PDB-6oiu: X-ray crystal structure of the ectodomain of the Toxoplasma gondi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6oiu

タイトル

X-ray crystal structure of the ectodomain of the Toxoplasma gondii ME49 Aminopeptidase N (TGME49_224350)

要素

Aminopeptidase N

キーワード

HYDROLASE / Aminopeptidase N / M1 aminopeptidase / metallo-exopeptidase

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane alanyl aminopeptidase / aminopeptidase activity / metallopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

McGowan, S. / Drinkwater, N.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2020
タイトル: X-ray crystal structure and specificity of the Toxoplasma gondii ME49 TgAPN2.
著者: Marijanovic, E.M. / Weronika Swiderska, K. / Andersen, J. / Aschenbrenner, J.C. / Webb, C.T. / Drag, M. / Drinkwater, N. / McGowan, S.

履歴

登録	2019年4月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6oiu.cif.gz	760.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6oiu.ent.gz	605.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6oiu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6oiu_validation.pdf.gz	269.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6oiu_full_validation.pdf.gz	269.6 KB	表示
XML形式データ	6oiu_validation.xml.gz	1.6 KB	表示
CIF形式データ	6oiu_validation.cif.gz	48 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/6oiu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/6oiu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ebgS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5zie-1 2grx-2 5zi5-2 5zi5-1 5zi7-1 5zi7-2 4db1-2 4zw7-d 4gtf-1 5y1k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aminopeptidase N

B: Aminopeptidase N

C: Aminopeptidase N

D: Aminopeptidase N

ヘテロ分子

414 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aminopeptidase N

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
103 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Aminopeptidase N

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
103 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Aminopeptidase N

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
103 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Aminopeptidase N

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
103 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.930, 207.874, 102.867
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.34, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Aminopeptidase N 分子量: 103048.969 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (strain ATCC 50611 / Me49) (トキソプラズマ) 株: ATCC 50611 / Me49 / 遺伝子: TGME49_224350 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: S8G5K8, membrane alanyl aminopeptidase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2746 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.83 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 28 % PEG 3350, 0.1M Bis-Tris pH 5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9536 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9536 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→38.54 Å / Num. obs: 195835 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 23.92 Å² / Net I/σ(I): 5.3
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 19286 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3EBG

3ebg

解像度: 2.2→38.54 Å / SU ML: 0.292 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.335

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.236	9637	4.92 %
R_work	0.19	-	-
obs	0.193	195691	99.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→38.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	27589	0	62	2746	30397

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.001	28194
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.399	38224
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.488	16979
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	4300
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	4999

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.23	0.3146	307	0.2657	5943	X-RAY DIFFRACTION	96
2.23-2.25	0.3216	336	0.2658	6205	X-RAY DIFFRACTION	99
2.25-2.28	0.3114	348	0.2612	6123	X-RAY DIFFRACTION	99
2.28-2.31	0.3235	305	0.2543	6174	X-RAY DIFFRACTION	99
2.31-2.34	0.2978	328	0.2527	6185	X-RAY DIFFRACTION	99
2.34-2.37	0.3301	306	0.2536	6179	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.4	0.3227	307	0.2429	6178	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.44	0.3142	331	0.2468	6205	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.48	0.3212	300	0.2472	6216	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.52	0.2871	309	0.2268	6226	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.56	0.2767	316	0.2192	6177	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.61	0.2747	288	0.2186	6219	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.66	0.2662	327	0.2196	6217	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.71	0.2912	280	0.2206	6244	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.77	0.2871	311	0.2071	6190	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.84	0.2511	314	0.2033	6195	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.91	0.2701	317	0.2006	6226	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-2.99	0.2606	309	0.2055	6189	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.07	0.2388	315	0.1967	6255	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.17	0.2325	332	0.188	6197	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.29	0.2306	338	0.1825	6230	X-RAY DIFFRACTION	100
3.29-3.42	0.2085	318	0.1817	6228	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.57	0.2239	359	0.1726	6186	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-3.76	0.212	297	0.1616	6214	X-RAY DIFFRACTION	100
3.76-4	0.187	306	0.1576	6276	X-RAY DIFFRACTION	100
4-4.3	0.2026	328	0.1534	6240	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3-4.74	0.1876	330	0.1385	6216	X-RAY DIFFRACTION	100
4.74-5.42	0.1717	353	0.1487	6227	X-RAY DIFFRACTION	100
5.42-6.82	0.1967	357	0.1766	6228	X-RAY DIFFRACTION	100
6.82-38.55	0.1779	365	0.1575	6266	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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