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- PDB-1urn: U1A MUTANT/RNA COMPLEX + GLYCEROL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1urn
タイトルU1A MUTANT/RNA COMPLEX + GLYCEROL
要素
  • PROTEIN (U1A)
  • RNA (5'-R(*AP*AP*UP*CP*CP*AP*UP*UP*GP*CP*AP*CP*UP*CP*CP*GP*G P*AP*UP*UP*U)-3')
キーワードTRANSCRIPTION/RNA / PROTEIN-RNA COMPLEX / SINGLE STRAND / OVERHANGING BASE / HAIRPIN LOOP / TRANSCRIPTION-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm ...U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / U1 small nuclear ribonucleoprotein A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Oubridge, C. / Ito, N. / Evans, P.R. / Teo, C.-H. / Nagai, K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Crystal structure at 1.92 A resolution of the RNA-binding domain of the U1A spliceosomal protein complexed with an RNA hairpin.
著者: Oubridge, C. / Ito, N. / Evans, P.R. / Teo, C.H. / Nagai, K.
履歴
登録1995年1月4日処理サイト: NDB
改定 1.01996年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: RNA (5'-R(*AP*AP*UP*CP*CP*AP*UP*UP*GP*CP*AP*CP*UP*CP*CP*GP*G P*AP*UP*UP*U)-3')
Q: RNA (5'-R(*AP*AP*UP*CP*CP*AP*UP*UP*GP*CP*AP*CP*UP*CP*CP*GP*G P*AP*UP*UP*U)-3')
R: RNA (5'-R(*AP*AP*UP*CP*CP*AP*UP*UP*GP*CP*AP*CP*UP*CP*CP*GP*G P*AP*UP*UP*U)-3')
A: PROTEIN (U1A)
B: PROTEIN (U1A)
C: PROTEIN (U1A)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,86411
ポリマ－53,4606
非ポリマー4045
水7,548419
1
P: RNA (5'-R(*AP*AP*UP*CP*CP*AP*UP*UP*GP*CP*AP*CP*UP*CP*CP*GP*G P*AP*UP*UP*U)-3')
A: PROTEIN (U1A)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8202
ポリマ－17,8202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
Q: RNA (5'-R(*AP*AP*UP*CP*CP*AP*UP*UP*GP*CP*AP*CP*UP*CP*CP*GP*G P*AP*UP*UP*U)-3')
B: PROTEIN (U1A)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0405
ポリマ－17,8202
非ポリマー2203
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
R: RNA (5'-R(*AP*AP*UP*CP*CP*AP*UP*UP*GP*CP*AP*CP*UP*CP*CP*GP*G P*AP*UP*UP*U)-3')
C: PROTEIN (U1A)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0044
ポリマ－17,8202
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.000, 97.000, 255.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.49289, 0.86995, -0.01564), (-0.86755, -0.49274, -0.06753), (-0.06646, -0.01971, 0.99759)
ベクター: 45.23, 88.184, 4.302)
詳細MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX RESIDUES RESIDUES RMSD M1 A 6 .. A 96 B 6 .. B 96 0.273 M2 A 6 .. A 96 C 6 .. C 96 0.341 M3 C 3 .. C 96 B 3 .. B 96 0.296 M4 P 1 .. P 12 Q 1 .. Q 12 0.429 M4 P 16 .. P 19 Q 16 .. Q 19 0.633 M5 P 1 .. P 12 R 1 .. R 12 0.597 M5 P 16 .. P 19 R 16 .. R 19 0.697 M6 R 3 .. R 12 Q 3 .. Q 12 0.347 M6 R 16 .. R 19 Q 16 .. Q 19 0.896

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*AP*UP*CP*CP*AP*UP*UP*GP*CP*AP*CP*UP*CP*CP*GP*G P*AP*UP*UP*U)-3')


分子量: 6610.940 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 PROTEIN (U1A)


分子量: 11209.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: FETAL BRAIN CDNA LIBRARY / プラスミド: PKN172 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): U1A (2-98, Y31H, Q36R) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / キーワード: MUTANT Y31H, Q36R / 参照: UniProt: P09012
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細COMPND MOLECULE_NAME: U1A. A PROTEIN FROM U1 SMALL RIBONUCLEOPROTEIN (U1SNRNP) THE PROTEIN IS IN ...COMPND MOLECULE_NAME: U1A. A PROTEIN FROM U1 SMALL RIBONUCLEOPROTEIN (U1SNRNP) THE PROTEIN IS IN THE PDB AS 1NRC (CURRENTLY CA ONLY). MOLECULE_NAME: RNA 21MER. SEQUENCE BASED ON HAIRPIN II OF U1 RNA.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.06 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 1.8M (NH4)2 SO4, 40MM TRIS-HCL PH 7.0, 5MM SPERMINE TRANSFERRED TO 1.9M (NH4)2 SO4, 40MM TRIS-HCL PH 7.0, 5MM SPERMINE, 25% GLYCEROL ...詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 1.8M (NH4)2 SO4, 40MM TRIS-HCL PH 7.0, 5MM SPERMINE TRANSFERRED TO 1.9M (NH4)2 SO4, 40MM TRIS-HCL PH 7.0, 5MM SPERMINE, 25% GLYCEROL FOR 15 MINUTES BEFORE FREEZING.
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 61 %
結晶化
*PLUS
温度: 20-25 ℃ / pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.8 Mammonium sulfate1reservoir
240 mMTris-HCl1reservoir
35 mMspermine1reservoir

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.882 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.882 Å / 相対比: 1
反射冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.038
反射 シェル冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.038
反射
*PLUS
最高解像度: 1.92 Å / 最低解像度: 33.5 Å / Num. obs: 54400 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.038

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.92→10 Å / σ(F): 0
詳細: THE B/Q COMPLEX HAS THE BEST-ORDERED RNA CHAIN, SO IS PROBABLY THE MOST USEFUL TO LOOK AT. THE 3' END OF ALL THREE RNA CHAINS IS POORLY ORDERED. MOST OF U 21 IS OMITTED, BUT RESIDUE U 21 IS ...詳細: THE B/Q COMPLEX HAS THE BEST-ORDERED RNA CHAIN, SO IS PROBABLY THE MOST USEFUL TO LOOK AT. THE 3' END OF ALL THREE RNA CHAINS IS POORLY ORDERED. MOST OF U 21 IS OMITTED, BUT RESIDUE U 21 IS ALSO UNCERTAIN IN CHAINS P AND Q.
Rfactor反射数
Rwork0.207 -
obs-54007
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2308 1177 25 419 3929
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.010.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0350.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0330.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.63
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.95
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.35
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it5.27
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0090.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1190.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1850.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2330.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROTIN/PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.92 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.207 / Rfactor Rfree: 0.242
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 19.3 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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