PDB-5tfm: Crystal Structure of Human Cadherin-23 EC6-8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tfm

タイトル

Crystal Structure of Human Cadherin-23 EC6-8

要素

Cadherin-23

キーワード

CELL ADHESION / hearing / mechanotransduction / adhesion / calcium-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

kinocilium / equilibrioception / sensory perception of light stimulus / cochlear hair cell ribbon synapse / stereocilium tip / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / photoreceptor ribbon synapse / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / catenin complex / stereocilium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.92 Å

データ登録者

Jaiganesh, A. / Sotomayor, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Zooming in on Cadherin-23: Structural Diversity and Potential Mechanisms of Inherited Deafness.
著者: Jaiganesh, A. / De-la-Torre, P. / Patel, A.A. / Termine, D.J. / Velez-Cortes, F. / Chen, C. / Sotomayor, M.

履歴

登録	2016年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年9月19日	Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.3	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tfm.cif.gz	145.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tfm.ent.gz	113.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tfm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/5tfm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/5tfm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5i8dC 5tfkC 5tflSC 5uluC 5un2C 5uz8C 5vh2C 5vt8C 5vvmC 5w4tC 5wj8C 5wjmC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5tfk-d 5w4t-2 5w4t-1 2wpq-d 5w4t-3 5w4t-4 5i8d-d 5uz8-d 5un2-d 5wme-d 4qkw-d 5ulu-d 6bxu-2 2wps-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (7) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1) #19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cadherin-23

ヘテロ分子

37.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.407, 93.407, 122.386
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	153
Space group name H-M	P3₂12

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1014- HOH

#1: タンパク質	Cadherin-23 / Otocadherin 分子量: 37485.625 Da / 分子数: 1 / 断片: Cadherin domains 6-8, residues 557-886 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDH23, KIAA1774, KIAA1812, UNQ1894/PRO4340 / プラスミド: pET-21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 / 株 (発現宿主): BL21 RIPL / 参照: UniProt: Q9H251
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.11 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.8, 1.2 M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Oxford Cryo-jet crystal cryocoolers
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.92→80.89 Å / Num. obs: 13518 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 17.08
反射シェル	解像度: 2.92→2.97 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.592 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5TFL

5tfl

解像度: 2.92→80.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 34.236 / SU ML: 0.278 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.557 / ESU R Free: 0.324 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24635	648	4.8 %	RANDOM
R_work	0.19773	-	-	-
obs	0.20006	12825	99.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 88.416 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.57 Å²	1.28 Å²	0 Å²
2-	-	2.57 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-8.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.92→80.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2476	0	6	24	2506

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.02	2529
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2365
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.428	1.963	3454
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.895	3	5453
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.102	5	320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.891	24.867	113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.305	15	404
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.538	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	410
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	2863
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	543
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.542	5.567	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.541	5.568	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.576	8.349	1597
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.576	8.348	1598
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.536	5.762	1249
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.535	5.762	1250
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.633	8.572	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.118	64.112	2606
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.096	64.11	2605
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.921→2.996 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.359	46	-
R_work	0.333	939	-
obs	-	-	99.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2547	2.0895	-2.0781	6.9277	-5.4872	10.1776	-0.1273	-0.3641	-0.2726	0.5298	0.0092	-0.0027	-0.5245	-0.6058	0.1181	0.1128	0.0852	-0.0187	0.1672	0.0627	0.2968	6.2503	17.7141	58.8874
2	0.9666	1.3645	-3.2774	2.9413	-4.1172	11.9931	-0.2015	0.5619	0.0602	-0.3392	0.5546	0.0343	0.3945	-1.719	-0.353	0.1117	-0.1856	0.007	0.5247	-0.0317	0.1486	11.2597	35.9838	15.6401
3	2.9023	0.7295	-0.5959	3.8187	-2.627	8.4532	0.2677	0.2511	0.148	-0.6146	-0.4144	-0.1814	0.3065	-0.1755	0.1467	0.3799	-0.085	0.0981	0.3404	-0.0796	0.2529	23.144	51.2558	-31.6852

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	534 - 642
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	902 - 903
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	643 - 749
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	901
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	904 - 905
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	750 - 858
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	906

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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