHNIQUES ON AN APPLIED BIOSYSTEMS 394 DNA SYNTHESIZER USING TRITYL-ON MODE |
#3: DNA chain | Mass: 1825.216 Da / Num. of mol.: 1 Fragment: LAST 6 RESIDUES OF A DNA MOLECULE USED IN EXPERIMENT, SEE REMARK 400 FOR DETAILS Source method: obtained synthetically Details: DNA STRANDS WERE SYNTHESIZED BY STANDARD PHOSPHORAMIDITE TECHNIQUES ON AN APPLIED BIOSYSTEMS 394 DNA SYNTHESIZER USING TRITYL-ON MODE |
#4: DNA chain | Mass: 2432.614 Da / Num. of mol.: 1 Fragment: FIRST 8 RESIDUES OF A DNA MOLECULE USED IN EXPERIMENT, SEE REMARK 400 FOR DETAILS Source method: obtained synthetically Details: DNA STRANDS WERE SYNTHESIZED BY STANDARD PHOSPHORAMIDITE TECHNIQUES ON AN APPLIED BIOSYSTEMS 394 DNA SYNTHESIZER USING TRITYL-ON MODE |
#5: DNA chain | Mass: 6433.163 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically Details: DNA STRANDS WERE SYNTHESIZED BY STANDARD PHOSPHORAMIDITE TECHNIQUES ON AN APPLIED BIOSYSTEMS 394 DNA SYNTHESIZER USING TRITYL-ON MODE |
#6: DNA chain | Mass: 2067.389 Da / Num. of mol.: 1 Fragment: SYMMETRICALLY- AND SEQUENTIALLY REPEATING UNIT OF A CIRCULAR DNA MOLECULES, SEE REMARK 400 FOR DETAILS Source method: obtained synthetically Details: DNA STRANDS WERE SYNTHESIZED BY STANDARD PHOSPHORAMIDITE TECHNIQUES ON AN APPLIED BIOSYSTEMS 394 DNA SYNTHESIZER USING TRITYL-ON MODE |
#7: DNA chain | Mass: 1889.265 Da / Num. of mol.: 1 Fragment: LAST 6 RESIDUES OF A DNA MOLECULE USED IN EXPERIMENT, SEE REMARK 400 FOR DETAILS Source method: obtained synthetically Details: DNA STRANDS WERE SYNTHESIZED BY STANDARD PHOSPHORAMIDITE TECHNIQUES ON AN APPLIED BIOSYSTEMS 394 DNA SYNTHESIZER USING TRITYL-ON MODE |
#8: DNA chain | Mass: 2408.589 Da / Num. of mol.: 1 Fragment: FIRST 8 RESIDUES OF A DNA MOLECULE USED IN EXPERIMENT, SEE REMARK 400 FOR DETAILS Source method: obtained synthetically Details: DNA STRANDS WERE SYNTHESIZED BY STANDARD PHOSPHORAMIDITE TECHNIQUES ON AN APPLIED BIOSYSTEMS 394 DNA SYNTHESIZER USING TRITYL-ON MODE |
-Details
Compound details | THE STRUCTURE IS COMPRISED OF TWO TRIANGLES ARRANGED IN A TANDEM MANNER. EACH TRIANGLE IS GENERATED ...THE STRUCTURE IS COMPRISED OF TWO TRIANGLES ARRANGED IN A TANDEM MANNER. EACH TRIANGLE IS GENERATED FROM THE STRUCTURE UNIT IS GENERATEDF |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 7.67 Å3/Da / Density % sol: 83.97 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: slow cooling / pH: 7 Details: 125 mM magnesium acetate, 50 mM HEPES (pH 7.0) and 10% MPD in a 100 L sitting drop, equilibrated against a 0.5 ml reservoir of 1.4 M ammonium sulphate for two weeks. SLOW COOLING, ...Details: 125 mM magnesium acetate, 50 mM HEPES (pH 7.0) and 10% MPD in a 100 L sitting drop, equilibrated against a 0.5 ml reservoir of 1.4 M ammonium sulphate for two weeks. SLOW COOLING, temperature changed from 363K to 293K. Temp details: slow colling from 90C to 20C |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 5.03→34.12 Å / Num. all: 3237 / Num. obs: 3129 / % possible obs: 85.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 5.03→34.118 Å / SU ML: 0.49 / σ(F): 0.17 / Phase error: 39.12 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 134.494 Å2 / ksol: 0.268 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 5.03→34.118 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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