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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4cai | ||||||
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Title | Structure of inner DysF domain of human dysferlin | ||||||
![]() | DYSFERLIN | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE REPAIR / LIMB-GIRDLE MUSCULAR DYSTROPHY / DYSF DOMAIN | ||||||
Function / homology | ![]() monocyte activation involved in immune response / T-tubule organization / vesicle fusion / regulation of neurotransmitter secretion / plasma membrane repair / macrophage activation involved in immune response / calcium-dependent phospholipid binding / negative regulation of phagocytosis / centriolar satellite / endocytic vesicle ...monocyte activation involved in immune response / T-tubule organization / vesicle fusion / regulation of neurotransmitter secretion / plasma membrane repair / macrophage activation involved in immune response / calcium-dependent phospholipid binding / negative regulation of phagocytosis / centriolar satellite / endocytic vesicle / Smooth Muscle Contraction / T-tubule / cytoplasmic vesicle membrane / phospholipid binding / sarcolemma / synaptic vesicle membrane / late endosome / early endosome / endosome / calcium ion binding / extracellular exosome / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sula, A. / Cole, A.R. / Yeats, C. / Orengo, C. / Keep, N.H. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structures of the Human Dysferlin Inner Dysf Domain Authors: Sula, A. / Cole, A.R. / Yeats, C. / Orengo, C. / Keep, N.H. #1: ![]() Title: Solution Structure of the Inner Dysf Domain of Myoferlin and Implications for Limb Girdle Muscular Dystrophy Type 2B. Authors: Patel, P. / Harris, R. / Geddes, S.M. / Strehle, E. / Watson, J.D. / Bashir, R. / Bushby, K. / Driscoll, P.C. / Keep, N.H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 130.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 460.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 15.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 21 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4cahSC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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Components
#1: Protein | Mass: 13603.146 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: INNER DYSF DOMAIN, RESIDUES 942-1052 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.85 Å3/Da / Density % sol: 56.8 % / Description: NONE |
---|---|
Crystal grow | pH: 7.5 Details: 0.04M SODIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE, 16% PEG 8000, 20% GLYCEROL, 0.2M NABR, pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: PILATUS / Date: Sep 15, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.03753 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. obs: 24062 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 45.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 12.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.27 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 4CAH Resolution: 2.2→35.505 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.71 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→35.505 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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