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- PDB-4pgo: Crystal structure of hypothetical protein PF0907 from Pyrococcus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pgo
タイトルCrystal structure of hypothetical protein PF0907 from Pyrococcus furiosus solved by sulfur SAD using Swiss Light Source data
要素Uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Sulfur SAD / SOUTHEAST COLLABORATORY FOR STRUCTURAL GENOMICS / SECSG / STRUCTURAL GENOMICS
機能・相同性Uncharacterised conserved protein UCP019072 / Elongation factor Tu-type domain / Elongation factor Tu domain 4 / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta / Elongation factor Tu-type domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Weinert, T. / Waltersperger, S. / Olieric, V. / Panepucci, E. / Chen, L. / Rose, J.P. / Wang, M. / Wang, B.C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2015
タイトル: Fast native-SAD phasing for routine macromolecular structure determination.
著者: Weinert, T. / Olieric, V. / Waltersperger, S. / Panepucci, E. / Chen, L. / Zhang, H. / Zhou, D. / Rose, J. / Ebihara, A. / Kuramitsu, S. / Li, D. / Howe, N. / Schnapp, G. / Pautsch, A. / ...著者: Weinert, T. / Olieric, V. / Waltersperger, S. / Panepucci, E. / Chen, L. / Zhang, H. / Zhou, D. / Rose, J. / Ebihara, A. / Kuramitsu, S. / Li, D. / Howe, N. / Schnapp, G. / Pautsch, A. / Bargsten, K. / Prota, A.E. / Surana, P. / Kottur, J. / Nair, D.T. / Basilico, F. / Cecatiello, V. / Pasqualato, S. / Boland, A. / Weichenrieder, O. / Wang, B.C. / Steinmetz, M.O. / Caffrey, M. / Wang, M.
履歴
登録2014年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月12日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7753
ポリマ－12,7041
非ポリマー712
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.500, 88.500, 73.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein / HYPOTHETICAL PROTEIN PF0907


分子量: 12703.837 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: PF0907 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U2D2
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: MODIFIED MICROBATCH UNDER OIL USING 1.6M MAGNESIUM SULFATE IN 0.1M MES BUFFER, PH 6.5, TEMPERATURE 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 2.066 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.066 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 13544 / Num. obs: 7558 / % possible obs: 94.95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 51.16 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 69.96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SHELXDE位相決定
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
SHELXモデル構築
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→44.25 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.53 / 位相誤差: 20.33 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2026 1330 9.82 %
Rwork0.1875 --
obs0.189 7558 94.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数635 0 2 6 643
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009639
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.076858
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.862235
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038104
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004110
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.39180.28111260.24341157X-RAY DIFFRACTION80
2.3918-2.50070.21441430.22021282X-RAY DIFFRACTION91
2.5007-2.63250.27011470.20941314X-RAY DIFFRACTION92
2.6325-2.79740.24741440.21141365X-RAY DIFFRACTION96
2.7974-3.01330.22961530.19241391X-RAY DIFFRACTION98
3.0133-3.31650.23271490.1821430X-RAY DIFFRACTION99
3.3165-3.79620.19931500.17531415X-RAY DIFFRACTION99
3.7962-4.78190.17071560.16381427X-RAY DIFFRACTION100
4.7819-44.25820.1951620.20161432X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0132-0.0685-0.03970.28620.19180.1178-0.213-0.1137-0.10930.00240.1551-0.22740.01170.1903-0.00010.5356-0.0455-0.02590.7206-0.01510.498375.24220.69312.4499
20.3788-0.40980.18480.4132-0.1970.07950.09180.39-0.00570.08540.6441-0.57340.6263-0.17620.0010.6234-0.0097-0.01870.59510.07690.629658.265925.9657-7.0307
30.9394-0.6255-0.85310.44160.51030.78490.28360.12410.1508-0.47910.299-0.61140.28970.522700.5518-0.063-0.02470.55230.01970.514265.300723.13163.2345
40.8408-0.29360.83340.49450.2781.531-0.29730.47220.6131-0.43940.30220.319-0.3195-0.19930.00110.6573-0.1557-0.10570.5065-0.00650.590267.495728.69191.8138
50.99621.0894-0.14521.2051-0.04120.2673-0.23380.06020.0454-0.25180.1265-0.2037-0.21760.3966-0.00020.569-0.0603-0.03390.5738-0.08710.574867.581223.06041.4237
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 19 through 31 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 39 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 40 through 53 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 54 through 77 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 78 through 108 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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