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万見
- PDB-3cw1: Crystal Structure of Human Spliceosomal U1 snRNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cw1
タイトルCrystal Structure of Human Spliceosomal U1 snRNP
要素
  • (Small nuclear ribonucleoprotein ...) x 6
  • (U1 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 2
  • Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
  • U1 snRNA
キーワードSPLICING / pre-mRNA splicing / spliceosome / RNA-binding domain / Sm fold / zinc finger / RNA recognition motif / 5' splice site
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein refolding / regulation of ATP-dependent activity / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / histone pre-mRNA 3'end processing complex / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / protein methylation ...negative regulation of protein refolding / regulation of ATP-dependent activity / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / histone pre-mRNA 3'end processing complex / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / protein methylation / U12-type spliceosomal complex / 7-methylguanosine cap hypermethylation / U1 snRNP binding / methylosome / pICln-Sm protein complex / snRNP binding / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / P granule / telomerase holoenzyme complex / U2-type precatalytic spliceosome / commitment complex / telomerase RNA binding / U2-type spliceosomal complex / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / RNA Polymerase II Transcription Termination / U2 snRNP / U1 snRNP / U4 snRNP / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / U2-type prespliceosome / pre-mRNA 5'-splice site binding / precatalytic spliceosome / mRNA 5'-splice site recognition / regulation of RNA splicing / spliceosomal complex assembly / mRNA Splicing - Minor Pathway / U5 snRNP / spliceosomal snRNP assembly / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / U1 snRNA binding / Cajal body / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / cellular response to retinoic acid / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / cellular response to tumor necrosis factor / snRNP Assembly / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / single-stranded RNA binding / nuclear speck / nuclear body / mRNA binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
snRNP70, RNA recognition motif / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa N-terminal / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa MW N terminal / : / U1-C, C2H2-type zinc finger / U1 zinc finger / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger / Zinc finger matrin-type profile. / Small ribonucleoprotein associated, SmB/SmN ...snRNP70, RNA recognition motif / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa N-terminal / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa MW N terminal / : / U1-C, C2H2-type zinc finger / U1 zinc finger / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger / Zinc finger matrin-type profile. / Small ribonucleoprotein associated, SmB/SmN / Small nuclear ribonucleoprotein D1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / Zinc finger C2H2 superfamily / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 5.493 Å
データ登録者Pomeranz Krummel, D.A. / Oubridge, C. / Leung, A.K. / Li, J. / Nagai, K.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of human spliceosomal U1 snRNP at 5.5 A resolution.
著者: Pomeranz Krummel, D.A. / Oubridge, C. / Leung, A.K. / Li, J. / Nagai, K.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999
タイトル: Crystal structures of two Sm protein complexes and their implications for the assembly of the spliceosomal snRNPs.
著者: Kambach, C. / Walke, S. / Young, R. / Avis, J.M. / de la Fortelle, E. / Raker, V.A. / Luhrmann, R. / Li, J. / Nagai, K.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Structure of the spliceosomal U4 snRNP core domain and its implication for snRNP biogenesis
著者: Leung, A.K.W. / Nagai, K. / Li, J.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: The structure and biochemical properties of the human spliceosomal protein U1C.
著者: Muto, Y. / Pomeranz Krummel, D. / Oubridge, C. / Hernandez, H. / Robinson, C.V. / Neuhaus, D. / Nagai, K.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: A retroviral RNA kissing complex containing only two G.C base pairs.
著者: Kim, C.H. / Tinoco, I.
#5: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Crystal structure at 1.92 A resolution of the RNA-binding domain of the U1A spliceosomal protein complexed with an RNA hairpin.
著者: Oubridge, C. / Ito, N. / Evans, P.R. / Teo, C.H. / Nagai, K.
#6: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1990
タイトル: Solution structure of human U1 snRNA. Derivation of a possible three-dimensional model.
著者: Krol, A. / Westhof, E. / Bach, M. / Luhrmann, R. / Ebel, J.P. / Carbon, P.
履歴
登録2008年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月31日Group: Database references
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_ref_seq_dif.align_id / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
V: U1 snRNA
v: U1 snRNA
w: U1 snRNA
x: U1 snRNA
D: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
A: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
B: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
C: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
F: Small nuclear ribonucleoprotein F
E: Small nuclear ribonucleoprotein E
G: Small nuclear ribonucleoprotein G
K: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa
L: U1 small nuclear ribonucleoprotein C
S: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
H: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
M: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
P: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
Z: Small nuclear ribonucleoprotein F
W: Small nuclear ribonucleoprotein E
3: Small nuclear ribonucleoprotein G
6: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa
9: U1 small nuclear ribonucleoprotein C
T: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
I: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
N: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
Q: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
1: Small nuclear ribonucleoprotein F
X: Small nuclear ribonucleoprotein E
4: Small nuclear ribonucleoprotein G
7: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa
0: U1 small nuclear ribonucleoprotein C
U: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
J: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
O: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
R: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
2: Small nuclear ribonucleoprotein F
Y: Small nuclear ribonucleoprotein E
5: Small nuclear ribonucleoprotein G
8: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa
l: U1 small nuclear ribonucleoprotein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)666,15744
ポリマ－665,89540
非ポリマー2624
水00
1
V: U1 snRNA
D: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
A: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
B: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
C: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
F: Small nuclear ribonucleoprotein F
E: Small nuclear ribonucleoprotein E
G: Small nuclear ribonucleoprotein G
K: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa
L: U1 small nuclear ribonucleoprotein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,53911
ポリマ－166,47410
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
v: U1 snRNA
S: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
H: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
M: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
P: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
Z: Small nuclear ribonucleoprotein F
W: Small nuclear ribonucleoprotein E
3: Small nuclear ribonucleoprotein G
6: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa
9: U1 small nuclear ribonucleoprotein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,53911
ポリマ－166,47410
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
w: U1 snRNA
T: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
I: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
N: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
Q: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
1: Small nuclear ribonucleoprotein F
X: Small nuclear ribonucleoprotein E
4: Small nuclear ribonucleoprotein G
7: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa
0: U1 small nuclear ribonucleoprotein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,53911
ポリマ－166,47410
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
x: U1 snRNA
U: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
J: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
O: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
R: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
2: Small nuclear ribonucleoprotein F
Y: Small nuclear ribonucleoprotein E
5: Small nuclear ribonucleoprotein G
8: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa
l: U1 small nuclear ribonucleoprotein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,53911
ポリマ－166,47410
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.471, 127.075, 152.024
Angle α, β, γ (deg.)95.420, 105.920, 101.800
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 24分子 DSTUBMNOCPQRFZ12EWXYG345

