PDB-5vvm: Crystal structure of human CDH23 EC21-23

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vvm

タイトル

Crystal structure of human CDH23 EC21-23

要素

Cadherin-23

キーワード

CELL ADHESION / HEARING / MECHANOTRANSDUCTION / ADHESION / CALCIUM-BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

kinocilium / equilibrioception / sensory perception of light stimulus / cochlear hair cell ribbon synapse / stereocilium tip / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / photoreceptor ribbon synapse / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / catenin complex / stereocilium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3.54 Å

データ登録者

Patel, A. / Jaiganesh, A. / Sotomayor, M.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD)	DC012534	米国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD)	DC015271	米国

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Zooming in on Cadherin-23: Structural Diversity and Potential Mechanisms of Inherited Deafness.
著者: Jaiganesh, A. / De-la-Torre, P. / Patel, A.A. / Termine, D.J. / Velez-Cortes, F. / Chen, C. / Sotomayor, M.

履歴

登録	2017年5月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年9月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.3	2022年3月16日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vvm.cif.gz	250.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vvm.ent.gz	201.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vvm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/5vvm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/5vvm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5i8dSC 5tfkC 5tflC 5tfmC 5uluC 5un2C 5uz8SC 5vh2C 5vt8C 5w4tC 5wj8C 5wjmC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zqa-1 5k7b-d 1deb-3 3601 4ll7-2 6r17-d 4zpp-2 1quu-d 5k9l-d 4zpp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (7) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1) #19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cadherin-23

B: Cadherin-23

ヘテロ分子

76.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cadherin-23

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
38.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cadherin-23

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.714, 166.806, 47.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.53, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2153 - 2473 / Label seq-ID: 9 - 329

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Cadherin-23 / Otocadherin 分子量: 37892.051 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 2169-2505 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDH23, KIAA1774, KIAA1812, UNQ1894/PRO4340 / プラスミド: pET21-a+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-RIPL / 参照: UniProt: Q9H251
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.07 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.05 M TRIS pH 8.5 0.5 M NaCl 10% PEG-4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.54→94.08 Å / Num. obs: 10856 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 68 Å² / R_merge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 5.95
反射シェル	解像度: 3.54→3.61 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.425 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5I8D, 5UZ8

5i8d

5uz8

解像度: 3.54→94.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.804 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.727 / SU B: 109.744 / SU ML: 0.7 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.851 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.346	577	5.4 %	RANDOM
R_work	0.303	-	-	-
obs	0.305	10174	98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.92 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	10.6 Å²	0 Å²	3.71 Å²
2-	-	-10.8 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.54→94.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4658	0	12	0	4670

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.02	4737
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4338
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.349	1.969	6488
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.86	3	10096
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.137	5	603
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.45	26.186	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.894	15	733
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.551	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	790
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	5280
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	819
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0	0.1	2439
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0	0.1	2438
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0	0.15	3032
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0	0.15	3033
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0	0.1	2298
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0	0.1	2299
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0	0.15	3456
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	0.082	1.915	18685
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	0.081	1.915	18684
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 16460 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.14 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 3.54→3.63 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.522	37	-
R_work	0.463	662	-
obs	-	-	86.08 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9201	0.8061	-0.0224	11.3105	-0.1769	0.883	-0.1144	0.0063	0.106	-0.8407	-0.0293	-0.318	-0.0075	0.2029	0.1437	0.0955	0.0087	-0.0856	1.0251	-0.0109	0.3789	0	0	0
2	0.9953	0.1794	-0.0436	7.8377	-0.5269	1.2655	-0.0196	-0.0436	-0.176	0.5031	-0.012	-0.076	0.0425	0.1622	0.0317	0.0524	-0.0017	-0.0684	0.9681	-0.0327	0.3825	-42.88	12.028	-2.895

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2147 - 2481
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2147 - 2481

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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