#2: タンパク質
Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 13956.373 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Coexpressed with Sm B, entity 2 / 遺伝子: SNRPD3 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009(pREP4) / 参照: UniProt: P62318
#4: タンパク質
Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm-D1 / Sm-D autoantigen / snRNP core protein D1 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 13310.653 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Coexpressed with Sm D2, entity 4 / 遺伝子: SNRPD1 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3, pLysS) / 参照: UniProt: P62314
#5: タンパク質
Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Sm-D2 / snRNP core protein D2 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 13551.928 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Coexpressed with Sm D1, entity 3 / 遺伝子: SNRPD2, SNRPD1 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3, pLysS) / 参照: UniProt: P62316
#6: タンパク質
Small nuclear ribonucleoprotein F / snRNP-F / Sm protein F / Sm-F / SmF / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 9734.171 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Coexpressed with Sm E and Sm G, entities 6 and 7 / 遺伝子: SNRPF, PBSCF / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62306
#7: タンパク質
Small nuclear ribonucleoprotein E / snRNP-E / Sm protein E / Sm-E / SmE / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10817.601 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Coexpressed with Sm F and Sm G, entities 5 and 7 / 遺伝子: SNRPE / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62304
#8: タンパク質
Small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G / Sm protein G / Sm-G / SmG / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 8508.084 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Coexpressed with Sm F and Sm E, entities 5 and 6 / 遺伝子: SNRPG, PBSCG / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62308

-
U1 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 8分子 K678L90l

#9: タンパク質
U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa / U1 snRNP 70 kDa / U1-70K / snRNP70 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 25372.779 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 1-215 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRNP70, RNPU1Z, RPU1, SNRP70, U1AP1 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P08621
#10: タンパク質
U1 small nuclear ribonucleoprotein C / U1 snRNP C / U1-C / U1C / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 8800.039 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 1-77 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPC / プラスミド: pET3b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P09234

-
RNA鎖 / タンパク質 / 非ポリマー , 3種, 12分子 VvwxAHIJ

#11: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#1: RNA鎖
U1 snRNA / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 44418.223 Da / 分子数: 4
断片: Nucleotides 57-82 absent, replaced with kissing loop
変異: C53G,G54A,A55G,G56A,U83C,A85U / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: In vitro transcribed with T7 RNA polymerase / 遺伝子: RNU1A / プラスミド: pUC
#3: タンパク質
Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / snRNP-B / Sm protein B/B' / Sm-B/B' / SmB/B' / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 18003.979 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 1-174 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Coexpressed with Sm D3, entity 1 / 遺伝子: SNRPB, COD, SNRPB1 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009(pREP4) / 参照: UniProt: P14678

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.92 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 38-40% MPD, 0.3M KCl, 0.1M MES.KOH, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2KCl11
3MES.KOH11
4MPD12
5KCl12
6MES.KOH12

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
41001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X06SA11.2557,1.2511
シンクロトロンSLS X06SA20.9797
シンクロトロンSLS X06SA31.2827
シンクロトロンSLS X10SA40.9999
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2007年3月9日MIRRORS
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2006年4月25日MIRRORS
MARMOSAIC 225 mm CCD3CCD2006年4月25日MIRRORS
MARMOSAIC 225 mm CCD4CCD2007年9月25日MIRRORS
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111MADMx-ray1
2Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
4Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.25571
21.25111
30.97971
41.28271
50.99991
Reflection冗長度: 7.9 % / Av σ(I) over netI: 3.8 / 数: 111105 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / D res high: 6.5 Å / D res low: 103.721 Å / Num. obs: 14148 / % possible obs: 96.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
20.55111.1187.410.0470.0477
14.5320.5595.910.0420.0427.4
11.8714.5398.510.0540.0547.8
10.2811.8798.810.0680.0687.9
9.1910.2898.910.1330.1337.9
8.399.1998.710.2830.2837.9
7.778.3998.810.4530.4537.9
7.277.7798.710.8490.8497.9
6.957.2789.311.3671.3677.9
6.956.9511.367
反射解像度: 5.493→123.091 Å / Num. all: 28397 / Num. obs: 28397 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 5.493→5.78 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.691 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. measured all: 31601 / Num. unique all: 4031 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MOSFLMデータ削減
SHARP位相決定
Oモデル構築
精密化解像度: 5.493→123.091 Å / Num. reflection all: 28397 / Num. reflection obs: 28397 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0
詳細: Refinement not applicable with C-alpha & phosphorous atom only model
原子変位パラメータBiso mean: 231.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5.493→123.091 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2809 552 4 0 3365

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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